顾宪成作为东林书院的主持人、东林学派和东林党人的领袖，在中国书院教育、学术研究上作出了巨大贡献。他在教育史上的功绩主要表现于下面几个方面：
第一，修复东林，绵衍理学“蕞尔东林，屡兴屡废”。至明代中叶，这个杨龟山先生讲学之地，已大半落为僧区。顾宪成削籍归里，与弟弟允成倡修之，与诸同志营构之，并主盟讲学其中，使这片沉寂许久之地，再振文教，规制为一时之盛，从而使二程之道、龟山之业、理学宗绪得以继承、绵延和繁衍。这不能不是顾宪成诸人的一大历史功绩。如果说，朱熹修复白鹿洞书院，并制订了一整套教规，使之名扬天下，那么，顾宪成修复东林书院，亲手制订了《东林会约》，并使之迅速发展，影响后世，建立“彪炳寰宇，承先启后”之功，同样是应当肯定的。
第二，群贤讲学，培育英才顾宪成健全了讲会制度，建立了一整套颇具特色的会讲制度和民主管理方法，并以东林书院为基地，组织四方学者士人来锡探讨学术源流，“相与讲德论学，雍容一堂”，“一时相传为吴中自古以来未有之盛”。他“主讲东林”，课士于丽泽堂、同人堂，“引掖后学”，“四方贤士争归之”。在讲学中，他循循善诱，“教育不倦”，培育了一大批忠君爱国、从善如流、疾恶如仇的直臣和封建主义的“英才”。
这些“直臣”和“英才”，要比宦阉贪官要清廉得多，比当朝群小奸党要正直得多。
第三，削籍里居，益覃精研究”
热心从事着述，写成了《小心斋札记》、《东林商语》、《泾皋藏稿》等数十万字的学术着作，阐发了孔儒之学、程朱理学的精义，其“学脉之醇一，操修之精纯”，确实是“粹然真儒，一腔忠赤”。他力主“性善说”，力辟王阳明“无善无恶心之体”说，历数王学末流的种种弊端，力排众议，在学术观点上独树一帜。《东林书院志》载：“(顾宪成)卫道救时，周详恳到，其间阐提性善之旨，以辟阳明子天泉证道之失，尤见一时障川回澜之力。”这种学术争辩，活跃了学术气氛，推动了理学研究的深入开展。
此外，顾宪成还开创了明季读书济时、勤学救世的新学风，对后世产生了积极的影响。
总之，“顾宪成群贤领袖，鼓吹东南”，“文章道德暨出处大节，炳如日星”。在书院教育史上建树了巨大的功绩。
在一些古籍中，有以“顾高”称谓的，也有言“高顾”的，当朝也有这两种提法。后来有些学者士人就根据后一种提法，认为高攀龙应居首位。这种讲法不符合历史事实。笔者认为，不管提法如何，在二人同世时，应以顾宪成为首。“群贤领袖”这个称呼，对于顾宪成来说，是当之无愧的。这首先是因为高攀龙是顾宪成的后学，顾是高的启蒙老师。据《顾端文公遗书·年谱》及《高子遗书》等记载，高攀龙25岁那年，曾在泮宫听顾宪成讲学，受到顾的启发而立志发愤研究学问。高攀龙作《困学记》，自云年二十有五，闻令公与顾先生讲学，始志于学。又作日记，自云终身师事顾先生。这不光是谦虚之词，而是实际情况的真实记录。又《顾端文公年谱》云：“高(攀龙)初字云从，公(顾宪成)教下后学第一人也。”可见，高是受顾氏教育熏陶的后辈。顾是对青年高攀龙启发较大、影响殊深的启蒙老师。其次，在东林书院的订约、讲学、会讲、联络及其他重要活动中，顾宪成始终居于主要决策者、主要领导者、主要组织者的地位。“时泾阳先生为会主，而高刘诸公翼之”。这里，一“主”一“翼”，地位十分明显。第三，顾宪成在世之时，着述颇多，为东林书院、东林学派的有威望的学术领头人。顾宪成着作甚丰。尽阐孔孟及程朱理学之微言大义，“其穷理之精与救世之切，概可想见。”后人赞曰：“承嘉靖末苏曾泛滥之余，当万历初俚调咿唔之始，顾泾阳先生独以博大弘通之才，阐大义，析微言，屹然岳立，有制艺以来无可匹敌也。”第四，顾宪成德高望重，受众拥戴。他为人清廉正直，犯颜敢谏，奖掖后进，“清节瞦修，为士林标准”受诸贤拥戴。景逸先生赞曰：“顾先生进德更在晚年，盖天挺之豪，独迈之勇，故其含弘光大，不啻汪汪千顷，莫测涯钼。
宜其领袖群贤、冠冕一世者也。”从以上四个方面看，顾宪成“领袖群贤”的地位是适当的。高攀龙是顾的最得力的助手。至于顾氏身后，由高攀龙继其事，主其盟，那就是历史的必然了。
顾宪成丰富的教育思想，博大精深的学术着述，刚正清廉的道德品质，均给后世人以广泛深刻的影响。明末爱国社团“复社”的领袖人物张溥(字天如，江苏太仓人，崇祯四年进士)，就以顾宪成为榜样，继承了顾氏及东林党人反抗黑暗政治的优良传统，激烈抨击时政，痛斥阉党专权，被称为“小东林”。清人徐永言就很佩服顾宪成的道德文章。他称赞道：“锡山先贤顾端文公，文章道德暨出处大节，炳如日星”。清代教育家、哲学家王夫之的“忠肝义胆”的爱国与刚直的品格，是受顾宪成、高攀龙、高汇旃等东林党人的学问品行所熏陶的。康有为在“万木草堂”讲学，抨击弊政，后来又组织发动公车上书的爱国壮举，也受到顾宪成等东林党人的思想影响。他在一首悼谭嗣同的诗歌中，就把维新志士谭嗣同喻为顾宪成主盟的东林党人，把来捕的清兵比作魏忠贤的打手“缇骑”，发出了“缇骑捕党人，黑云散冥冥”的愤怒呐喊。康有为尤其赞慕顾宪成的砥砺名节的品格。他说：“顾泾阳曰学者宜从狂狷起脚，从中行竭脚。后汉晚明之儒，皆以气节自厉，深可慕尚。”梁启超也赞扬说：“前有‘东林’，后有‘复社’他们对于恶势力拼命奋斗精神，固然十分可敬可佩。”即使在学术史上，梁启超也肯定了以顾宪成为首的东林学派的历史地位。可见在后人的心目中，以顾宪成为领袖的东林学派、东林党人确实是“高山仰止，景行行止”的。他们的文章道德、学术思想、爱国思想和教育思想，成为我国古代珍贵的精神财富，不断滋润着后来的爱国者、教育家、哲学家和文人学士。
以顾宪成为首的东林党人、东林学派的高尚思想品质，也影响着现代革命者和学者。董必武和邓拓就十分钦佩顾宪成、高攀龙等东林党人蔑视权贵、誓与奸臣斗争到底的大无畏精神和高风亮节。董老于1962年11月访无锡东林书院旧址时题诗云：
东林讲学继龟山，高顾声名旧史传。
景仰昔贤风节着，瞻楹履阈学弥坚。
诗中赞美了东林“昔贤”的高风亮节，高度评价了“高顾”的历史地位，抒发了无限“景仰”向慕之情。邓拓写的《访高子止水》诗，热情赞扬了顾宪成、高攀龙等“东林一代好男儿，力抗权奸志不移”的坚贞不屈精神与勇抗“权奸”的凛然正气。邓拓的《过东林书院》七言绝诗云：
东林讲学继龟山，事事关心天地间。
莫谓书生空议论，头颅掷处血斑斑。
此诗赞颂了以顾宪成为首的东林党人、东林学派留心世道、关心国家大事、读书济世、视死如归的精神和品格。可见，“东林精神”对我国明末之后的教育家、哲学家和文人学士以及爱国者、革命者，都产生了广泛深远的影响。
总之，顾宪成讲学东林，领袖群贤，乐育英才，开一代新的学风，其道德文章，其学术品格，皆“彪炳寰宇”、“冠绝东南”，在中国教育史上有着重要的地位。但他领导的“东林党议”，并不是一次社会改革运动。顾宪成虽然也提出了一些改革政治和改革教育的主张，但都是片断的、局部的，因而也是软弱的。他的政治主张、学术观点和教育思想，是基于商品经济的发展，资本主义经济关系在江南地区的萌芽，在文化思想和学术思想上的微弱投影。这同他从维护封建统治的基本立场出发，笃信程朱理学，恪守封建伦常，是很不协调的。
顾宪成在思想上和行动上，都打上了时代和阶级的烙印，保留着传统的封建士大夫的庸俗气味，甚至透露出失败的哀鸣：“气运流来如此，人力不得而强也。”他和东林党人的失败是历史的必然。在封建制度还没有失去最后的生命力，在地主阶级顽固派还有力量运用封建国家机器去镇压和摧残产生于他们内部的任何反对派的时候，顾宪成等东林学派、东林党人的命运，只能是一出历史悲剧。“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”。黄宗羲这几句话，确切地概括了以顾宪成为首的东林党人的思想风貌和历史命运。