自然而然，他想到了已经重新掌控日内瓦，并以绝对的虔诚和果敢而著称于世的加尔文大师。何况，仅有两岁年龄差距的他们在巴黎还有共同的求学经历。于是，一封封充斥着宗教热情，甚至狂热的信件从里昂寄往日内瓦。
开始阶段，加尔文对这位当年的准同窗还保持一些耐心，试图去纠正其错误、极端的思想。但是塞尔维特那傲慢骄纵的姿态，令这个信仰的强者也开始抓狂，更有甚者的是，这个狂妄之人居然将《基督教原理》一书进行点评，纠错，然后再寄给其作者——加尔文。这个在日内瓦说一不二的“教皇”出离愤怒了，“一旦他出现在日内瓦，我就绝对不会让他活着离开这里！”加尔文恶狠狠的说道。从来就不知道宽容为何物的加尔文确信狂妄的塞尔维特必将会有其可怕下场的那一天，他将这个年轻人那些罪恶思想的信件统统保存起来，未来的某一天肯定可以派上用场。
塞尔维特内心的信仰之火被彻底的点燃了，不把整个欧洲宗教界搅的天翻地覆，他是不会甘心的。于是，塞尔维特笔耕不辍，完成了一部惊世骇俗的著作《再论基督教原理》。已到不惑之年的他在热情不减的内心之外，当然也学会了如何高调做人，低调做事，20年前的处女作所造成的漂泊动荡依然让其记忆犹新。因此，他耗尽其所有资产，好让那些犹豫的出版商开动印刷机。塞尔维特还在里昂的偏僻地方租了一间房子，将几乎整个印刷厂的设备如蚂蚁搬家似的拆运过来，以躲避宗教法庭的监视，甚至连自己的名字都忍痛没有刊印上去。不过塞尔维特依然摆脱不了自恃的小聪明，在最后一页上留下了他真假姓名混合后的缩写字母M.S.V（米奎尔.塞尔维特.维仑努夫）。这样的信息和骇俗的内容已经可以让狡猾的宗教警察们去发现罪恶的作者了。
不幸的是，加尔文在法国的情报触角比罗马教廷还要灵敏，《再论基督教原理》，这本名字就已经令加尔文咬牙切齿的著作刚刚付梓，还没有正式发行之际，就已经摆在了日内瓦教皇的案头上。结果堆积在仓库里的大量书籍还没来得及出售，便被加尔文的宗教警察全部查收，在全世界范围内，这本书的第一刊行本目前仅存三套。阴险至极的加尔文再出一招，他指示自己的手下以匿名方式向法国的天主教法庭揭发塞尔维特的大逆不道，并将其保留的那些当年的信件呈递过去，作为证明其罪恶思想的物证。
塞尔维特被捕了，等待他的无疑将是火刑的判罚，就像100多年前的约翰.胡斯一样。不过罗马方面可能是看穿了加尔文的险恶意图，目前的局势也不是胡斯时代那样天主教可以一手遮天，在整个阿尔卑斯上北侧的欧洲都处在宗教改革和反击天主教的浪潮之际，再大张旗鼓的烧死一个仅仅是自称为宗教改革人士，但却没有任何背景和组织能力的小人物，从大的厉害角度来看显得不是很划算……。
于是，戏剧性的一幕出现了，1553年4月7日，塞尔维特在里昂越狱了，天主教宗教法庭的监狱里，似乎还从没发生过这样的怪事。不过两个月后，里昂市广场上的一场火刑审判照例进行，只不过被焚烧的是塞尔维特的模型和满满五箱子《再度基督教原理》。之后整整四个月，塞尔维特不知所踪。