以往，在学术界，大都把由王艮(心斋，14831544)创立、经何心隐等发展、至李贽(卓吾，15271602)而推向顶峰的泰州学派，和由顾宪成(泾阳，15501612)、高攀龙(景逸，15621626)创立的东林学派看成是思想截然不同、甚至十分对立的两个学派。其实，他们虽有不同，或有分歧之处，二者却还存在着许多共同点；甚至，东林学派还吸取和继承了泰州学派的某些思想观点。
(一)时代与学术背景
从明代历史发展的整个进程来看，泰州学派与东林学派所处的年代，主要在明朝嘉靖至万历年间(15221620)。这个时期，正是中国漫长的封建社会已经进入晚期，新的资本主义经济关系开始萌芽，社会关系和阶级矛盾斗争也随之发生了新的变化，中国封建社会至此发展到了一个新的转折点。他们共同处在一个新的、资本主义生产关系开始萌芽的时代，其活动和传播地区均在商品经济比较发达的长江中、下游，但他们又各有其不同的具体历史情况。
泰州学派主要活动在嘉靖、隆庆至万历初年的明代中期。这个时期的统治者已经安于守成享乐，怠于政事，宦官因而得以窃权专政，英宗正统至武宗正德期间尤为突出。世宗嘉靖皇帝妄想成仙长·生，永享富贵，热衷于方士巫术，不理朝政，致使吏治败坏，群臣为夺首辅内阁的位置而争斗激烈，朝政日趋腐败。加之土地兼并加剧，赋税苛重，财政严重亏空；边防吃紧，倭寇乘机骚扰，人民反抗运动不断高涨。虽说此时明代的封建统治尚未走到崩溃的边缘，但已步向危机。嘉靖中期以后，具有远见的政治家如海瑞、高拱等，为了挽救明王朝的颓势，兴起了要求改革的浪潮。万历初年，形成了首辅张居正着名的改革。他利用手中掌握的权力，雷厉风行地推行“一条鞭法”
等改革主张；与此同时，他又实行了关闭天下书院、严禁自由讲学活动的文化政策。其结果是：一方面暂时缓解了明朝经济危机，巩固了封建地主阶级的统治；而另一方面，却由于强化了封建主义专制，必然对有“异端”思想的人们采取思想禁锢和进行残酷迫害，致使具有市民反抗意识的泰州学派人士如颜钧被充军、何心隐被杀等。张居正一死，他推行的改革措施，大多被贪婪成性的万历皇帝取消，从此，明朝日趋衰落。
嘉靖、万历之际，随着商品经济的繁荣、资本主义生产关系萌芽和社会风尚的变迁，思想领域也起了巨大的变化。此时，程朱理学已显出陈腐僵化，逐渐失去笼络和控制思想界的力量。生动活泼、不以圣贤经书和理学教条为是非善恶标准的王学，冲破了朱学的思想禁锢。王守仁(阳明)的“心学”崛起并很快风靡全国，结束了昔日程朱理学一统天下的局面。到“嘉、隆以后，笃信程朱、不迁异说者，无复几人矣。”(《明史》卷二八二)王学在客观上为某些进步的思想家反对圣贤偶像和封建礼教束缚的“异端”思想提供了思想资料。但维护“存天理，灭人欲”的封建道德宗旨以及他的“破心中贼”的实行方法，使王学很快又成了明王朝封建统治的精神支柱。由于王学在理论上存在内在矛盾，而且在不同时期所强调的侧面不同，加之门人弟子的资质各异、对师说的理解不同，以及各自对当前社会与学术思想弊端认识上的差异等因素，故而，当王守仁去世后，王学就开始分化。
其弟子中有的是固守王学正传，有的则返归朱学，有的则修正王学。
·然而更多的则是流入王学末流，将王学禅化，致使谈空说玄之风弥漫于学术思想界，造成了晚明严重的空虚学风。其中，以出自王学之门的王艮为首，经颜均、何心隐的发展，至李贽而至顶峰的独立的“异端”学派——泰州学派，他们的思想冲破了传统儒学的束缚，代表着广大民众的利益、有着强烈的追求个性解放和发展自由经济的要求，是早期启蒙思想的发端。他们赢得了广大民众的参与，思想主张广为传播。泰州学派是一个代表着平民、市民的“异端”学派。
由顾宪成和高攀龙创立的东林学派则生活在社会激烈动荡变化、危机深重、“天崩地陷”的晚明时期。自明神宗万历中期以后，各种社会矛盾急剧发展。在政治上，以皇帝为首的贵族、官僚集团日趋腐朽反动，他们垄断政权，使皇权在政治和经济上达到独裁化的程度。他们鱼肉百姓无度，极端享乐腐化，致使天启朝魏忠贤阉党专权乱政，利用手中权力进行任意镇压和屠杀。当权者在全国范围内失去民心，多次激起了大规模的“民变”，把晚明政局推向绝路。而在此时，东北地区满族的崛起，也构成了对业已衰落的明王朝的巨大威胁。在经济方面，由于嘉靖、万历年间资本主义生产关系的萌芽在东南沿海地区的发展，一方面促使新兴市民阶层的崛起并与当时封建经济、政治制度的矛盾日益激化，导致反封建的市民运动不断高涨，并对当时的社会思想和风俗习惯的变化都产生了深刻的影响。另一方面，以皇帝为首的贵族大地主势力在商品经济发展的刺激下，更加贪婪地追求货币财富。他们不仅大量兼并土地，对全国百姓进行超额的掠夺压榨，同时也对城乡的有产者施以各种名目和手段进行掠夺搜刮，从而加速了贫富分化和对立，劳动者以及市民的反封建掠夺的斗争此起彼伏。这也就加剧了统治阶级内部的矛盾，斗争也十分尖锐复杂。于是，在全国造成了“如沸鼎同煎，无一片安乐之地也。
贫富尽倾，农商交困”(《明神宗实录》卷三七六)的严重局面。
在思想界，由于王学走向禅化，以及整个理学趋于衰落，造成学术界空谈心性而不务实际的空疏学风泛滥。这期间的自然科学界，·出现了由“数”达“理”的数学化思想，以及提倡“试验之法”、注重考察、注重实验的科学实验方法，标志着我国近代自然科学思想的萌芽。兼之，“西学东渐”，开始了中西文化的交融。而以顾宪成、高攀龙为首的东林学派，以国家民族的兴亡为重，激扬文字，讽议朝政，以图革新。他们不畏强暴，气节凛然，反对阉党和贵族官僚的擅权专政。同时，痛斥空谈心性、浮华不实的学风，极力提倡“经世致用”之学，“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”(《明儒学案·东林学案》)，从而开创了明清实学思潮之端绪。东林学派的许多思想主张得到了朝内正直官员的拥护，被朝廷斥为“东林党”而加以迫害。在反对专制统治和文化禁锢等方面东林学派显示出新思想的萌芽，成为明清之际早期启蒙思想的先驱者。他们是因反映了民众的意愿而受到平民、市民的赞同和同情的、以中下层知识分子为主干的实学学派。
(二)学术风旨的比较
泰州学派与东林学派同处于封建社会晚期，整个封建专制制度走向没落，封建统治集团日趋腐朽反动，社会危机深重的年代。在政治上，他们均具有以天下为己任的“救世”精神。作为灶丁出身的泰州学派创始人王艮，面对“一人耕之，十人从而食之；一人蚕之，百人从而衣之”(《王心斋遗集》卷二)的局面，目睹统治阶级贪欲无度而人民却饥寒加身的图景，他坚决拒绝做官也不准儿子参加科举。他以“救世之仁”的教主自命，周游天下，进行讲学和传道活动，“入山林求会隐逸，过市井启发愚蒙”，创建学派，向封建统治阶级作坚决斗争。
以被罢黜的中下层正直官吏顾宪成、高攀龙为首的东林学派，以天下为己任，痛陈局势之危急，民生之凋敝，为“救世”而抨击现实，提出种种改革方案，要求革新朝政，打破内阁、宦官专权乱政局面，乃至与之对立抗争。顾宪成提出：“天下之是非自当听之天下”(《以俟·录·序》)的口号，把矛头指向封建专制统治，并为此后黄宗羲的“天子所是未必是，天子所非未必非”(《明夷待访录·学校》)提供了思想启迪。
不仅如此，他们都进而称道“顺乎天而重于人”的“汤武革命”，提出了改朝换代的政治设想。王艮就认为对于残暴的君主专政应该推翻。他说：“纣可伐”，“贵戚之卿，君有大过则谏，反复之而不听，则易位。”(《遗集》卷一《语录》)东林学派在残酷现实破灭了他们的革新朝政的愿望时，也提出了改朝换代的大胆设想。顾宪成说：
《乾》《坤》之后，继之以《屯》。混辟之交，必有一番大险阻，然后震动然，猛起精神，交磨互淬，做出无限事业。夏商以来，凡有国者莫不如此，此意甚深长可味。东林之兴于时，正当草昧。借彼无良，为我师保，未必非天之有意于吾齐也。如何！如何！(《泾皋藏稿》
卷五《柬高攀龙》
这是公然背叛明王朝的政治宣言。把在黑暗统治下的“东林之兴”，寄希望于由此而“做出无限事业”，以讲学、议政、联合和组织力量，达到效商、周的改朝换代。
他们都表达了对明王朝封建专制政治的绝望，显示出可贵的社会批判精神和改变社会的理想归宿。
在政治上，泰州学派与东林学派的不同则是：
1.两个学派的主要参与者和讲学对象有所不同泰州学派传授的主要参与者是下层知识分子，其门人中，有隶仆、士、农、贾、工等下层百姓，也有少数中、上层知识分子、官吏。据清代袁承业考订其师承弟子表中说：“心斋先生毅然崛起于草莽鱼盐之中，以道统自任，一时天下之士翕然从之，风动于内，绵绵数百年不绝。”(《遗集》附录)他不完全考证出王艮至其五传弟子487人，其中入《明儒学案》的30余人，为官者40余人。主要传人中有王艮的中子王襞、徐樾、颜钧(山农)、罗汝芳、何心隐、焦、李贽等。他们的弟子中还有樵夫朱恕、陶匠韩贞、农民夏廷美等。不见于纪传的平民·百姓就更多了。
东林学派的成员更多的是被朝廷罢黜的正直官吏、中下层知识分子。主要成员有顾允成、钱一本、薛敷教、史孟鳞、于孔兼、黄尊素(黄宗羲之父)等。他们在讲学中吸引了众多的有志之士，也有平民百姓，人数之多，致使东林书院“学舍至不能容”。此后，在朝的一批正直官吏如赵南星、李三才、邹元标、冯从吾、周起元、魏大中、杨琏、左光斗等，也与之“遥相应和”，使东林书院成为一个社会舆论中心。
而上述的其中多数人在与封建统治者斗争中被罢黜乃至残酷迫害致死。
2.讲学对象与影响范围的不同泰州学派面对的主要是平民大众，也有一些士大夫、商人和僧道人士参加。他们重视平民教育，所宣扬的反封建的叛逆思想和社会主张，为劳动人民所信奉、所欢迎，并长时间内引起了广泛的传播和强烈的影响。
东林学派所传授的主要对象则是开明的中下层地主士绅及其知识分子，也有平民和市民参加。在东林书院中的活动是把读书、讲学和关心国事联接在一起，“故其讲习之余，往往讽议朝政、裁量人物”
(《明史·顾宪成传》)。这种与议政相结合的讲学活动，吸引了许多爱国的有志之士。据《明史》记载：“当是时，士大夫抱道忤时者率退处林野，闻风响附”。尤其是当统治者对东林学派人士和支持他们的正直官吏、知识分子冠以“东林党”的罪名而加以残酷迫害时，得到了广大平民百姓、尤其是市民的同情、支持和拥护。
3.东林学派革新朝政的最终目的，只是希望革除弊端，建设一个行“仁政”、能代表地主阶级改革派和商人、市民利益的政府而泰州学派虽然也没有否定君权，但却有一个“人人君子，刑措不用，道不拾遗”的社会理想。王艮依据自己的“百姓日用之学”和“淮南格物”说设计了一幅改造现实社会的蓝图——使人人各得其所，“君为尧舜之君，民为尧舜之民”，大家过着富足康乐的太平生活。其后学何心隐则更进一步试图突破封建伦常关系，建立一种纯属师友关系的“老安少怀”的社会理想。这虽然在实际上是不可实现的社会空想，但却表达了平民大众对现实社会的不满和对理想社会的无限憧憬。
(三)经济思想
泰州学派与东林学派在面临全国经济凋敝衰败的情况时，他们的共同之处，就是提出一些改革主张，显示出经济思想上的“救世”
精神。王艮曾提出“务本而节用”的经济主张。他所说的“务本”，就是要百姓“众皆归农”，发展生产，安定生活。而他所说的“节用”，就是针对贵族官僚集团“制用无节而风俗奢靡”的糜烂生活，要求统治阶级节省开支，“去天下虚靡无益之费”(均见《遗集》卷二)王艮在他晚年时，在家乡安丰盐场还试图从土地所有制入手，提出“均分草荡”的方案。即在灶户不均、贫者多失业的情况下，按“摊平”的均分办法，按灶丁人数，“每人分给若干顷亩”，达到“一均之而事定，民至今而乐业”的目的，以缓和百姓与封建地主之间的尖锐矛盾，具有反封建独占的平均主义性质。李贽则更重视社会经济的改革，提出“不言理财者，决不能平治天下”，反对理学家对于“聚敛之臣”的批评。
以顾宪成、高攀龙为首的东林学派人士，针对明神宗特派宦官充当矿监税使到全国各地肆意搜刮压榨、致使“万民失业，朝野嚣然”
(《明史纪事本末》卷六五)的严重情况，一方面上疏反对矿监税使的横征暴敛；另方面，则相应提出制止矿监税使的具体办法：“目前急着在天下巡抚得人，使其随地相机，随宜措置，每年务设处若干，以佐国用”(《高子遗书》卷七《罢商税揭》)。这样，就可以把开采摧税之·权从宦官手中转交给地方官，把无止境的税银定额定下来，相对地减轻各地商人和百姓的沉重负担。这是在不能完全制止矿监税使坑害百姓的情况下，比较可行的办法。
与泰州学派不同的是，东林学派还提出了“商”为“本业”和“惠商”的思想。东林人士赵南星首先提出了“商”为“本业”的新观点。
他说：
士农工商，生人之本业也。(《赵文毅公文集》卷四《秦仰西雷翁七十序》)农之服田，工之饬材，商贾之牵牛而四方，其本业然也。(同上，《贺李如立应乡举序》
他已经把历来列为“末”的工商与士、农并列而为“本业”，早于黄宗羲的“工商皆本”思想的提出。另一位东林人士李应升还进一步提出“为商为国”(《落落斋遗集》卷四《上巡道朱寰同书》)的观点，把经商与“为国”联系起来。这些思想的出现，无疑是对“重农抑商”的传统经济思想的一大突破。这也反映了中、小地主阶层和新兴市民阶层的利益，反映了他们要求自由发展经济的迫切愿望，顺应了当时资本主义萌芽发展的客观趋势。此外，东林人士还提出“贫富两便”的经济思想，即“不使富者因贫者而倾家，斯为两便”(《徐念阳公集》卷七《候吴县万父母书》)，要求恤贫民而不累及富民。所谓的“富民”，是指一般中、小地主和工商业者的市民阶层；所谓的“两便”，其实质只是为了便于“富民”。在这一思想观念的指导下，顾宪成、高攀龙等东林人士提出了以下经济主张：
(1)减免商税，以“惠商”和发展商业。
(2)严惩肆虐乡里的税棍，维护商人利益。
(3)要求改革苛税、兴修水利，以发展农业经济。
(4)兴屯田、改土耕种，重强兵足民。
这些思想如果能得到实施，不仅对工商业者和农民百姓有利，而且适应江南地区以至全国的经济发展要求，对于促进资本主义萌芽的发展也具有积极作用。