与圣殿骑士的后期发展不同，条顿骑士们始终坚持着节俭苦修的信条，他们时常鞭打自己的身体以涤清罪恶，并严格遵守斋戒和禁欲的原则。申请加入骑士团的青年，甚至被要求与一位年轻姑娘同床共枕一年时间，但是不得动其分毫。艰苦的禁欲磨练要求骑士们常年身着贴身的锁子甲，直到被磨破的皮肤使金属锈迹斑斑。在骑士团所组建的军队中，实行严格的军事训练，落后者将要接受严厉的体罚，这种制度最终形成了普鲁士严苛的军事传统。
1291年，阿卡失陷，西方人逃离圣地，条顿骑士团将总部迁往威尼斯。1309年，再度迁往波兰北部的马尔堡。至此，条顿骑士将全部精力投入到建设骑士团国家上，因为还有待征服的异教徒已经不多了。不出意料，同为德意志帝国封侯的骑士团国家和波兰，不可避免的要摩擦出矛盾，波兰人也开始后悔自己养虎遗患的错误决策了。
但是面对蒸蒸日上的骑士团政权，波兰已经无能为力，自己的力量已经很难再与之抗衡。不希望看到日耳曼势力继续扩张的斯拉夫人决定联合起来，1386年，38岁的立陶宛公爵约盖拉与年仅13岁的波兰女王赫德维格成婚，两国也合并成一个斯拉夫国家，以抵御条顿骑士团的扩张。
1410年7月15日，波兰东部的格伦瓦尔德（普鲁士人称这里为坦能堡），一场决定东欧命运的战役打响了。交战双方是立陶宛-波兰对阵条顿骑士团，数万名骑士和士兵在布满沼泽的地带上厮杀，战场形势扑朔迷离，直至最后日耳曼人的大团长阵亡，条顿骑士们才四散奔逃。这场战役决定了东欧几百年的局势，日耳曼人向东扩张的努力至此被划上了句号。
有人将条顿骑士团在北方的征服冠以“波罗的海十字军”运动，坦能堡战役结束了其近两百年的时代。
条顿骑士团国家随即在内忧外患中陷入衰落，50年后，骑士团与波兰签署了一份“带刺的和约”，将其西部领地割让给对方，自己则专心经营东普鲁士，首府为柯尼斯堡。在势衰的无奈之下，骑士团已难以保持血统的纯粹，斯拉夫人也获得了成为条顿骑士的资格。
直到16世纪初，最后一任大团长阿尔伯特反抗波兰失败。1525年，在宗教改革领袖马丁.路德的建议下，他主动放弃大团长一职，也摈弃了信仰使命，将骑士团国家世俗化，皈依新教，建立普鲁士公国，并出任公爵。这也是欧洲的第一个新教国家。在之后的300多年中，普鲁士公国在诸侯割据的夹缝中顽强生存，一点点强大，并最终统一了整个德意志。
条顿骑士团的黑色十字标志受到了尊重和继承，并出现在之后的德意志帝国的军旗上。在骁勇的普鲁士士兵身上，人们依稀可以看到当年条顿骑士的威武身影。
铁血征服中崛起的普鲁士，将对斯拉夫人的仇恨移植到整个日耳曼人的思维中。在20世纪的第一次世界大战中，德国军队在坦能堡重创沙皇俄国的大军，德意志人认为，这是时隔500年后，为条顿骑士的复仇。日耳曼人和斯拉夫人对东普鲁士的争夺，贯穿了其后几百年的历史。
一战后，这里被划入复国的波兰。20年后，希特勒在“收复东普鲁士”的叫嚣中闪击波兰，发动了第二次世界大战。他还将自己的“狼穴”隐匿在东普鲁士的森林中，在这里指挥百万大军继续向东推进。二战后，东普鲁士被波兰和苏联分割，柯尼斯堡更名为加里宁格勒。1991年苏联解体，波罗的海三国独立后，这里成为俄罗斯的一块飞地。
普鲁士人的土地，重回斯拉夫人的怀抱，但由条顿骑士所锤炼出来的普鲁士精神，则永远属于日耳曼。
普鲁士公国建立后，条顿骑士团重新回复到一个宗教组织，他们没有了一寸领土，也失去了赖以生存的军事手段。19世纪初，拿破仑入侵德意志，宣布取缔条顿骑士团。他们无奈只好将总部迁往维也纳，并开始从事宗教慈善事业，照顾孤寡病患，至今仍有1000多名成员。