这一年的8月13日，里昂100公里外的日内瓦，圣皮埃尔大教堂里，加尔文正在主持礼拜。他的密探们隐藏在祈祷的市民中，目光诡异，搜索着那些表情不够肃穆的异类。
突然，一个陌生而又熟悉的面孔进入他们的视线，看起来像个失魂落魄的丧家之犬，萎靡而落魄。塞尔维特，竟鬼使神差的出现在他最不应该现身的地方，日内瓦的囚牢成为这个辗转漂泊的西班牙人的最后落脚点。
塞尔维特为何没有亡命天涯，而是选择钻进虎口，没人说的清楚，除了他自己。这个思维偏执、精神极端，却又显得如此单纯的人，总是不停的带给人们惊奇。
日内瓦市议会对塞尔维特的审判一开始并不是很顺利，被告在宗教话题上思维清晰，对那些罪名逐一驳辨，并声称是加尔文的狭隘和私愤将自己定罪为基督教的敌人。加尔文破天荒的要亲自出马了，他清楚塞尔维特的弱点在哪，于是乎，各种绝对的意志、犀利的语言、骄狂的表情以及横飞的唾沫，使庭审的现场变成了咆哮对骂的舞台。法官和被告的冲突，结果可想而知，在加尔文的授意下，塞尔维特的囚牢里没有任何人道可言，阴暗潮湿、肮脏恶臭、在自己的排泄物上蜷缩生存了两个半月之久，塞尔维特在法庭上也一天天的丧失理智，终于变成了彻底的歇斯底里。
另一方面，步步为营的加尔文深知塞尔维特已经是全欧洲的一个敏感人物，一个烫手的山芋，不杀不足以解恨，杀之又会给自己带上“不宽容”的帽子，甚至比罗马教廷还要残酷。于是加尔文派遣手下去游说其他瑞士邦国，希望获得必要的政治支持，结果是，各个邦国原则上接受对塞尔维特的死刑判罚，但是没人提到用火烧死这个异端。对于加尔文来说，这已经够了！日内瓦是我的天下，怎样的执行方式是由我决定的。
1553年10月27日上午，日内瓦湖畔空气清润，碧空如洗，这片欧洲最为纯净安宁的山野里，不久将冒出一股焦糊恶臭的黑烟，直窜晴空。
已经蓬头垢面，浑身污秽的塞尔维特被解出地牢，押赴市郊的查佩尔刑场。塞尔维特清楚自己的命运已经无法改变，他跪倒在市议会委员们脚下，请求宽容一些，先行斩首再施以火刑。委员们无权更改加尔文的决定，只能以默不作声面对这个可怜的基督徒。法雷尔对塞尔维特表示，只要其愿意在临死之前放弃他那否认“三位一体”的观点，将可以在行刑方式上对其仁慈一些。此刻在生存上万念俱灰的塞尔维特，在信仰里依然在坚持，他选择了放弃，“你们休想毁灭我的灵魂。”
干柴在脚下层层堆积，铁链缠住了这个柔弱的躯体，他写给加尔文的信件，那些毁灭他自己的物证，被塞在身体和铁链的空隙里。一个将死的人，此刻唯一能做的只有仰望天空，呼唤上帝，盼望那天门为其洞开…….。
又一幕同类相残，毁灭生灵的惨剧上演了，在火舌和浓烟的吞噬下，那个扭曲抽搐的躯体发出可怕的惨叫，一段难以言状的痛苦之后，塞尔维特祈求的叫到：“耶稣基督，永恒的上帝之子，请怜悯我吧！”随即被浓浓火焰吞没。
塞尔维特在一点点化为灰烬的时刻，加尔文依然把自己关在书房里，关闭所有窗户。他不仅一次的对别人表示，自己痛恨火刑，永远不会出现在那可怕的现场。
塞尔维特，这个宗教改革时代里可怜的唐.吉珂德，在一连串果敢、执着的挑战和逃亡之后，终于将自己撞的粉身碎骨。
他生错了时代。