博尼法斯的继任者为曾担任过道明会总会长的本尼迪克十一世，这位教皇颇为开明，并不想执行前任那种固执的策略。他收回了对菲利普四世的绝罚，并缓和了与科隆纳家族的矛盾，但是那些闯入阿纳尼行宫的人依然难逃绝罚。不过这位教皇仅仅在位一年就去世了，传言是被秘密毒死的。
下一任教皇的选举不出预料的遭遇了难产，因为枢机主教们已经清晰的分成了两个阵营，亲法派和亲意派。经过了长达11个月的激烈争辩，亲法派占据上风，来自法国波尔多的总主教成为新任教皇，即克莱芒五世。很显然，他的当选与法王菲利普的暗中发力不无关系，条件是要处处维护法国的利益。
这包括：赦免那些因攻击博尼法斯而遭绝罚的人；法国境内的各级教士将向国家上缴10%的所得税；恢复科隆纳家族的地位和财产；审判已故的博尼法斯八世。
1305年，克莱芒五世于里昂加冕，按理说，下一步将前往罗马上任了。可是他开始犹豫起来，罗马正处在混乱之中，亲意派的势力依然很强大，本尼迪克便是前车之鉴。于是克莱芒五世以各种借口拖延启程的时间，一转眼，四年时间就这么被拖过去了。其实以前也有很多次教皇为避风险而离开罗马的情况，因此人们并不怀疑待局势稳定后，新教皇是会向意大利进发的。
这期间，已经不惧教廷的法王菲利普发动了对圣殿骑士的“黑色星期五”毁灭行动，曾在阿纳尼制服博尼法斯八世的诺加雷，成为抓捕圣殿骑士周密计划的制定者。在接下来对骑士们的审判中，身在法国的法国人教皇只有积极配合的份儿。
1309年，克莱芒五世索性搬到了法国南部濒临地中海的小城阿维农。这里曾经属于德意志皇帝的领地，但是现在属于那位征服西西里的安茹的查理后代名下，也就是说，这里名义上不属于法国，但却同样被法国人占据着。100年前，这里还曾是异端泛滥的地区，如今却成为了罗马教皇的驻地。40年后，教廷出资八万金币将这块地方买了下来，使之成为教皇国的属地。
克莱芒并非想要久居此地，毕竟这里距离意大利已经不远，想要去罗马的话，也十分便利。但是已经完全受控于法国的教皇，越不敢离开，越无法离开，克莱芒身后的六位教皇竟全部来自法国，并在阿维农居留了68年之久。在这里，被教皇提名的134名红衣主教中竟有113人是法国人，教廷也成为了法国的御用工具。这一时期被罗马教会称作“阿维农之囚”，意指《圣经》中犹太人遭受囚禁的“巴比伦之囚”。
在博尼法斯八世之前，基督徒们相信“教皇永无谬误”。现在这道教廷的金科玉律已经显得弱不禁风。菲利普四世不想见好就收，互相给个面子，他要让所有神职人员清楚与国王作对的下场，挑战法国所要付出的代价。法王指使克莱芒五世组织教士们收集证据，审判已经身故的前任教皇。一些千奇百怪的指控和受到逼迫的证人出现在1311年的宗教大会上，菲利普四世八年前掷给博尼法斯的谕旨，现在成为了现实。
不过审判并没有结果，三位枢机主教不惧压力，出庭证实已故教皇无罪可判，还有两位贵族骑士表示以生命为赌注，接受任何认定教皇有罪者的挑战，结果无人敢于应战，这场审判最后不了了之。法王菲利普并不甘心，两年后，他授意克莱芒五世宣布“天使教皇”西莱斯廷五世为圣徒，这样即便博尼法斯八世不能受到世俗审判，也依然要顶着一个不敬圣徒的罪名。
“阿维农之囚”期间，西欧陷入到混乱和灾难之中。