1291年阿卡失陷后，因为大部分成员来自法国，巴黎也成为欧洲的政治中心，于是圣殿骑士团将总部迁往这里，由此走上了毁灭之途。
进入十四世纪，西欧的政治格局已发生变化，十字军东征偃旗息鼓，德意志陷入混乱，法国成为了一方大国，并开始将罗马教廷置于自己的强大王权之下。绰号“美男子”的法王菲利普四世，先是施展各种手段制服了罗马教皇（下一章会有这方面的内容），随即将目光瞄准了圣殿骑士团那诱人的财富，本节开始那一幕不可避免的上演了。
逮捕的理由与100年前镇压阿尔比派的借口如出一辙，即那些关于圣殿骑士的各种传言：亵渎神灵，道德败坏。接下来，菲利普四世指使手下使用任何手段迫使骑士们招供，承认自己所犯的罪恶。这些孤傲的骑士们在人们嫉妒和仇恨的驱使下，在宗教裁判所那地狱般的牢狱里，遭到了惨无人道的折磨和刑讯逼供，有些骑士被吊起来毒打的体无完肤，有些人被残忍的拔去指甲和牙齿，有些人被赤足放在火中，以至于被烤掉双脚……。没有人可以熬得过这样的酷刑，一些骑士惨死在狱中，包括圣殿骑士团最后一任大团长雅克.德莫莱在内的大多数人被屈打成招。
本来圣殿骑士是一贯受到罗马教皇庇护的，但此时的教皇克莱芒五世是法王一手钦点的，在立场上无法与跋扈的国王针锋相对。但是随着禁不住严刑拷打的骑士们纷纷招供，所承认的那些可怕的罪恶令教皇也感到了头皮发麻，“可能这些神秘的骑士们的确罪孽缠身。”教皇的立场开始明晰，并也参与到这场剿灭战之中，跟随“美男子”的指挥棒协助其在全欧洲范围内抓捕圣殿骑士。
英王爱德华二世被菲利普说服去拘捕英格兰的圣殿骑士，但他找不出证据判他们有罪。教皇克莱芒五世致信爱德华：“我们听说你禁用刑讯逼供，认为此举与贵国法律相抵触，但没有一国法律可以凌驾于教会法之上，因此我命令你立即将这些人送去拷问！”还在向罗马教廷交纳税金的英国只好听命。
1312年，在法王菲利普的要求下，克莱芒五世宣布：将圣殿骑士团解散。
菲利普四世根本就没打算让这些人活着出来，在他的授意下，圣殿骑士们在火刑柱上被结束了生命。大团长德莫莱在狱中被折磨达7年之久，于1314年被焚毙于火刑柱之上。临刑前，德莫莱否认了自己的供词，并在烈焰中诅咒菲利普四世和克莱芒五世将在一年内面临永恒的审判。
不可思议的是，这个毒咒真的应验了，仅仅一个月后，克莱芒五世暴病而亡。菲利普四世比他多活了半年，当年的11月29日，46岁的法王在一次打猎中意外身亡，据说是被一只野猪撞死的。随后菲利普的三个儿子相继登上王位，但也都在之后的14年里全部死去。更为可怕的是，他们都没有生养男丁以继承国祚，而法兰西的传统里排斥女性继承王位。
卡佩王朝在德莫莱的诅咒下终结了，最后菲利普的一个外甥被指定为国王，华洛瓦王朝开始。这一变故引起了英国的不满，竟直接导致了英法百年战争的爆发。
200多年后，在宗教改革的波涛中，波旁王朝开始统领法国，又过了200年，王朝的最后一位国王路易十六，在大革命的的怒火中被推上了断头台，地点就在巴黎圣殿骑士团总部旧址。铡刀落下之后，一个少年跑上来抓起国王的脑袋大声喊道：“我们为德莫莱报仇了！”
圣殿骑士团覆没的日子，衍生出“黑色星期五”的典故，他们200年的神秘生涯结束了，但是关于圣殿骑士的话题却持续至今。虽然他们在宗教裁判所里被屈打成招，但是很多人相信他们蒙受了不白之冤。在身陷囹圄的悲惨日子里，没人供认出那巨大财富的藏身之处，可能知晓这一秘密的只有德莫莱等少数几个人。贪婪的菲利普四世只是得到了为数不多的财富，人们传说更多的已经被骑士团秘密转移到了任何人都找不到的地方。
有人说在苏格兰，在法国南部那些曾经活跃着阿尔比派的地区，发现很多神秘莫测的符号。还有人说财宝被转移到了美洲，要知道哥伦布是在德莫莱死后100多年后才出生的。这些传言愈演愈烈，留给后世无尽的猜测。
在20世纪被发现的死海古卷中，学者获悉了在耶路撒冷圣殿下可能曾经藏有“十诫约柜”等无价之宝。这些弥足珍贵的文物究竟身落何处，圣殿骑士无疑是一条线索，但是又多被诡异的传说所遮盖着。
还有人认为，圣殿骑士掌握的财富并非是什么金银珠宝，而是有关基督教的一个最核心的秘密所在，即耶稣是人还是神。他们掌握着耶稣身为凡人的证据，并且在秘密保护着基督的后人，而这样的秘密一旦被公开，对广大基督徒的信仰冲击将是灾难性的。《达芬奇密码》循着这条线索，为我们呈现了基督教信仰中那些延续至今的暗流。正因为圣殿骑士们握有可以证明耶稣为凡人的证据，所以罗马教廷才给予他们尊贵的地位和特权，以求信仰根基的稳固。
但是以上全部为猜测，耶稣究竟是人还是神，每个具有现代意识的人或信徒自有评判。虽然圣殿骑士团已经在700年前消失，但现在还为人们所津津乐道的峋山隐修会或者共济会，达.芬奇、牛顿、雨果等巨匠的种种神秘背景，以及决定着世界历史进程的各种阴谋论，均能追溯到他们神秘的影子。