高攀龙强调从知性、复性到尽性，都必须以“敬”待之。这显然不脱朱子本色，格物也须持以恭敬严谨的态度。高攀龙所实行的“静坐”，不只是要“收拾放荡精神”，它也是促成心上格物穷理的必要条件，这样才不会使“理”具有内外之分，使“心之理”亦等同于“物之理”。稽文甫先生曾指出，像高攀龙与顾宪成等人，虽已表现从王返朱的倾向，但他们的学风和王学右派更加接近，是属于尊德性而非道问学的路途，这样的说法实有道理。泛观《高子遗书》，讨论静坐体认的文章很多，但高攀龙强调多读书穷理，主要是为克制阳明后学对“心”的漭荡与放任，以及朱子后学对心体的割裂。而他又特别强调体认，或许可以说，这种形态其实更倾向于尊德性中的道问学。
2.明善见性另外，高攀龙重新拈出“善”字，在晚明重“真”过于“善”的学术氛围下，有一定的现实意义。重新把“善”作为道德的根本原则，强调明善即是明心，是使“性体”透彻的不二法门。换句话说，要“复性”、“尽性”，就不得不做的“明善”的工夫。《为善说》：
为善必须明善，乃为行着习察。何谓明善？善者性也，性者人生而静是也。人生而静时，胸中何曾有一物来？其营营扰扰者，皆有知识以后日添出来，非其本然也。既是添来，今宜减去，减之又减，以至于减无可减，方始是性，方始是善。何者？人心湛然无一物时，乃是仁义礼智也。为善者，乃是仁义礼智之事也。明此之谓明，善为此之谓善。明之以立其体，为之以致其用，感而遂通者，原是寂然不动，本无一物也。以此复性，以此尽性，故曰易简，而天下之理得矣。
陆王常讲的“明心”，强调的是直下取认，一念间悟入本体；一念之悟，即不须工夫的辅助。高攀龙讲“明善”，首先是心上工夫确立了一个方向，使心有着落处。然后必须采以“减的工夫”，唯有经过这层减的工夫，才把握住“善之性体”。其实这种减的方式，不但与陆象山的“减担子”有异曲同工之处，阳明也曾说过“吾辈用功，只求日减，不求日增。减得一分人欲，便是复得一分天理。”不过阳明欲减人欲，减去杂念、思虑、妄念等，是为使心体回归它的自然状态，高攀龙却旨在见“性体”。当高攀龙进一步把“善”的内容延伸至仁义礼智，便使“性体”具备人伦与道德秩序的基础。相较于阳明教人于静中体察心体的明觉作用，它具有更实质的意义。因此高攀龙认为唯有明善，才可确立性之主体。性体确立后，事事物物也可依循其理而有所秩序。另外，“心”依善而行，便可以克制心的放任，对治自我无限化的病根。否则，凡人皆可以自由心证为借口，缺乏一个检验标准，恐使道德“虚胖”，行为“放任”，而将之归咎于是心之本然，所以高攀龙认为学者必须“以善为宗”：
三教各自为宗，故起因结果绝不相同。人但知性之不异，不知学之不同。夫子曰性相近也，习相远也。学习不问一者，不得不三，非性之有三，习使然也。至于谈良知者，致知不在格物，故虚灵之用，多为情识，而非天则之自然，去至善远矣。吾辈格物，格至善也，以善为宗，不以知为宗也。故“致知在格物”一语，而儒释判矣。
高攀龙主张“以善为宗”，而非像主张良知即天理的王学“以知为宗”，这是因为如果以知为宗，仁义礼智的存在不过是虚灵知觉，这将导致道德陷入空茫状态。另外，“善”与“理”似乎也是高攀龙判儒释的基准点。佛教里说不思善不思恶，基本上与阳明后学的“无善无恶”有共通的地方，若说“无善无恶为心之体，有善有恶为意之动”，那“善”即成为“事”，是一个可追逐之物。所以高攀龙提出性善说，即要说明“心之至善”即是“性”，那才是根本的意义。要不然，“无善则是无性”：
善即生生之易也，有善而后有性，学者不明善，故不知性也。夫善洋洋乎盈眸而是矣。不明此，则耳目心志，一无着落处，其所学者，伪而已矣。然其机窍在于心，人心反复入身来，故能向上寻去，下学而上达也。
对高攀龙而言，性体才是“善之定体”，并非善恶不定之体，因为心体会被动静、气禀、情欲等所干扰。提倡性善的最终目的，除可使儒释有所判别，也使心的格物不会偏向气机。高攀龙不强调心的明觉作用而说穷理，指说“仁义礼智”以区别王龙溪所倡的“一点灵明”，自然是为避免再掉入虚见光明的陷阱，因而强调“学问在知性而已，知性者，明善也。”然而，高攀龙如何看待心与理之间的关系，似是理解他想法的最关键处。
3.理心一体《札记》曰：心与理一而已。善学者一之，不善学者二之。识义理而心体未彻者入于见解，见心体而义理未彻者入于气机。
高攀龙的“理心一体”论的特殊在于，他不是根据“心即理”的立场，而是根据所谓“理即心”立场而立论。前者注重的是心的包含性，指心具一切之理，而后者则重心的涵摄性，指理收摄于一心。陆王把宇宙万物看作是包容于主体之“心”，“心”之广大包涵了天地万物之理，而朱子倡“性即理”，是以为每事必含一“理”，格得一物，必得一物之理。高攀龙说理心一体，即是要把两者打通为一，关键在于“穷理”，即心上格物的工夫，《复念台二》曰：
格物者，穷理之谓也。穷理者，知本之谓也。仁丈云：一穷理焉，尽之矣。诚然哉。理者心也。穷之者亦心也。但未穷之心，不可谓理，未穷之理，不可谓心。此处非穷参妙悟不可。悟则物物有天然之则，日用之间，物还其则而已。
很明显的，以上这些话，还是冲着阳明后学而来的。阳明后学悬空想象本体，以为现成良知易得，就不必事上磨练，进而取消“致”的工夫。高攀龙以善学来说明理与心的关系，即是要“以本体为工夫，以工夫为本体”。如果理心一体的话，就能克制“以物为外”的病根。
朱子曰“致知格物，只是一事。格物从理言也，致知从心言也。”
由此观之，可见物之格即知之至，而心与理一。今人说着物物，便以为外物，不知不穷其理，物是外物，物穷其理，理即是心。
从格物与致知来说明理与心的关系，仍与前面所说的并无二致。
高攀龙基本上仍沿着朱子的思路，只不过他转换了语言，延着王学的思想话语，试图融合朱王之学，说明阳明的“致良知”即是“格物”，“致良知”的目的在止至善，而格物的关键在于“真”。于是高攀龙提出除妄想以获“真心”，《书关憎净六卷》曰：
关中静坐，是第一功夫。静中除妄想，是第一功夫。除得妄想，方是功夫。妄想如何除得？要知人生以来，真心悉变成妄想，除却妄想，别无真心。回光一照，妄想何在，妄不可得，即是真心，急自认而已。日认日真必有日，一声雷震万户洞开，方知如上所言，字字是真，字字是假。何者？不认不真，当其认时，还是认者，故曰是假当其真时，即此认者，故曰是真。此是儒者格物一诀。
同时也要行“一念之破”：人自有生以来，一念妄相织相续，至死不已。惟仗学力深透此念忽破，则真心豁然显现。方知前者之为妄。
迷悟一关，圣凡千里，其要在一念之破不破耳。先生过此关久矣。然悟前妄为，见真体固难，悟后真为主，消妄想更不易。
提出用明知之光，使妄想变成“真心”，也即是把对真心的认知，限定为超越人为安排的自然本体之力的“格物一诀”。日本学者冈田武彦曾指出，高攀龙这一个观点，与阳明的照妄论、本体工夫论是一脉相承的；而高攀龙对现成良知派“不犯手”的做法，似存有神往之意，所谓的“一念之破”与参悟的方法，也与禅的工夫相近，《四库全书总目提要》说高攀龙“不免湔染于风尚”，大概是这个原因。
纵观而论，高攀龙不把“心”讲得玄虚，甚至想利用“理”来为它“定性”，主要也是看见阳明后学“自信太过、主张太勇”所致。换句话说，未穷理未明善的心，容易受到气禀、情识等的影响，就无法复性、尽性。而他为克服后人把朱子的“物理”视为泛观群书，而未能取义理反躬于吾心，从心上穷理，便强调自家的体认与自得，不时拈出“体贴”二字，曾说：“洞彻心灵，只体贴天理。便见天理，与心灵又岂有两物？妙在‘体贴’两字。”阳明认为宇宙本来是一个完整的精神实体，这个实体构成了我们所谓的经验世界，但对高攀龙而言，经验仍须以一个绝对法则为依据，而“心”也必须有一个检验的标准。不过如前所说，纵然他就理说心，或从性论心，仍带有一些王学的影子，也难怪黄宗羲曾评说高攀龙的格物论“深有助乎阳明致良知说”。
(四)尊朱不反王
钱穆先生在《朱子学提纲》中提到，自王阳明出时，“王学昌行，朱学消沈，至东林始，有”由王返朱“之意向。然东林仅从王学角度窥朱学，亦未能触及朱子学之大体系。”确是观察得鞭辟入里。高攀龙作为东林学派领袖之一，终究是以朱子学为宗，只是处在王学风行的学术氛围，他所提出的见解，不少烙印着浅淡的王学痕迹，实无可厚非。但其志在于补学术之裂，本体与工夫兼重，故候外庐等指说高攀龙完全否定王学，其实不然。以上讨论所见，反而是较显现钱先生所说的，他的学说是立足于王学流弊上，试图以朱子学说纠弊补偏。
因此在调合朱王的过程中，高攀龙虽表现出反王学末流的坚决态度，这并非意味着他“反王”；而他对朱子学虽也有批评，但毕竟是贬少褒多。像他把“格物”看做是“未发之法”，注重心上穷理，非像朱子般认为格物为“已发之法”，强调要格物以致知。不过他仍是坚守朱子的格物说，认为那是“知本”之义，如他所说的：“朱子格物，规模极大，条理极密，无所不有，知本之义，已在其中。”
高攀龙在调合朱王当中，最大的贡献应是重新强调至善在吾心，把“善”看作“理”一样，是万物的本原，所以说：“善即天理，至善即天理，至善即天理之至精至粹，无纤芥夹杂处也。”就王学学者而言，它为心确立方向，不泥陷在追求炯然光明，或误落入气机之弊；对朱学学者而言，它又具有遏制物外徇理，使心支离之作用，并进一步把格物与修身的关系联结，指出唯有身心上的格物才是根本。另外，高攀龙也不强调以知为本体，有意避开所谓的“虚灵知觉”，故多劝人以“格物”而非从“致知”入手。
高攀龙曾经把程朱之教比拟为孔子之教，说穷理即博文、居敬即约礼，深信“学孔子而必由程朱”。在比较朱子与陆象山时，更直接指出“朱子大能包得陆子，陆子粗便包不得朱子”，所以“陆不及朱”。
他也曾经上疏朝廷，建议“扶持程朱之学，深严二氏之防”，认为这样才能使孔孟之学再度昌明。东林后学叶裕仁在《高子遗书·跋》曾说道：“明正、嘉之际，王学炽行，洎于隆、万，至倡为三教合一之说，猖狂恣肆，无所忌惮，学术裂之极！公与顾端公起两拯之，辟阳儒阴释之害，辩姚江格物致知之谈，其言深切明着，由是绝学复明。”可见当时高攀龙与顾宪成东林派诸人，确是想重振朱子学的气势，把空虚的学扭转成实学之行。以高攀龙为例，他在调合朱王当中，呈现出的虽较类似“心学化的朱子学”，不过在纠流弊、辟佛道上却作出了有力的回应。晚明朱子实学之兴起，也确实是心学流弊横生，趋向没落后所形成一个必然的结果。