(一)“格物穷理”的认识论
高攀龙继承了程、朱“格物穷理”说，提出“学必由格物而入”(同上卷一)、“圣学正脉，只以穷理为先”(同上卷五)的观点。由此，他对《大学》的“格物致知”说作了发挥。
首先，他认为格物的对象很广，天地万物都是物，日常“动念”都是格他把《大学》等皆看作是“格物穷理”的经典：
天地间触目皆物，日用间动念皆格。一部《大学》皆格物也，六经皆格物也。《孟子》七篇更作《大学》注疏。何者？以皆穷至其极，见天理真面目也。(同上卷九其次，高攀龙的格物说，主要在于求取“至善”，即封建道德的根本原则，而不在于认识自然界和人类社会他说：
《大学》在明明德、在新民、在止于至善三句。一句少不得，如此方是圣人之学。(《东林书院志》卷六《东林论学语》下先生(指高攀龙)曰：“天理与明德何异？”彦文(高之弟子)曰：“天理云者，是天然一定之理。明德云者，是明此天理。天理即明德，明德即天理，本无异也。”先生曰：“明德才是我之天理。”(同上卷五《东林论学语》上或问曰：《大学》并列三纲而归重知止(善)，何也？三纲非三事，一明明德而已。明明德者，明吾之明德也；新民者，明民之明德也；止至善者，明德之极至处也。然不知止(善)，德不可得而明，民不可得而新。何者？善即天理，至善即天理之至精至粹、无纤芥夹杂处也。不见天理之至，便有人欲之混，明德、新民总无是处，故要在知止(善)也。
(《高子遗书》卷三《经解》
可见，高攀龙是以“性即理、理即善”的观点来论述《大学》三纲领的。他认为“明德”即“我之天理”；“新民”即“明民之明德”，也就是“明民之天理”；“知止(善)”，即达到“天理之至精至粹、无纤芥夹杂处。”一句话，就是明天理而达到所谓“至善”的“天理之极至处”。
所以，他强调《大学》“三纲非三事，一明明德而已”，“而归重知止(善)”。高攀龙之所以强调“止至善”，除了他以上所述，是由于“至善”是“天理之至精至粹、无纤芥夹杂处”，“不见天理之至，便有人欲之混”的根本原因外，还因为只有明天理之“至善”处，才可排除佛教和霸王之道的搀入。
他还认为“格物穷理”的最终目的，就是达到天理之“至善”。他一再强调：
何谓格物？曰：程、朱之言至矣。所谓穷至事物至理者，穷究到极处，即本之所在也，即至善之所在也。(同上窃以自孔子而来，欲寻其绪，多必由《大学》以明明德为主，以格物为先。格物者穷究到天理极至处，即至善也。
(同上卷八《答方本庵》
《大学》在明、新、止。格物者，格知明新之至善处也。
(同上卷九高攀龙强调所谓“至善”，从抽象的精神本体“天理”，具体化为人的道德伦理。因此，可以说，高攀龙的格物说，即是其“穷理为先”
的认识论。在本体论上，则是求得对天地万物的本原——“天理”的认识；在人性论上，则是复“天命之性”的“天理”之善，而除尽“气质之性”的“人欲”之恶；在道德伦理观上，则是求取“至善”的封建道德(仁、义、礼、智)的根本原则。所以他的“穷理为先”的认识论，又是与其人性论和道德观紧相结合的。这正是宋明理学的特点。
再次，高攀龙强调穷理功夫的重要他说：
《大学》之旨，明德、新民要止至善。止至善者，一篇主意也，其下皆止至善工夫。(同上卷八《与泾阳论知本》
《大学》在明、新、止。格物者，格知明新之至善处也。
故身、心、意、知、家、国、天下，皆明、新、止之物也。诚、正、修、齐、治、平皆明、新、止之格也。(同上卷九《王仪寰先生格物说小序》
认为《大学》所言格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、天平下，皆是“止至善”的功夫。他提倡本体与功夫并重，断言“不识本体皆差工夫”，“不做工夫皆假本体”(同上卷八下《与薛用章》一)。他反对某些儒者“以易简废工夫”的做法，认为“若以易简为心，便入异端去矣！”(同上《与逯确斋》
(二)“致知格物”说的批评
高攀龙系统地批评了王守仁的“格物致知”说。他为此写了《阳明说辨》等文。
首先，他指出王守仁对《大学》“格物”说的解释，是用“正心”、“诚意”来代替“格物”，这和《大学》以三纲为本体(“主意”)。八目为功夫的宗旨相违背他说：
阳明格物，却是诚意正心事矣，非格物也。(《东林书院志》卷六《东林论学语》下至于说格物，曰：“极力致其良知于事事物物之间，使事物各得其正。”又曰：“为善去恶是格物。”夫事物各得其正，乃物格而非格物也。为善去恶乃诚意而非格物也。又以诚意为主意，格致为工夫。《大学》固以三纲为主意，八目为工夫矣。试举王先生古本序一绎之，其于文义合耶？
否耶？(《高子遗书》卷三《经解》
他认为“阳明之说《大学》也，吾惑之”，并且赞同罗钦顺和顾宪成对王守仁“格物”说的批评，即“整庵罗氏所谓左笼右罩，以重为诚意、正心之累。顾(宪成)氏所谓颠倒重复，谓之阳明之《大学》可矣！”(同上《阳明说辨》二高攀龙指出只重本体(主意)而摒弃功夫的危害，认为这是朱(熹)、王(阳明)之学的“实”与“虚”、“心即性”还是“心非性”的分界线，也是儒、佛分歧之所在。他说：
阳明于朱子格物，若未尝涉其藩焉，其致良知乃明明德也。然而不本于格物，遂认明德为无善无恶。故明明德一也，由格物而入者，其学实，其明也是。心非性。心性岂有二哉？则从入者有毫厘之辨也。(同上卷八下二先生(指陆、王)学问俱是从致知入。圣学须从格物入。致知不在格物，虚灵知觉虽妙，不察于天理之精微矣。
(《东林书院志》卷六《东林论学语》下圣人之学，所以与佛氏异者，以格物而致知也。儒者之学，每入于禅者，以致知不在格物也。致知而不在格物者，自以为知之真，而不知非物之则，于是从心逾矩，生心害政，去至善远矣。(《高子遗书》卷九这说明高攀龙强调致知必须通过格物，否则儒学即“入于禅”而“虚其实”。所以，他认为如何“致知”是个十分重要的问题，“关系学术之大小偏正”，“古今学术，于此分歧”。他说：
这“知”字却最关系学术之大小偏正，都在这里。
古今学术，于此分歧，便分两路去了：一者在人伦、庶物、实知、实践去；一者在灵明、知觉、默识、默成去。此两者之分，孟子于夫子微见朕兆，陆子于朱子遂成异同。本朝(薛)文清与(王)文成便是两样。宇内之学，百年前是前一路，百年来是后一路，两者递传之后，各有所弊。毕竟实病易消，虚病难补。今日虚证见矣，吾辈当相与稽弊而反之于实。
(同上卷四高攀龙总结了儒学在致知问题上出现的分歧，指出这种分歧后来发展成宋代朱、陆的异同，以至演变为薛笕、王守仁的不同途径，及至明末，王学已是弊端丛生，“今日虚病见矣！”为此，他提出“吾辈当相与稽弊而反之于实”，说明他看到了王学末流症结之所在。总之，他反对用“正心”、“诚意”来代替“格物”、“致知”，而走“默识”、“默成”的途径。在“格物致知”问题上，高攀龙基本上恪守程、朱理论，没有什么创新。
其次，高攀龙反对王守仁提出的忠孝之理只能向心上求的观点他说：
夫臣之事君以忠也，夫人知之，而非知之至也。孟子曰：“欲为臣尽臣道，法舜而已。”苟不如舜之所以事君，则已陷于天下之大恶而不自知焉，则所以去其不如舜以就其如舜者，当无不至也。子之事亲而当孝也，夫人知之，而非知之至也。孟子曰：“事亲若曾子者可也。”夫至于曾子之事亲而始曰可也。此人伦之至，天理之极止之则也。此为格物而至于物，则物理尽者也。所谓因其已知之理益穷之，以至乎其极也。(同上卷三这里，高攀龙针对王守仁致心之理、格心之物的“致知格物”说，运用朱熹的“格物穷理”的观点加以驳难，认为人对忠孝之理的认识，首先则是“格物而至于物，则物理尽者也”。也就是“欲为臣尽臣道，法舜而已”、“事亲若曾子者可也”。然后，从已知的忠孝之理，进而穷尽更深的忠孝之理。高攀龙在这里区别了认识主体和认识对象。而不象王守仁那样，把“心”看作既是认识主体，又是认识对象，其认识对象只是认识主体——“心”之显现。
此外，高攀龙还批驳了王守仁关于“孝之理”随“亲没”而消失的观点，认为忠孝观念不会由于某个人的“亲没”而消失，人们仍会从已知的忠孝观念而“益穷之，以至乎其极”。在这问题上，高攀龙对王守仁的驳难也只能到此为止。事实上，他所谓忠孝观念，只是封建社会伦理关系在人头脑中的反映，有封建社会的伦理关系，才会有人们对忠孝之理的认识。因此，封建社会的伦理关系，不会由于某个人的死亡而消失，在人们头脑中的忠孝观念，自然也不会因某个人的“亲没”而不存在。
再次，高攀龙以“闻见之知”反对王守仁“扫闻见以明心”
他指出王守仁“任心而废学”，“非孔子之教也”(同上卷九上)，认为“闻见之知”，虽然是“知之次”，但仍应足够重视，不能像王守仁那样“扫闻见而明心”。他肯定了孔子的“多闻从善，多见而识”(同上)的观点：
夫圣人不任闻见、不废闻见，不任不废之间，天下之至妙存焉。舜闻一善言，见一善行，若决江河沛然莫之能御也。非闻见乎？而闻见云乎哉？！(同上卷三高攀龙看到了“闻见之知”的重要性，如“舜闻一善言，见一善行，若决江河，沛然莫之能御也！”提出“不任闻见、不废闻见”的观点，并且说“不任不废之间，天下之妙存焉。”说明他意识到：完善的认识，要凭闻见，但又不能光凭“闻见之知”。
(三)格“一草一木之理”
高攀龙的“格物穷理”论，不仅对王守仁“格物”即“格心”说加以论驳，而且在《答顾泾阳先生论格物》一文中，对顾宪成“格物草木之说”提出异议。
高攀龙虽然强调格物主要在于求取“至善”的封建道德的根本原则，但他仍主张要探求一草一木之理。他不赞同顾宪成“以六经、语(《论语》)、孟(《孟子》)中未见论着此等工夫”为理由，轻视或甚至把一草一木之理排斥于格物之外。高攀龙的理由是：
(1)虽然在“《六经》、《语》、《孟》中未见论着此等工夫”，但“近取诸身，远取诸物”，正是“孔门一贯之学”(同上卷八)。根据朱熹的“万物各具一理，而万物同出一原”的观点，一草一木虽小，但“从来源头是一个，故明此即通彼，通彼亦明此耳”(同上)。因此，他认为“一草一木是格物事，鸢飞鱼跃是格物事”(同上)。
(2)一草一木是人们随其所见之物。既然是物，就应属格物范围之内，强调“格诸身”和“格诸物”没有什么不同。他说：
先生(指顾宪成)曰：“鸢飞鱼跃，傍花随柳乃是自家一团生机，活泼泼地，随其所见，无非是物。”若不是物，何以随其所见，无非是物；既是此物，则格诸身、格诸物，何以见根趣之殊邪？(同上(3)“天下之理，无内外、无巨细”，“一草一木”和“鸢飞鱼跃”，“亦皆有理，不可不格。”如“以草木为外，便是二本，便说不得格物”。
他说：
天下之理，无内外、无巨细，自吾之性情以及一草一木，通贯只是一理。见有彼此，便不谓尽心知性。一草一木亦皆有理，不可不格。会得此意，则与《中庸》所指“鸢飞”、“鱼跃”者，何以异哉？(同上先生云：“莫非理也，有何巨细、有何精粗？但就学者工夫论，自有当务之急耳。龙(即高攀龙)谓《大学》最先格物，便是急。开眼夭乔飞走，孰非心体，以草木为外，便是二本，便说不当务之得格物。(同上(4)“天地间物莫非阴阳五行”，宇宙万物由于“各自其所禀”之不同，而各有其特点和不同的生长发展法则，因此要对大至天地、小至草木之物都得去探求其理。
他说：
先生(指顾宪成)云：“有梅于此，花何以白？实何以酸？有桃于此，花何以红？实何以甘？一则何以冲寒而即放？一则何以待暖而方荣？”龙谓天地间物莫非阴阳五行，五行便是五色，便有五味，各自其所禀，纷然不同，固无足异。至发之先后，盖天地间有一大元亨利贞，各物又具一元亨利贞，杂然不齐，良有以也。(同上可知高攀龙的“格物穷理”论，是坚持要把一草一木之物都作为格物的对象，不能由于“格物穷理”的主要对象是对“至善”的封建道德的根本原则的探求，而忽视或甚至把一草一木之理排斥于格物之外。
高攀龙也不赞同顾宪成所持的格草木之理会影响“正心”、“诚意”的封建道德修养的见解。他说：
先生(指顾宪成)云：“于此格之(指格草木)，何以便正得心？诚得意？于此不格，何以便于正心诚意有妨？
龙敬问先生曰：“此一草一木与先生有关否？若不相关，便是漠然与物各体，何以为仁？不仁何以心说得正、意说得诚？”“乐意相关禽对语，生香不断树交花”，所以为善形容浩然之气，所以不可不理会也。(同上他根据“万物一体”的观点，认为探求客观外界的自然草木之理与“正心”、“诚意”的主观道德修养是相关的。格草木不仅不会影响正心、诚意的主观道德修养，反而会促进道德修养。因为象“禽对语”、“树交花”的自然现象，都能表现出天地间的“浩然之气”。由此，他得出“格物是求放心”、“观物即是养心”(同上)的结论。
高攀龙的格物说目的在于“格物是求放心”、“观物即是养心”的封建道德修养。他与顾宪成不同的，只是在格求“至善”的道德根本原则的同时，并不贬低或排斥格草木，甚至还想从格草木中体验天地间“浩然之气”。
(四)修悟并重的道德修养论
高攀龙提倡修悟并重的道德修养论，认为“悟修二者并无轻重”
(同上卷五《会语》)如以仁、义、礼、智四字而言，“言仁、智处皆是悟，言礼、义处皆是修。悟则四字皆是修，修则四字皆是悟。”(同上)因而他的结论是“半斤八两”(同上)。他之所以提倡悟修并重，是因为“修而不悟者，徇末而迷本。悟而不彻者，认物以为则。”(同上卷九上)“不悟之修，止是妆饰；不修之悟，止是见解”(同上卷八《答肖康侯》)。只有修悟结合，才能算是“修而悟，悟而彻”的“真圣人之学”(同上卷九)。他认为悟和修、本体与功夫之间的关系不是对立，而是彼此紧密结合。他说：
善言工夫者，惟恐言本体者之妨其修；善言本体者，惟恐言工夫者之妨其悟。不知欲修者，正须求之本体；欲悟者正须求之工夫。无本体无工夫，无工夫无本体也。(同上卷九上《冯少墟先生集序》
至于如何修养？高攀龙遵循朱熹的“居敬穷理”的功夫。
关于居敬，他认为“须是主一无适”(同上卷四《君子修己以敬章》)。即是专心致志地对“至善”的道德原则执着的追求，做到丝毫不与义理相违背。这和佛、道追求玄虚、空无之境而“坐禅”、“坐忘”
的自我参悟的修养方法有所不同。他批评某些儒者(指王学末流提倡禅学的自我参悟是“误天下学者”：
今之谈学者多混禅学，便说只要认得这个己，他原自修的，何须添个修。原自敬的，何须更添个敬，反成障碍了。此是误天下学者，只将虚影子骗过一生，其实不曾修，有日就污坏而已。(同上关于穷理，高攀龙极力提倡“读书穷理”。他认为读书多了，即能开阔心胸，明晓义理，增进修养：
学者要多读书。读书多，心量便广阔，义理便昭明。读书不多，便不透理；不透，则心量窒塞矣。吾人心量原是广阔的，只因读书少，见识便狭窄。若读书穷理工夫到，穷得一分理，心量便开一分，读书即明心也。(《东林书院志》卷六《东林论学语》下他把“读书穷理”，比作“正如跛者之杖，盲目之相，病者之药”
(《高子遗书》卷三《示学者》)。强调“穷理必由读书而入，静坐、读书必由朋友讲习而入”(同上卷十二)，认为这是“入德要诀”(同上)。这就把“读书穷理”看作修养道德之门径。他给自己提出了“半日静坐、半日读书”的规定。
至于如何静坐？如何读书？高攀龙反对闭目塞听的“静坐”，同时也反对不假思索的死“读书”。他说：“吾辈每日用功，当以半日静坐、半日读书。静坐以思所读之书，读书以考所思之要”(同上卷八)。他主张“静坐”与“读书”相结合，反对那种“书自书，我自我，都无意味”(同上卷三《读书法示揭旧诸友》)的态度。