高攀龙的本体论继承了程、朱的理气观。他认为“理”是宇宙万物的本原，“太极”则是天地万物之理的总和，事物之万善至好的标准。“太极者，理之极至处也”。(《高子遗书》卷十二《书悟易篇》
他又认为，天地万物的形成，既要有“理”为生成之本，又要有“气”为生成之材料。故说：
欲明理，先明气。气苟不明，理亦不透。无论人物同此气，即金石瓦砾亦同此气也。知气之不同，则知理之不同，万物统体一太极也。(《东林书院志》卷五《东林论学语》上他强调万物是由理与气二者综合形成的，认为天地万物虽然都统一于理，但又是千差万别，其差异的原因就在于“气”。他说：
若到成形便不同，无论瓦砾金石人物之不同，即人之同类者，亦有不同。物物一太极也，同一气也，而有春、夏、秋、冬之异宜。观物有温、凉、寒、热之异性，则知人有刚、柔、阴、阳之异禀。同者不妨其为异，异者不害其为同，所谓敦化川流。因气观理，更明白也。(同上在理和气关系上，高攀龙坚持程、朱以理为主的观点，认为理与气具有“形上形下之分”(同上)。他反对罗钦顺的“气之聚便是理之聚，气之散便是理之散”(《困知记》)的以“气”为本的理气观。他说：
有友言罗整庵(钦顺)先生言理气最分明，云气聚有气聚之理，气散有气散之理，气散气聚而理在其中。先生(高攀龙)曰：如此说也好，若以本原论之，理无聚散，气亦无聚散。何也？以人身言之，身为一物，物便有坏，只在万殊上论。本原上如何有聚散？气与理，只有形上形下之分，更无聚散可言。(《东林书院志》卷五《东林论学语》上这就说明高攀龙所坚持的是程、朱以“理”为本体的理气观。
高攀龙与程朱理学正宗不同在于：他有时又推崇张载的“太虚”
(气)为万物之本的自然观，与他的以“理”为本的理气观相矛盾。
如说：
虚空都是气，不知道者不知耳。人之在气，犹鱼之在水。
张子(张载)所谓太和谓道，太虚谓天，指点人极醒。
(同上卷六《东林论学语》下张载所谓的“太和”，是指阴阳未分之气。所谓“太和谓道”，则是指太和之气变化流行的秩序、法则。所谓“太虚”，就是通常所说的天空，虽然无形无状，却是气散而未聚的原始状态，一切有形和无形之物都是随着气之聚散而变化的。高攀龙承认“虚空都是气”，推崇张载的“太和谓道，太虚谓天”的元气本体论，并且把天地间都看成是“惟气而已”，进而又把“心”与“气”看成为“不是二物”，都说成是气的性质。如说：
天地间充塞无间者，惟气而已。在天则为气，在人则为心。气之精灵为心，心之充塞为气，非有二也。心正则气清，气清则心正，亦非有二也。(《高子遗书》卷四又说：
心与气不是两物，充塞者气，主宰者是心。主宰(心是气之精灵，充塞是气之全体。清则为神，浊者为气。
(《东林书院志》卷六《东林论学语》下这种观点和张载关于气的两种性质的论点是一致的(见本书上卷张载章)，而且和朱熹的观点也并无不同。