惨烈的火刑之后，欧洲的宗教改革界对此引发出沸沸扬扬的非议之声，
“崇尚信仰自由的新教，为何比不宽容的罗马教廷还要疯狂和残暴？”
“多大的仇恨和个人恩怨也不至于将一个支持宗教改革的人士活活烧死。”
被加尔文逼出日内瓦的卡斯特里奥更是异常愤怒，接连著书谴责在日内瓦的暴行和加尔文的狭隘、阴险。卡斯特利奥无不忧愤的说道：“宗教的真谛就蕴藏在它的神秘不可解释中，即使漫长的千年过去了，围绕它而进行的争论也不会停止。只有博爱的精神彻底感化了我们，才能终止可怕的暴力和牺牲。”
这些在现在看来仍充满智慧和温情的语言，在那个亢奋的时代里，犹如天外之音，只有经历岁月的磨砺后，人们才可能理解其真谛。卡斯特利奥还写道：在《基督教原理》的第一版中，作者加尔文是明确反对火刑的。如今，这一处文字在再版中已被作者本人删除，这一指责令加尔文如芒在背，坐立难安。不过日内瓦教皇的巨大能量还不足以让自己因为这件事情而身败名裂，加尔文也频频撰文批驳对手的各种指责，并信誓旦旦的表明，火刑的决定是日内瓦市议会所作出的决定，自己对塞尔维特是足够仁慈的。
暗地里，加尔文还指使爪牙到处网罗卡斯特利奥的所有署名和匿名著作，看看是否可以找到能令其闭嘴的把柄。“日内瓦教皇”还通过其在瑞士的巨大影响，在行政领域干预对手著作的出版，以至于没有书商敢于为卡斯特利奥的著作付梓印刷，导致其著作存世很少。
终于，加尔文发现了卡斯特利奥同情再洗礼派信徒的一个证据，将其告上法庭。就在加尔文感觉胜券在握的时刻，几十年物质上朝不保夕的清苦生活，终于摧毁了卡斯特利奥的躯体，1563年12月29日，这个博学、坚强、仁爱的思想者，离开了人世，年仅48岁。他的一位友人如释重负的说道：“感谢仁慈的上帝，让他免遭敌人的毒手。”
加尔文得知卡斯特里奥病死的消息后，如释重负，并幸灾乐祸的说道：“由于他的短命，可见上帝有灵。”半年后，同样不太讲究食物营养的约翰.加尔文活到了55岁，也在日内瓦辞世。
如今，瑞士日内瓦的郊外，一片如茵的山坡草地上，树立着一块石碑，上面用法文刻着下面这段文字：“我们是宗教改革者加尔文信徒的后代，在此批判他的这一错误，这是那个时代的错。但是我们根据宗教改革运动与福音的真正意义，相信良心的自由超越一切，特立此碑以示和好之意。1903年10月27日”。
350年前的这一天，塞尔维特就被烧死在这片草地之上。
加尔文宗教思想的影响，远超过路德。后者在第一个发起宗教改革运动时，充分利用了正处萌发状态中的日耳曼国家主义，他的宗教理想与德意志贵族的权利愿望不谋而合。因此，路德的成功也意味着，他的宗教信仰很难突破日耳曼民族的地理疆域。加尔文则不同，虽然出身在法国，但是他的情感祖国却是宗教。因此，他的宗教思想遍布天主教之外的欧洲各地，甚至北美大陆。
在宗教理论上的差别也导致他们的信徒走上不同的人生道路，信奉路德教的人们可能把更多的时间，精力放在虔诚的祷告上。加尔文的思想，经后世几百年的演化和升华，狭隘的气量得以缓解，使其“强者理论”的追随者，勇于去探索、征服未知的领域，造就了西欧新兴资产阶级的成长壮大。
直到今天，在瑞士、荷兰、苏格兰和北美等地区加尔文宗教思想深刻影响的地方，人们的思维中，“罪恶的第一个表现便是挥霍金钱，失去财富。”如果说16世纪的西欧宗教改革是由路德这个天才的鼓动者去推动起来的，那么它的高潮段落则是由另一个天才思想者——加尔文来完成的。
有学者称：加尔文主义者是“近代世界的先驱”。他们在16世纪推动了宗教改革的发展，在17世纪推动了国际政治的发展，在18世纪又推动了科学的发展。16世纪以后，西欧无论在劳动精神，在雄心壮志、殖民开拓、战争与经济的结合，自然科学的进展，都与加尔文主义者的活动分不开。
通过上述过程，欧洲第一次真正成为了西方。