离开哈佛商学院后，他返回通用汽车，担任初级行政管理人员，后来又于1986年应一位通用前同事之邀，跳槽到美林证券。在美林证券，奥尼尔晋升迅速，成了一些高管最喜爱的红人。1998年，他被任命为首席财务官，2002年又被任命为首席执行官，接替深孚众望的戴维·考曼斯基。考曼斯基虽然先前支持奥尼尔，但不久便对他大加挞伐，因为他“企图破坏美林证券的价值体系和公司文化”。这是一种有着慈母式情怀的公司文化，公司内部人称“美林妈妈”。考曼斯基说，要解释奥尼尔被迫退出公司的原因，可能惹怒了“美林妈妈”，比抵押贷款证券造成了重大损失更为重要。不过，抵押贷款证券亏损无疑也使他落入狼狈不堪的境地。
奥尼尔担任首席执行官期间，美林证券股价在业内算是表现很好的。股价虽落后于两大竞争对手之一的高盛，但领先于另一个对手摩根士丹利。在奥尼尔的领导下，美林证券的利润率有了很大提升，虽然他实现这一点，使用的手段据说并非美林的传统手段，而是依靠裁员、削减费用、替换高层经理等方式，据一位观察家说，他“替换了公司1/2以上的高层经理，而且替换时常常使用更年轻的来自亚洲或欧洲的管理人员，而不是来自纽约皇后区和长岛的人”。
美林证券是华尔街正宗的爱尔兰裔美国人机构，这里先前的高管看起来像是管辖贫困社区的社区警察，与所有的居民都很熟悉；在这样的美林证券，奥尼尔又遭到了同事们的其他批评。一旦掌了权，奥内尔便成了孤家寡人——在下属眼里，他是个冷漠、难以接近，偶尔还是令人不快的人。美林证券到处都是喜爱闲聊的人，在这里他却根本不属此类。他被看做没有灵魂、只重数字的人，被看做一个自信心不足的领导，对于自认为对他或他的职位构成威胁的人，或可能构成威胁的人，都会加以铲除。抵押债务危机当然让美林证券遭到了重创，但也影响了业内其他公司。美林证券的损失无疑很大，但还比不上花旗集团和瑞银集团。当然，这些损失说明了在奥尼尔执掌公司期间，交易上的风险敞口已增加了很多，但在敞口不断累积的过程中，董事会也得到了充分的专业咨询建议，对这些敞口不应该会有什么意外。
的确，董事会知道，就在奥内尔成为首席执行官之后不久，他授权扩大了抵押贷款证券部。他从瑞士信贷银行，招募了一位34岁的债务担保证券专家，两年之内，公司便从抵押贷款证券排行榜上的第15位，跃升至第一位。2006年，美林证券支付13亿美元，收购第一富兰克林公司，这是一家总部设在加州的抵押贷款经纪公司，2005年发放了290亿美元的房屋贷款，到2006年年底，将这个数字提高到了440亿美元。
这些数量庞大的新设抵押贷款，包括一部分日益增多的“非传统型贷款”，也就是实质上无须任何信用标准的贷款。巨量贷款通过“滑道”进入“香肠灌制工厂”，工厂将贷款转变成证券；数量如此庞大的贷款，有助于美林证券在赢利丰厚的债务担保证券创设过程中占据支配地位。问题是，美林证券创造的债务担保证券来不及销售，这些纸证便在美林证券的资产负债表上不断增多起来，而它的资产负债表已使用了20∶1的杠杆率。
处于这种境地非常危险，即使公司并未处在泡沫的高潮期中，也很危险；当然，到2006年年底，美林证券事实上已深深陷入抵押贷款证券的泡沫之中，不过，看上去美林的人似乎都没注意到这一点。2007年2月，英国大型银行汇丰银行宣布，将为抵押贷款计提100亿美元的损失准备。2007年4月，新世纪金融公司——一家大型抵押贷款公司——宣布前一季度出现严重亏损，申请破产。但是，尽管出现了这些以及其他警告性事件，美林证券仍然在让抵押贷款证券化工厂满负荷运转。到2007年6月，美林证券已将320亿美元未出售债务担保证券列入自己的资产负债表，而且这些东西还在不断累积。但到这时，一切都完了。市场在崩溃，没有任何出路让美林证券逃脱自己所处的混乱局面。2007年第三季度核销了84亿美元（其中79亿来自抵押贷款支持证券），使公司本季度亏损23亿美元。
当然，回想起来，那时显然没有人看着美林上万亿美元的资产规模，会担心这类证券风险敞口的不断增加。或许，观察者的注意力，被2006年奥尼尔咄咄逼人的股票回购计划给分散了，这项计划涉及进一步提高财务杠杆，借款90亿美元从市场购回部分股票，以便提升美林证券的收益投资比。
无论如何，在2007年第3季度灾难性的结果出来之后，奥尼尔知道美林证券必须筹集新的资本，而且要快速行动。于是，10月份，他找到美联银行首席执行官肯·汤普森，商谈与美林证券并购事宜，但他并未将此事告知董事会中任何人。董事会几天后听闻此事，很多董事大为不悦，不仅对三季度的严重亏损不满，因为这已让公司处于困难的境地，也气愤奥尼尔既不告知他们，也未得到他们的授权，便去和另一家公司商谈合并。这太过分了，好几位董事激烈地批评奥尼尔，要解雇他。到了这时候，即便“美林妈妈”也救不了奥尼尔，10月底，他被迫退休的消息公之于众。当然，这并不能解决问题。2007年第4季度，美林证券又核销110亿美元，包括核销为杠杆收购提供融资的杠杆贷款，即使这样，公司披露仍持有300亿美元的债务担保证券。
董事会成立了一个物色委员会，寻找奥尼尔的替代人选，该委员会很快便确定并付定金聘请52岁的约翰·赛因。他是纽约证券交易所首席执行官，曾任高盛总裁，2007年12月1日被任命为美林证券首席执行官，这是第一次来自公司外部的人受到如此任命。赛因是一位风险管理专家，在高盛担任过数年首席财务官，他迅速采取行动，要让公司止住失血。此后又有些资产被核销，但到2008年4月，赛因筹集了160亿美元新股本，包括从新加坡淡马锡控股公司、科威特投资局、韩国投资公司以及瑞穗银行筹集的66亿美元。赛因未能阻止仍留在美林资产簿上的债务担保证券出现进一步核销，公司股价继续下跌。2008年7月底，赛因认定，必须彻底清除美林证券的这些有毒资产，便以22%的深度折扣价，将300亿美元的债务担保证券卖给孤星基金，由此又得核销60亿美元（美林证券资产核销总额已达470亿美元）。赛因还宣布，美林证券将再筹集85亿美元新资本。美林清空债务担保证券之后，其他银行感受到压力，也要清空所持债务担保证券，哪怕是以极低的价格，也在所不惜（股票市场已对相关银行的股价做了贴现），好几家大型对冲基金公司筹集资金来收购这些头寸。
2007年第3季度业绩公布之后，斯坦利·奥尼尔并非华尔街唯一丢了头衔的人物。11月底，摩根士丹利宣布对管理层作出重大调整，两位联席总裁佐乌·克鲁兹和罗伯特·斯卡里，在公司宣布债务担保证券出现重大损失，到季度末总亏损约达90亿美元之后离职。克鲁兹在摩根士丹利做了25年的固定收益业务，是华尔街职位最高、收入最多的女性高管，是深受爱戴的约翰·麦克的朋友，并得到了麦克的栽培（2005年，菲利普·珀赛尔迫于一群摩根士丹利前合伙人的压力无奈辞职，麦克又返回公司担任首席执行官）。这些损失暴露出克鲁兹掌管的风险管理部门存在很多不足之处，麦克看样子也对她失去了信心。她宣布退休，但斯卡里同意换岗，调进新的“董事长办公室”，帮助维护客户。麦克任命了两位新的联席总裁沃利德·詹玛和詹姆斯·郭尔曼。沃利德是黎巴嫩人，主管摩根士丹利国际业务，在结构化金融领域有过经历，詹姆斯是澳大利亚人，主管全球财富管理集团。麦克曾长期从事固定收益业务，公司执行他全力支持的业务战略而遭受了重大亏损，他很幸运，保住了自己的工作。然而，董事会也只是勉强留下他，认为换掉他未必有更好的结果，于是也就接受了他对两位联席总裁的任命。
花旗集团
斯坦利·奥尼尔辞职一周之后，花旗集团董事长兼首席执行官查尔斯·普林斯（昵称“查克”）也出人意料地辞职。普林斯于2003年在桑迪·韦尔意外辞职后接替了他。普林斯宣布辞职是紧跟在公司2003年第3季度核销资产之后，公司所核销的资产后来增加到240亿美元。这些损失很多是来自以前的表外资产，那些资产由花旗集团各种特殊投资实体和资产支持商业票据导管所持有。花旗集团被业内看做抵押贷款支持证券风险敞口最大的银行，而且最为激进地使用“可变利率实体”，在表外停放那些风险敞口。这些实体都是花旗集团的控股子公司，符合某些会计常规做法，使得财务报表可不与母公司的财务报表合并。总之，这些表外资产由特殊投资实体和很多其他结构化金融实体组成，2007年9月30日，资产规模总计达到3 430亿美元，其中有380亿美元是2007年年初以来新添的。尽管这些资产规模庞大，此时也只占花旗集团总资产的15%，当然，相对于抵押贷款支持证券的交易市场规模，这也是非常大的数量。实际上，所有这些表外资产都是在市场上通过“安慰函”的帮助进行融资的，并未使用花旗集团的任何资本。
对于很多花旗集团的投资者来说，这些损失是压垮骆驼脊背的最后一根稻草。自普林斯接替桑迪·韦尔以来的4年里，公司遭遇了接连不断的麻烦，只有忧没有喜：花旗集团由于不择手段地抢夺公司贷款授权的做法，遇到了大量代价高昂的法律诉讼；公司在日本发生的一个丑闻，致使私营银行业务执照被吊销；在欧洲也遇到了一个成为头版新闻的糗事，公司债券交易员以130亿美元对政府债券市场进行卖空突袭，企图逼空市场，造成了市场动荡；公司受到美联储的严厉批评，美联储威胁说将反对花旗集团未来的任何收购案，除非花旗集团改弦易辙，行为合乎商业伦理；公司花费一年的时间，对分散于全球的35万名员工重新进行商业伦理的有关教育；公司高层不断出现人事调整；现在又涌现出大量抵押贷款支持证券损失。在普林斯管理公司期间，公司股价涨幅从未超过1%，现在，宣布了抵押贷款证券损失，股价本年度大约已下跌30%，下跌幅度远远大于所有主要全能银行和投资银行竞争对手。普林斯早先曾在新闻发布会上说，找借口的时机已经过去了，他必须负起责任，让花旗集团重新达到合并后数年里曾享有的增长和赢利水平。
查克·普林斯是公司律师出身，没有任何银行业务操作经验，选择他担任世界上最大、最复杂的银行组织的首席执行官，让人觉得别扭又不可思议。他曾加入巴尔迪摩的商业信贷公司，做公司内部律师，1986年桑迪·韦尔和旅行者集团收购这家公司时，结识了他们。事实证明，他是一个能出主意、忠诚尽责的参谋，他与桑迪·韦尔一见如故，10年后，韦尔把他提升至旅行者保险集团执行副总裁的位置，然后，因为感谢他在花旗集团合并案，以及各种法律诉讼和监管麻烦中，处理了很多难题，1998年又提拔他为首席行政官，2001年为首席运营官，2002年是投资银行子公司的首席执行官。一年后，他被选中，在韦尔离开时担任首席执行官，这个消息于2003年7月宣布，权力交接在10月1日。为了能插手公司事务，韦尔仍然担任董事长，直到2006年；他的确也插手了公司事务，但在公司突然出现所有其他问题，面临挫折时，作为董事长，他是很低调的。