等到武则天顶着压力当上了皇后，就开始铲除异己、培养自己的势力。而她这样做除了政治需要，还有发泄自己私怨的目的。
首先，在册立武则天的同一天，李治下诏将褚遂良贬为潭州（治所为今湖南长沙）刺史。当时南方属于经济不发达地区，这就是褚遂良反对武则天的下场。但是武则天认为对褚遂良的处罚还不够，还不能让她吐气。到了显庆二年（李治于656年改年号为显庆），又将褚遂良贬为桂州都督，到广西桂林做地方官，这是当时一种流放形式。而褚遂良对待这种惩罚的反应就是不说话，也就是不承认自己做错了。而武则天却是非要这位老臣自己承认错误。看着褚遂良连贬两次官还是态度强硬，武则天又让李治将褚遂良贬到爱州，这地方已在今越南境内。褚遂良实在是受不了那里艰苦的环境，终于肯求李治看在自己有拥立之功的份儿上让自己回老家终老。武则天看到这样的求饶奏章，才心满意足，不再迫害褚遂良，但褚遂良最终还是死在了爱州任上。
接下来就是长孙无忌这个难啃的老骨头。不但是托孤之臣，而且长孙无忌的势力也盘踞大唐朝廷，想搞倒他只有依托他事将其置于死地。先是由许敬宗等人将阴谋夺权的大帽子扣在了长孙无忌的头上，并强抓胡拽地把矛头直指长孙无忌，再加上武则天的枕边风，李治终于对自己的亲舅舅下手了。高宗李治下诏罢免长孙无忌的太尉官爵，流放黔州，对长孙集团的其他成员予以重罚，并成立了专门的调查组审讯长孙无忌谋反之案。许敬宗害怕长孙无忌翻盘，指使人逼长孙无忌上吊自杀，案件最终得以盖棺定案，长孙一族的势力就此消亡。
而心狠手辣的武则天也没有放过原来的情敌王皇后、萧淑妃。一次，李治想起了王皇后、萧淑妃，就去冷宫看望两人。当时两人的处境极为艰难，宫门让武则天派人全部堵死，只留下一个小洞送食物，李治只好呼喊两人。王皇后、萧淑妃在里面听到了李治的声音，知道皇上来看望她们，顿时悲喜交加。对于她们来说，这是一个逃出地狱的最好也许也是唯一一次机会，连忙哭着哀求李治将门打开，让她们重见天日。李治看到两个花朵般的女人沦落到这步田地，也心痛不已，于是答应王皇后和萧淑妃，一定马上想办法将两人救出。武则天得知此事后，痛下杀手，生怕两人能够咸鱼翻身。她立刻命人将王皇后、萧淑妃两人各杖一百，并将两人砍去手足，投入酒瓮。因为酒精消毒的原因，王皇后、萧淑妃没有立即死去，而是饱尝了酷刑之苦后才死。萧淑妃临死前发誓将化身为猫，报复武则天。武则天也心有顾忌，自此宫中不准再养猫，并改王皇后为蟒氏，萧淑妃为枭氏，以表达自己对两人的憎恨。
这时的李治只有眼看着武则天复仇的火焰熊熊燃烧，却一点不敢与她对抗，其中原因非常复杂，也许是个人性格，也许是武则天的强势。无论是什么原因，反正李治对于武则天只有睁一只眼闭一只眼，窝窝囊囊地做着皇帝。而武则天又顺便把原来的太子李忠贬为梁王，把自己的儿子李弘推到了太子的位置上。