明季王学末流泛滥，学风不正，表现为图浮嚣，追声利，尚空谈，崇义理，言行不一，空疏无用。顾宪成在《东林会约》中所批评的流弊“二惑”、“九损”，正是针对这种空疏腐败学风有感而发的。它压抑了正在兴起的学习西学、讲求实学的风气，不利于资本主义生产方式的发展。
在晚明的江南地区，商品经济的发展，资本主义工商业的萌芽，市民阶级和市民运动的兴起，必然要求打破这种空疏腐败、空谈义理的学风，提倡讲求实学，学用一致。顾宪成提倡读书济世、救正学风的主张，正是这种求实务本的良好学风的表现。
顾宪成反对言行不一，提倡“学顾躬行”。
首先，他批评了王学和教育界言行脱节、迂阔空疏的学风，揭露当时教育界、学术界崇尚义理、不切实用、知行分离的怪现象，指出产生这种怪现象的根源是：“病在所讲非所行，所行非所讲耳”。他还《东林会约》。
分析这种怪学风造成的“迂阔而不切”、“高远而难从”的严重恶果，提出了“协而破之，是在吾党”的主张。他指出：“学问不贵空谈，而贵实行。”“窃惟伦必敦，言必信，行必敬，忿必惩，欲必窒，善必迁，过必改，谊必正，道必明，不欲必勿施，不行必反求。学者学此者也，讲者讲此者也。”这种言行一致、学用统一的思想，比起王学末流“迂阔而不切”、“高远而难从”的空疏腐败的学风，自然实在得多、进步得多。
其次，在为学态度上，顾宪成主张去名求实，弃伪存诚。他认为，有些人求学或研究学术的态度是错误的，“树标帜，张门面”，“慕虚名，应故事”，“以声色赴之”，“以声色用事”，其结果必然是“相薰相染心相率而入于伪矣。”他批评了那些追求“名心”、“利心”，执着秀才、举人、进士“科名阶梯”步步往上爬、以光宗耀祖的“俗人”，不仅思想平庸凡俗，而且亦不能工举子业，“做时文与做人，两失之也。”他认为这是“不屑一顾”的。这说明，顾宪成在求学态度上，反对图虚名、张门面，主张究正义、求实学。一句话，去伪存诚。他认为，“欲与相求立身第一义”，切实做到言行一致，“本诸心，必徵诸身；本诸身，必徵诸人”，若以此“精神用事”，“人亦以精神赴之，则相薰相染，相率而入于诚矣。”顾氏倡导一个“诚”字，主张“学问贵实行”，“求道贵诚意”，这种求实学风和求诚态度，正是实事求是、理论联系实际的态度和优良学风，这在科举盛行、士人醉心于功名利禄的封建时代里确实是难能可贵的。
再次，在学术与政治的关系上，顾宪成力主诸生关心国家与社会，读书济世。他是一位忧时忧世、爱国爱民的爱国者。他平日念念不忘国家，不忘政治得失，“惟国家出一善政，登一正人，则跃然喜；或增一秕政，进一奸回，则悄然忧。”他临终前还念念世道，教儿做好入世的道德修养：“作人只‘伦理’二字，勉之！”高攀龙对此赞曰：
“此绝笔也！公一生念头，无日不在世道上。至是其益信矣！”顾宪成平时讲学，亦以有益于世道为目的。因此，他反对闭门讲学，脱离时政。他说：“官辇毂，念头不在君父上；官封疆，念头不在百姓上；至于水间林下，三三两两，相与讲求性命，切磨道义，念头不在世道上；即有他长，君子不齿也。”
顾宪成和他的弟弟季时，都是热心世道，反对明哲保身、只埋头讲学的。在顾宪成写的《先弟季时述》中，有一段文字记述他与弟弟的对话，批评明哲保身、不管政事的士人：“弟一日喟然发叹。予曰：何叹也？弟曰：吾叹夫今人讲学只是讲学耳。予曰：何也？曰：任是天崩地陷，他也不管。予曰：然则所讲何事？曰：在缙绅只是明哲保身一句；在布衣只是传食诸侯一句。予为俯其首。”顾宪成对明末士人不忧国事、埋头读书讲学极端愤慨，反对读书与救时脱节、学术与政治分开的风气，主张学者“立志救世”、“起旧图新”。他强调说：
“士之号为有志者，未有不亟亟于救世者也。”他带头践行自己的诺言，“亟亟于救世”，念念于国家政治。“故其讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。朝士慕其风者，多遥相应和。由是东林名大着，而忌者亦多。”顾氏修复东林，讲学其中，既课士，又论政；既引导诸生勤奋读书，又启迪弟子关心政治与国家大事。其题东林书院对联云：
“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心。”
上联11个字，着重写景，描写书院师生勤教勤学勤读、读书声与大自然风雨声交织在一起的浓厚的学习气氛。下联11个字，着重言志，抒发了东林学派及东林党人“立志救世”、“兼善天下”、关心国事天下事的政治抱负。事实上，他一生刻苦勤奋读书，又带头“事事关心”。他在讲学之余，经常“讽议朝政，裁量人物”。他上书皇帝，“恳乞早建储典疏”，建议皇上“思祖训，立嫡册”，以立国本；他痛斥阉党结党营私，把持朝政，鱼肉乡民，残暴专横，堵塞言路，指出“人臣之罪莫大于专权，国家之祸莫烈于结党”；揭露和批评“权臣当道”、“国家之患，莫大于壅”；他痛斥地方“税棍”税收“多如牛毛”，“假公行私”、“诈而取之”，“民受其害”；他揭发国家科举取士积弊，“上下互私”，提出“上不得私其下，下不得私其上。”他指责阉党乱政，“夫何以乱也？小人邪也，邪则所言皆邪言，所行皆邪行，所与皆邪类。凡皆乱象也。”这些言论，角尖刀匕首，直刺阉党宦官的心窝。可见，顾宪成一生，于国事、于天下事是“事事关心”的。他和弟弟季时及东林学派诸同志“从善如流，疾恶如仇”，读书济世，匡救时艰，这就使得东林书院一开始就充满着政治气氛和斗争精神，不仅成为着名的教育团体、学术团体，而且成为举世瞩目的政治团体。顾氏兄弟及东林党人在政治思想上同阉党群小进行了不调和的斗争，东林书院就成为东林党人重要的舆论阵地。他们这些中小地主、工商者及市民的代表，一开始就受到大地主大贵族集团的恶毒攻击和谩骂：“庙堂所是，外人必以为非；庙堂所非，外人必以为是。”顾宪成等东林党人针锋相对地反驳说：“外人所是，庙堂必以为非；外人所非，庙堂必以为是。”不难看出，这种文化思想上的激烈斗争，正是以顾宪成为首的东林党人与魏忠贤为头子的阉党集团在政治斗争、经济斗争上的继续。在顾宪成主持下的东林书院、东林学派之所以闻名中外，不仅因为它的学术主张新颖高超，切中时弊，而且更重要的是它把学术斗争与政治斗争、读书与关心国事紧密结合起来，形成了东林书院颇有特色的良好学风。
顾宪成等东林党人一再抨击了王学末流在学风方面的弊端，一扫关门讲学、脱离时政的歪风，迎头痛击了阉党宦官的暴政，开了一代读书爱国、匡济时艰的新风。这种新学风上承东汉太学生反对宦官专政、宋代太学生伏阙上书、请斩社稷之贼、请重用爱国良将以抗击金兵入侵的爱国斗争，下启康梁“公车上书”、要求“拒和、迁都、变法”的爱国义举，也影响着龚自珍“一代之治，即一代之学”的学术政治统一观的形成，在中国教育史、中国书院史和学生运动史上，具有承上启下、影响深远的历史作用。