1999年中国开始实施“走出去”的能源发展战略，采取多种形式积极开发利用国外资源，实施能源进口多渠道化。中国石油集团与俄罗斯尤克斯石油公司之间，就俄安加尔斯克通往中国大庆的石油管线计划的论证长达9年之久，但因日本的突然介入而变得前途未卜。日本政府提议出资50亿美元，资助兴建终点为临近日本的俄罗斯港口城市纳霍德卡的输油管道，另外再为开发西伯利亚油田追加20亿美元的资助，而其中的部分资金为低息贷款。日本突然与中国竞争俄罗斯石油，其战略意图十分明显。(1)分散能源风险，确保国家的经济安全。据称，如果日本每年从俄国进口5000万吨石油，可把对中东石油的依赖度从86%降低到60%。(2)与中国争夺亚洲石油中转大国地位。日本认为，如果中国通过安大线进口石油，不但能满足国内的需求，同时还有相当一部分将转口至日本、韩国等亚洲能源需求大国。日本之所以急于抢占俄罗斯石油管道，是希望不至于从中国手中进口来自俄罗斯的石油，从而提高购买石油的资金与风险成本。（3)确保日本在东北亚地区的有利地位。随着中国经济的高速增长，中国在东亚地区的影响日益扩大。如果俄罗斯只把石油提供给中国，则会使中国在东亚地区的地位进一步提高，这实际等于削弱了日本的地位。2003年3月，俄方曾提出一个折中方案：把输油管道在中俄边境附近分叉，建设分别通往中国和通向日本的两条支线，但通往中国的支线将优先开工，日本曾对此表示反对。尤克斯石油公司总裁被逮捕后，使石油管道的前途变得更加扑朔迷离。2005年以来，出现了一些有利于中国的趋势，但不确定因素仍然存在。
除了围绕俄罗斯石油管道的中日竞争外，最近中国在东海海域进行的春晓油气田开发也遭到日方的无理干涉。春晓油气田位于浙江省宁波市东南350公里的东海西湖凹陷区域，由四个油气田组成，面积达2.2万平方公里，目前正在由中海油、中石化、美国优尼科及英荷壳牌公司联合开发。此次正在搭建的开采平台距离日本主张的所谓“中间线”只有5公里，比1998年开采的平湖气田向东65公里。日本提出，中国在“中间线”附近开发油气田影响日本利益。
中日关于东海经济专属区和大陆架划界的问题存在着分歧。中国政府在海洋资源开发问题上，一直坚持“搁置争议，共同开发”的原则，主张谁也不要在谈判以外采取破坏现状的动作。中方从来也没有承认日方的所谓“中心线”，但为了避免争端，中方采取了非常克制的态度。中国从事开采的油气田全部在没有争议的海域。尽管如此，日方仍提出所谓“吸管效应”的说法，主张日方的海底石油会被吸过去，无理地要求中国提供相关数据，并租用挪威海洋调查船进行资源调查，进而纵容和鼓动日民间石油企业对东海地区进行试钻、试开发等。
能源领域竞争既是经济问题，也涉及到主权问题和国家发展战略。中日能源竞争问题只能靠双方坐下来通过谈判来解决：（1)关于俄罗斯石油输送管道之争，中日双方角逐的结果只能是两败俱伤。在中日竞争之前，应当先做好论证，比如说俄罗斯到底能出口多少原油？此石油管道建设工程无论是走哪条线，其建设成本到底有多大？工程难度如何？管道建成后成本何时能收回？能不能收回？实际上，直到现在这些问题也不十分清楚。据称，最近日本一些石油公司曾经进行过论证，其结果表明，即使日本将通往纳霍德卡的石油管道建设项目争取到手，由于成本过高，企业的利润空间很小，日本企业对此并无太大兴趣。(2)关于东海天然气开发问题，更应通过协商与谈判来解决。值得庆幸的是，最近中日双方就东海石油共同开发问题进行了几轮政府间磋商，尽管尚无实质性进展，但毕竟开了一个良好开端。(3)中日在能源领域未必只有竞争这一条路。双方在节能、核电开发、石油储备、确保海上石油进口通道安全以及建立“东亚能源共同体”等方面的合作空间十分宽广。加强这些领域的合作有助于克服困难、缓解竞争，实现双赢结局。
(三)贸易摩擦问题
中日经贸关系在稳定持续发展的同时，也存在着一些不容回避的消极因素。日方认为，中国仍然存在相关法律朝令夕改、侵害知识产权、对日出口的食品安全性低、地方政府保护主义严重等各种问题。为了妥善解决这些问题，在日本国内要求中国政府采取措施、加强地方政府的执法力度和惩罚力度的呼声越来越强。不可否认，日方对中国的要求有些是客观的和正当的，但有些则是不正当的，甚至有些措施是无理的或过分的。例如，2001年4月日本实施的对中国大葱、香菇和蔺芯草三种农产品进口临时设限措施等就是典型的例子。日本的这一措施使中国农民特别是山东省农民遭受巨大损失。对日方这一措施，中国也采取了报复措施，对日本汽车、空调和手机三种产品采取了限制进口措施，日本上述三种产品对华出口大量减少。据日本汽车工业会透露，日本仅汽车一项在2001年就损失512亿日元，倘若报复措施实施到2002年，损失额将达到4200亿日元另外，最近也时常出现日本对中国出口日本的家禽肉及菠菜、鳗鱼等农产品设限，对毛巾等商品进行调查的现象，以及中国部分企业被列入出口管制项下的黑名单等问题。对这些问题，中日双方都需正视和米取积极措施及时加以解决。
中日贸易规模已如此之大，出现一些问题和摩擦是正常的。媒体或一些势力借个别问题大做文章、大肆渲染是不明智、不负责任的做法，这将误导两国经贸关系的方向，直接损害两国的经贸利益，进而恶化两国人民的相互感情，任何不公正、不科学的歧视性作法和人为设置任何贸易壁垒的作法都是不可取的，最好的方法是通过友好协商来解决经贸关系中的分歧与矛盾。
2003年和2004年举行的中日经济合作伙伴磋商及主管部门之间的磋商已取得了较好的效果。双方通过磋商和对话解决和消除贸易障碍，尽量减少贸易摩擦，有助于中日贸易保持快速增长势头。
(四)所谓“中国经济威胁论”
20世纪90年代以来，日本经济萎靡不振，迟迟不能复苏。日本将部分原因归咎于中国：（1)提出中国吸走了日本的资本而导致了其“产业空洞化”；（2)提出人民币定值过低，廉价中国商品涌入日本，挤跨了其中小企业，加剧了其通货紧缩等等。一时间“中国经济威胁论”甚嚣尘上，给日本国民的对华感情带来了一定的负面影响。事实上，在2000年之前，中国对日出口总额还不足日本GDP的1%，如果说这一数额对日本经济造成了威胁，显然是无稽之谈。大量事实表明，在中日贸易不断扩大的过程中，日本的钢铁、机械、海运等行业重获生机。目前，“中国特需”这个词在日本国内已经被广泛使用。正如小泉首相多次重申的那样，中国的发展对日本来说是“挑战”和“良机”，中日经贸关系是双赢关系。随着中国经济的持续增长和日本经济走向复苏，预料“中国威胁论”等杂音会相应减弱。
(五)所谓“产业空洞化”
20世纪90年代，日本陷入长期萧条以后，曾盛行如下论调：对外直接投资的扩大，特别是对华直接投资的扩大造成了日本国内“产业空洞化”，导致日本地方中小企业纷纷破产，国内失业率上升。一时间，“中国经济威胁论”甚嚣尘上。而事实上，在整个90年代，日本对华直接投资在其对外直接投资总额中所占比例平均仅有4%左右。以2002年度为例，日本对华直接投资为2152亿日元，占日本对外直接投资总额的4.9%，仅占日本GDP的0.04%。即使是日本对华直接投资增幅较大的2004年度，也只有4909亿日元，尚不足日本GDP的0.1%；中国对日出口总额也不足日本GDP的1%。很显然，这种微不足道的数额不可能导致日本国内“产业空洞化”。后来事态的发展已经用事实告诉人们：中国经济的发展对日本并不是威胁，而是给日本经济带来了机遇，日本对华出口和直接投资所带来的巨大利益，拉动了日本的经济复苏，而且今后对日本经济的促进作用会越来越大。
但另一方面，对外直接投资的扩大与国内产业空洞化是否有必然联系，确实是一个值得探讨的问题。不容否认，如果生产总量基本固定，因对外直接投资而增加的海外生产的确在一定程度上减少本国的生产，削弱本国制造业吸纳就业的能力。因此，也不能完全排除对外直接投资导致本国产业空洞化的可能。但对外直接投资未必必然导致国内产业空洞化。综观世界经济发展史，英国和美国制造业对外直接投资规模要比日本大得多，但却没有出现类似日本这样国内产业空洞化的压力。
那么，日本所面临的压力从何而来呢？除了日本民族危机意识较强，对产业空洞化的过敏反应等经济外因素之外，其经济性原因主要在于以下两个方面。
第一，日本没有及时进行产业结构调整，而造成主导产业(或主导产业群）出现空缺。一般来说，产业结构的演变实际上是一个新陈代谢的过程，旧的产业、夕阳产业转移出去以后，留下的生产空间应当由其他产业来弥补，这样才能在新的产业起点上迸发更大的经济活力，特别是像日本这样的经济发达国家，产业结构升级尤为重要。对外直接投资的扩大，本来应当成为日本确立知识密集型和服务业产业结构，促进产业结构升级的良好机遇，但日本并没有抓住这一机遇。“日本目前的制造业空洞化问题之所以显得十分突出，与其产业结构升级受阻，产业体系中缺乏吸纳劳动力的新兴主导产业密切相关。从其他发达国家，如美国的发展经验看，在以加工型制造业为主的产业结构向知识密集型和服务业为主的产业结构转换时，都不同程度地出现过制造业空洞化问题。但随着产业结构升级的实现，从空洞化产业流出的劳动力转移到新兴成长性产业，对空洞化的担忧自然消除。
第二，对外直接投资与引进国外直接投资极度不平衡。一般来说，处于工业化的初级阶段发展中国家(如中国），因其总体经济实力和企业的资金与技术实力十分有限，引进外资金额要远大于对外直接投资；但发达国家，因其经济实力雄厚而且拥有大规模企业特别是跨国公司，其对外直接投资与引进外资基本处于平衡状态。因此，对外直接投资所造成的就业机会损失，可以通过引进国外直接投资加以弥补。而日本的情况却截然相反，从国外引进的直接投资仅占本国对外直接投资的约25%S引进外资所创造的就业机会远远无法抵消因本国对外直接投资所造成的就业损失。值得关注的是，2004年度，日本吸引外国直接投资(4万亿日元)首次超过对外直接投资（3.8万亿日元）S这对日本扩大国内就业机会和缓解所谓国内产业空洞化无疑具有积极意义。
对资本利益最大化的追求以及经济全球化的现实，决定了日本制造业的对外直接投资趋势仍将持续下去，只有尽快培育新型替代产业才能减轻扩大对外直接投资对国内产业所带来的负面影响。解决问题的办法不应当是迁怒于他国的发展，而是应像美国那样，迅速发展IT产业和扩大高附加价值的研发、金融、保险、社会服务业等第三产业和尽快扩大对外引资，来填补转移出去的产业“空缺”，这才是解决所谓国内“产业空洞化”的最好出路。
(六）日资企业的本土化问题
日资企业在华经营管理者的本土化程度较低是一个老问题。20世纪90年代末以来，日本对华直接投资开始进入以设立独资企业为主、并开始建立投资公司(地区性统括公司）的企业集团经营时代。这就要求日资在激烈的竞争中重新确立一个能够迅速应对中国市场变化的高效率的经营管理体制。最关键的一个问题就是企业经营管理者的本土化问题，即如何最大限度地利用和发挥中国籍经营管理人员的才能的问题，因为只有充分利用东道国的人力资源，才能始终在激烈的国际竞争环境中处于优势地位。
相对于在华的欧美企业，日资企业在经营管理者本土化这一重要方面的进展仍然比较缓慢。根据薛军先生与西村豪太先生于2005年6月以在北京地区(包括天津和河北省的一部分)的中国日本商会三资企业分会194家会员企业为样本的调查表明，在日本企业与美法企业之间，中国籍或华人作为企业代表的企业总数比例存在着很大差距。其中，日本企业中中国籍或华人作为企业法人代表人的有43家，仅占总数477家的9.01%；而美国和法国分别有478家和44家，分别占总数711家和167家的67.23%和26.35%。
从日本国内总公司向海外派遣人员的费用（1人/1年大概最少需要2000万日元）对日本企业国际化来说是一个很大的阻碍，加上日本籍驻华人员存在对中国文化缺乏理解、语言及生活习惯不适应，以及与当地政府及居民沟通不畅等因素，减少日本籍驻华人员、培养中国籍管理人才、加速经营本土化进程已经成为大多数日本企业的战略方针。