一些人文主义学者，逐渐看清了加尔文的武断和狭隘，并最终与其分道扬镳。
博学的卡斯特里奥一开始是作为加尔文的追随者，还曾在加尔文郁郁不得志的时候前去拜访他，后跟随导师来到日内瓦，经推荐成为日内瓦神学院的院长。卡斯特里奥决定将《圣经》翻译成法文，好让祖国的民众都能从这本真理之书中直接受益。但是这一点激怒了固执的加尔文，责成手下的审查机构对其译作进行删改。加尔文的意志坚决而绝不妥协，两人精神上的冲突无法避免，虽然卡斯特里奥对他仍保持着彬彬有礼的态度，但是加尔文预感到这个具有思想独立精神的人势必会成为他专制政权的对手，下定决心要拔除这个眼中钉。
一向反对专制，渴望信仰自由的卡斯特里奥渐渐看清了加尔文独裁的野心，日内瓦只能是一个禁锢人类自由精神的监牢，遂辞去职务，决定离开。与加尔文作对，不会得到好的下场，当时的瑞士，所有城邦都笼罩在加尔文的阴影之下，因此无人敢帮助走投无路的卡斯特里奥。最后这位饱学之士勉强在巴塞尔的一个印刷厂找到一个下等校对员的工作，勉强养家糊口。
对加尔文这位宗教大师，构成反面影响最深的事件，是其将持不同意见者送上了火刑柱。接下来，我们将说说这位宗教改革时代里的一个超级异类——米奎尔.塞尔维特。
奥地利作家茨威格说：“每一个西班牙人都有唐.吉珂德的性格，来自阿拉贡的塞尔维特就是神学领域里的唐吉珂德。”他狂妄自大，傲慢好斗，因出生在西班牙，所以思想上有犹太和摩尔人的痕迹，好在他没有被西班牙异端裁判所察觉到。
塞尔维特离开西班牙，在图卢兹结识了查理五世皇帝的忏悔神父，并成为其私人秘书，随后跟随其去了意大利，并曾参加了奥格斯堡宗教会议，被宗教改革的热情所征服。不久，年仅20岁的塞尔维特公开宣称尼西亚会议所核准的教条是错误的：“三位一体”的教条和上帝的神圣统一是不能并存的！
这种石破天惊的论调被当时的改革家们所不解和敌视，茨温利曾在公开场合告诫他的信徒，这个西班牙人罪恶而阴险，他所宣扬的教义一旦被人所接受，将会毁灭整个基督世界。1531年，年仅22岁的塞尔维特倾其所有出版了《论“三位一体”的谬误》，反对天主教的教义，认为上帝只有一个，耶稣不是永恒的，他不是神而是人，随即在宗教界引起轩然大波。
“三位一体”，这个已存在了1000年之久的至尊教条，这个曾将阿里乌斯，聂斯托利等持不同见解者和团体扫地出门的天主教核心理念，是中世纪信仰的一道耀眼的红线，谁触碰了它，必将成为千夫所指的罪人。即使很多人士在内心里未必接受这样的教条，但是在16世纪天主教和新教的世界里，还没有人胆敢著书立说，向此权威挑战。塞尔维特，犹如《皇帝的新装》里，那个夹道围观的天真孩子，即便是喊出了一句很多人都欲言又止的真话，他自己却还意识不到，自己将要捅出一个多大的篓子。
天主教会怒不可遏，将其定罪为“不信奉基督的异端”。塞尔维特只有选择逃亡，更名为米歇尔.德.维仑努夫，隐姓埋名在里昂的一个印刷厂做一名校对员，后又到巴黎学习医学。事实证明，塞尔维特是一个适合做学问的人，在为古希腊天文学家托勒密的《地理学》一书进行校对的时候，他凭借天赋和勤奋把自己培养成一个具有专业水准的地理学者，并为这本书写了颇为细致的序言。
在巴黎的学习期间，塞尔维特致力于医学研究，通过解剖实践提出了人体血液在心肺之间进行小循环的观点，半个世纪后，英国科学家哈维才最终发现血液循环原理。后人基于他的功绩，常将肺循环这种现象称为“塞尔维特循环”。
如果塞尔维特在医学界坚持下去的话，他很有可能在另外一个角度向教条主义掷出一只致命的投枪，而不是无助的纠缠于神学探讨领域。可惜他是一个没有常性的人，刚刚小有成绩就开始迫不及待的与人辩论，将巴黎的医学界也搅的鸡犬不宁。不久就有人将一纸诉状呈到巴黎最高法院，控告塞尔维特在课堂上传播怪异思想，他见势不妙，脚底抹油开溜。历经坎坷，塞尔维特的宗教热情丝毫没有衰退，自以为满腹经纶的他也希望做一名强者，那卓尔不群的理论高度若不被世人景仰，那将是自己最大的失败。可是，差不多快要成为整个宗教界敌人的他，该向谁倾诉自己的信仰抱负呢？