(四)学术宗旨的异同
泰州学派背离传统，勇往直前，独树一帜，是“别立宗旨”的“异端”学派，他们在社会上和学术界产生了很大的震动。正如黄宗羲在《明儒学案·泰州学案》中评论所说的：“诸公掀翻天地，前不见古人，后不见来者诸公赤身担当，无有放下时节。”反映了他们冲决封建礼教网罗，“赤手缚龙蛇非名教之所能羁络”的“狂者”和“异端”风格。
东林学派则以国家民族的命运为重，气节凛然，激扬文字，讽议朝政，不畏迫害，抨击阉党和贵族官僚的专权乱政，痛斥空谈心性的浮华不实的学风极力倡导经世实学。
1.提倡自由讲学和要求改革科举制度泰州学派十分重视开展讲学活动，王艮就说：“经世之业，莫先于讲学以兴起人才者。”(《语录》)他们利用农闲时间聚徒讲学，所讲的都是百姓当下日用之学，即使讲“经书”，也“多发明自得，不泥传注”(《年谱》)，往往阐述自己的独立见解，因而受到平民百姓的欢迎。颜钧讲学，“无贤不肖皆赴之”。何心隐对张居正毁天下书院、禁止自由讲学的文化专制政策极为不满，写了《原学原讲》一文，强调要“必学必讲”。为争取自由讲学，他还准备“诣阙上书”，辩于朝廷，鸣于天下。他奔走四方，南至福建，西至重庆，东至长江下游，北到京师。在京师的时候，“辟谷门会馆，招来四方之士，方技杂流无不从之。”(《明儒学案·泰州学案》)李贽从58岁到76岁去世的年中，大半时间客居湖北麻城。他一面从事着书立说，一面讲学，“儒、释从之者几千、万人。”(沈瓒《近事丛残》
顾宪成、高攀龙等这批东林学派的爱国知识分子，面对“天崩地陷”的时代，愤起指斥腐败的朝政，要求改革，在遭到迫害和贬斥后，仍“志在世道”，以国家危亡为重，修复东林书院，聚众讲学，强调把读书讲学和关心国事相联系。“风声雨声读书声声声在耳，家事国事天下事事事关心”这幅对联，就是他们的真实写照。东林学派还针对万历初年以来朝廷下令禁毁天下书院、禁止聚徒讲学的封建文化专制政策，提出了自由讲学和自由结社的要求。针对当权者诬讲学有“二惑”(迂阔、高远)而企图禁锢讲学，他们给予严正驳斥：“学者，学此者也；讲者，讲此者也。凡皆日用常行，须臾不可离之事，何云迂阔？又皆愚夫愚妇之所知共能也，何云高远？此其不当惑者也。”(《东林书院志》卷二《东林会约》)正是因为他们的讲学内容由国事而家事，切于百姓的日用常行，所以每逢讲学，除了地方士绅和学子们出席外，还有“草野之齐民，总角之童子”到会“听教”(同上)，人数之多，“一时相传为吴中自古以来未有之盛事”(《顾端文公年谱》)。东林学派还把“士”之讲学，看成是“农之于耕”一样具有同等的合法权利。与此同时，东林学派通过“一堂师友”聚集在一起的讲学活动，看到了“群”的作用。顾宪成提出，“圣贤”也不能“关闭门户”、“离群绝类”地做学问，要做到“群一乡之善士讲习，即天下之善皆收而为吾之善，而精神充满天下矣。”(《东林书院志》卷三)，这也成为东林学派人士要求讲学和结社自由的理论依据。
对于科举制度，泰州学派也是十分不满的。王艮指责“以文艺取士”的科举制度会使人“营心于富贵之末”，而“莫知孝弟忠信、礼义廉耻”。因而他要求恢复汉代的选举制度与科举制度并行，认为这能克服科举之弊，得“天下之贤”。这反映了一部分无力跻身于科场的布衣平民另辟为国效劳或取得功名富贵之途径的要求。东林学派人士对科场腐败、选择治国英才之路受阻深为愤怒。钱一本就曾上书揭露内阁隐瞒科场舞弊事件，要求革除因舞弊而得中的官宦勋贵子弟。高攀龙则指出：“天下之害”就在于朝廷各“司官得贿赂而引用非人”。顾宪成更明确表示，科举取士应打破等级贵贱的标准。他们还提出：“海内共以为贤者，不惜破格用之。”(《明实录》卷二四二)顾允成主张在下级官吏中，将“洁己爱民者”破格提拔。高攀龙还在天启二年上了《破格用人疏》。他们的目的在于澄清吏治以革新朝政，同时也显示出对封建等级制度和上下贵贱尊卑的伦理观念的冲击。
2.世界观的矛盾现象在世界观上，泰州学派的基本倾向是唯物的，但又呈现出矛盾且含有神秘主义的色彩。王艮和李贽都认为天地、万物、人都是自然，“气”是万物的本原。如王艮说：“父母生我，形气俱全。形属乎地，气本乎天。”(《遗集》卷二)李贽说：“天地一夫妇也，是故有天地然后有万物，夫厥初生人，惟是阴阳二气、男女二命，初无所谓一与理也，而何太极之有？”(《焚书》卷三《夫妇》)何心隐一方面认为“有乾坤而乃有人”、“而乃有仁”，则天地是人的本原；但另一方面又认为“仁”、“人心”是万物的本原，所谓“惟天惟地而不有人，则不有天地矣；惟人而不有仁，则不有人矣。”(《爨桐集》卷一东林学派在宇宙观方面，还未摆脱理学的羁绊，是“以理为主宰”。顾宪成、高攀龙等人均认为“太极(理)”既是世上万事万物的本原，又是太极(理)的体现。太极(理)赋予人，即谓之性，也正是朱熹所说的“在天曰命，在人曰性”。也就是说，性即天理。但高攀龙同时又推崇张载的“太虚(气)”为万物之本的唯物主义观点。他说：
“天地间充塞无间者，惟气而已。在天则为气，在人则为心。气之精灵为心，心之充塞气，非有二也。心正则气清，气清则心正，亦非有二也。”(《遗书》卷四)这说明他把天地间万物都看成是气，把心与气看成是一物。并且把作为精神思维器官的“心”，看作是受物质性的“气”之作用的结果。可见，他在宇宙观上出现了自相矛盾的状态，这正是他企图挣脱理学羁绊的反映。
3.提倡经世致用的实学泰州学派的王艮提出“百姓日用之道”、“百姓日用之学”的进步命题，认为只有平民百姓的劳动实践活动才是真实的学问。而且认为“百姓日用之学”是最平常的，“愚夫愚妇”都“能知能行”的。如果不是“愚夫愚妇”都“能知能行”的“日用之学”，则“纵说的真，却不过是一节之善，算不得圣人之道。”(《年谱》)他的“百姓日用之道”，是“以日用现在指点良知”(同上)，是把合乎“百姓日用”作为衡量是否符合“圣人之道”的标准。也就是王艮所强调的“百姓日用条理处，即是圣人条理处”，“圣人经世，只是家常事”(同上)。因此，他反对空谈抽象的性理，提出“即事是学，即事是道”(《语录》)的实学观点。何心隐很推崇王艮的实事实用的观点，他的实事就是革新社会事业而建立共和社会的一种试验。他献出全部家财，在家乡创办“聚和堂”，进行他的“理想社会”的实践。李贽更进一步提出“治贵适时，学必经世”的观念，以成事、有用作为评价一切学术、行为和人品的标准。正如李贽所云：“古之君子贵成事”(《藏书》卷二七《侯赢》)，“国家用人，唯用其才”(《续焚书》卷三《读史汇》)，这就从根本上改变了传统儒家的价值观念。泰州学派的许多实事实用的观念，都为后来的实学思想的发展提供了良好的基础。
东林学派竭力反对王学末流的“空言之弊”，提倡“不贵空谈而贵实行”的良好学风和“治国平天下”的“有用之学”，并以学问要“通得百姓日用”作为衡量学问之“有用”或“无用”的价值标准。他们还强调“讲以讲乎习之事，习以习乎讲之理”，要求做到“每有所疑，各呈所见，商量印证，方有益处”(《会语》)。东林学派这种提倡“讲”、“习”结合和进行“印证”的观点，为后来的顾炎武、黄宗羲、方以智等所发展，蔚然而形成了“言必证实、言必切理”的重实践、尚实证、贵实用的一代新风。这既是对儒学经世传统的继承和发扬，也为尚实学、重实证、讲求经世致用的实学思潮的高涨开辟了道路。
4.在追求人性解放的思想方面，泰州学派有很突出的理论创造(1)王艮的自然人性论。
王艮把人性的本体作为生理自然要求来考察，他以“安身”为“天下之大本”，因为“身”是天地万物之本，只有“知身之为本，是以明明德而亲民也”，才能“主宰天地”、“斡旋造化”(《答问补遗》)。
他把人的价值提高到了主宰客观世界的地步。而所谓“安身”，首先是要让人们吃饱穿暖，保证基本的生存权利。他还肯定了人的欲望、饮食男女都是“天体之性”，故而不容统治阶级的人为干涉。他认为，那种强迫人民“为其所不为”、“欲其所不欲”，是不符合“自然天则”(“天理”)的。他说：“良知之体，与鸟鱼同一活泼泼地。当思则思，思通则已。”(《语录》)他的人性自然就是“良知”观点，不但改变了王学的“良知”内容，而且屏除了阳明良知说的神秘气氛，同时也反映了劳动人民保卫自己生活权利的意愿。
(2)“尊身立本”的“淮南格物”和“明哲保身论”。
王艮基于“天地万物一体”、“混沌一元”的一元论出发，提出“身与天下国家一物”(《答问补遗》)的命题。他所谓的“格物”，就是正确处理好本(身)与末(天下国家)之间的关系。他一反程朱理学的“格物穷理”、王学的“格物”、“格心”以格求达到封建伦理道德纲常而“存天理、去人欲”，而是把“格物”落到了由端正自己(“修身立本”、“反己自修”、“正己物正”)出发的，对于天下国家的“正”的实处，显示出他的“格物”说与传统格物说的不同，人称“淮南格物”。
王艮提出的“尊身”、“爱身”和保身的观点，由此而主张人己平等和爱人思想。“安身”是物质条件的“安”，“尊身”则是人格道德上的“尊”。他把“身”等同于“道”，从身、道统一出发，提倡“尊身立本”
(《语录》)，并把“尊身”与他所倡导的“百姓日用之学”相结合，并给予了辩证的说明。他指出：“道尊自尊，才是至善”(《语录》)。为了“尊道”，还必须爱身和根据客观的险恶条件做到“明哲保身”、“爱身如宝”。同时，他又反对“知保身而不知爱人”的“利己害人”的自私行为。他认为：人、己是平等的，“我之不欲人之加诸我”，反过来“吾亦欲不加诸人”，这才真正达到了安身立本、安人安天下和“亲民止至善”的境地。他的“尊身立本”思想展示了他重视人身、提倡平等爱人等具有早期启蒙特色的新思想观点。
(3)李贽进一步提出人人“生知”的平等观和“物情不齐”的个性说，和“人必有私”、“私者人之心”的观点。