顾宪成在中国书院史、中国教育史上的一个突出贡献，就是他亲手制订了《东林会约》，创立和发展了颇具特色的东林讲会制度，对当代和后世产生了广泛深远的影响。
顾氏兄弟修复东林书院后，即增建书斋堂舍，招聚四方学者，积极开展讲学活动。东林书院的讲学活动是采取讲会(定期会讲)的形式来进行的。顾宪成以东林书院为传播和发展“东林学派”的基地，非常重视讲会。他亲手制订了《东林会约》，明确规定了讲会的目的、内容、原则和方法。首先，申明了东林讲会的目的和宗旨，强调“会以明学，学以明道”，把“明学”(倡明儒学理学)、“明道”(提倡封建主义的道德伦理)作为讲会的根本宗旨。“愚惟孔子万世斯文之主，凡言学者必宗焉。善学孔子，则颜曾思孟其选也。”主张“顶承濂洛关闽之命脉”。其次，阐明了讲会的原则。他指出：“学者赴会，宜以文会友，以友辅仁。”他认为，讲会和会友，贵在“精”、“真”
二字。反对王学之假，切戒“浮”、“虚”之风。他教导门人黄伯英说：
“友不厌少，贵其精；会不厌多，贵其真。”这就明确地把“精”、“真”
两把尺子，作为会友、讲会的衡量标准。复次，顾宪成主持讲会的讲学内容，继承了朱子《白鹿洞学规》，并在新的历史条件下加以补充和发展。顾宪成制订的《东林会约》，除了以朱熹的《白鹿洞学规》为院规，即除了立“五教”、“为学之序”、“修身之要”、“处事之要”、“接物之要”为东林书院的基本教规之外，还特别用大量的篇幅，详尽地阐明了顾宪成加添进去的新内容——“饬四要”、“破二惑”、“崇九益”、“屏九损”。高攀龙在《东林会约序》中赞叹道：“先生复为约指示一时从游者修持之要。盖高攀龙读而叹曰：‘至矣！无以加矣！’”
可以说，顾宪成手订的《东林会约》吸取了朱子《白鹿洞学规》的精华，但又比《白鹿洞学规》内容更丰富，规制更全面，言学更有针对性。就讲会这种形式而言，顾宪成倡导的东林讲会，继承了王阳明的讲会形式，但在新的历史条件下又有所发展，逐步形成了自己的风格特点。这些特点主要有四个：
(一)建立会讲制度，聚四方学者探究学术
讲会是东林书院、东林学派探讨学术的一种活动形式。这种形式，王阳明学派已初步建立起来了。但还没有形成比较固定的制度。
顾宪成、高攀龙等东林学派的带头人，继承和发扬了王阳明学派的讲会形式，建立了完整系统的讲会制度和讲会仪式。其主要之点是：每年一大会，或春或秋；每月一小会，会各三日；大会第一天诣圣像前行礼；礼毕入讲堂，东西分座，先外郡县、后本郡县，再则会主，各以齿为序；大会每年推一人为主，小会每月举一人主之；每会推一人为主，说《四书》一章，允许问难、商磋，各虚怀以听，畅所欲言。东林讲会，不仅在管理上发扬民主，轮流执掌，而且已由王阳明那时的无定期举行，发展到制度化、系统化了。这是一大进步。顾宪成诸人定期召开这种讲会，集远近四方之学者，相与切磋，探讨学术源流。所谓“吴越同志，联翩来集”、“相与讲德论学，雍容一堂”是也。他们为了定期探讨学术，不管遇到什么情况，遭到执政如何阻挠，绝不随便中止会讲或更改会期，似乎做到了“雷打不动”。如顾宪成61岁那年(万历三十八年)八月东林之会，有谓时局纷纷，乡绅执政认为“此会不宜复举者”。顾宪成坚定地说：“吾辈持濂洛关闽之清议，不持顾厨俊及之清议也。大会只照旧为妥。世局无常，吾道有常。岂得以彼妇之口遽易吾常，作小家相哉？”这种会期有常、风雨不改的做法，确实使每年讲会制度化、经常化了，在管理制度化、系统化方面，比王阳明时期更进了一步。
(二)倡行“诗教”，陶冶性灵
诗教，不仅是中国古代教育家孔子、朱熹的优良传统，而且也是东林书院的优良传统。载道南归、讲学东林的杨龟山先生，就写了220多首诗歌，教育生徒。其诗风“清淡旷远，自然悠闲”。顾宪成继承和发扬了孔子、朱熹和杨龟山的诗教传统，并在新的历史条件下加以发展。顾宪成不仅写了许多对联及诗歌教诲诸生，而且把“诗教”纳入了讲会之常规“仪式”之中，规定会日久坐之后，宜歌诗一章，“以为涤荡凝滞，开发性灵之助，须互相倡和，反复涵咏每章至数遍，庶几心口融洽，神明自通，有深长之味也。”顾氏在会讲仪式中之“诗教”，不仅是为了“涤荡凝滞”，活跃思想，而且是为了“开发性灵”，陶冶德性，对生徒进行封建伦理道德的教育，对弟子劝学勉勤，奋发向上。例如，顾宪成46岁，家居有疾，特写三绝句教诲“诸子”，指出“茫茫大化任推迁，消息盈虚总自然”，阐明宇宙不断发展变化之理，劝慰诸生认识自然规律，不必为他的疾病难过。同时，他又谦虚地以自己虚度年华的切身体会，勉励诸生奋发读书，自强不息，诗云：
“妄拟古之人，岁月蹉跎忽至今。
一息尚存应有事，莫将窧寿贰吾心。”
顾宪成当时重病缠身，仍矢志不移，“一息尚存”，还决意研道求理，颇有“舍身成仁”的献身精神，给诸生以巨大的鼓舞和鞭策。
如果说，顾宪成上述这组诗是勉励诸生乘时奋进、自强不息的话，那么，他题写的一些对联，就是对弟子在道德修养方面进行形象教育了。他题“丽泽堂”楹联云：
“乐道人善，愿闻己过”。
顾宪成解释此联云：“两言乃举讲习中至切要者。时用观省谓之乐；必有一段踊跃鼓舞，油油然不能自已之意谓之愿。”可见这副对联是顾氏自励励人之联。他教人注重道德修养，严于律己，宽于待人。虽然其内容打上了封建道德的印记，但其严己宽人的修养方法，则是正确处理人与人之关系的方法，至今仍然可资借鉴。
顾宪成的诗教，有的放矢，因材施教，生动活泼，节奏性强，易懂易记，自然能够陶冶感化。这是他在东林讲会仪式中很有特色的活动，也是顾宪成教育思想中很活跃的、很有生气的一部分。他的诗教上承孔子、朱熹、杨龟山，下启王夫之、康有为、梁启超，在中国教育史、中国书院史上，具有承先启后、继往开来的历史地位。这一点，往往被很多学者和专家所忽略了。
(三)学术争鸣，相互辩难
东林讲会的另一个特点，是学术民主，自由争鸣。顾宪成在《东林会约》指出：“于是乎有学矣，有问矣，有思矣，有辨矣，有行矣”。
“一人之见闻有限，众人之见闻无限。于是或参身心密功，或叩诗书要义，或考古今人物，或商经济实事，或究乡井利害。”通过讨论、质疑、辩难，使那些“累岁月而不得”解决的难题，得以“相悦以解”。这种“质诸大众之中”的研学求道的方法，是学术民主的思想。它打破了“圣贤”不学而知、不习而能、无不通晓的唯心主义先验论的神话，强调了后天的个人主观能动性，看到了“大众”的智慧和力量，发挥了《学记》“教学相长”、《师说》“彼此相师”的思想，不仅符合人的认识过程，而且含有某些唯物主义思想因素。
应当指出，当时东林讲会之学术争鸣，往往是针对王学末流而发的。“成、弘以上，学术醇而士习正，其时讲学未盛也。正、嘉之际，王守仁聚徒于军旅之中，徐阶讲学于端揆之日，流风所被，倾动朝野。”的确，王守仁对于“心学”是大大发展了，但专尚顿悟而不讲实学，滋长空疏浮躁之风，而门人讲学奔走游说、逞词锋、务声名，又形成一种不良学风。顾宪成等人“联讲会，立书院”，发清议，抒己见。
学术观点不同，“乃所以讲学”。在定期会讲时，顾宪成及东林学派，“持濂洛关闽之清议”，恪守儒道，在“人性”、“良知”、“知行”等方面严斥王学末流之弊，直接点名批评王学之病。“姚江扫除格致，单揭良知，其说深入人心髓，而程朱正脉几处闰位，于是顾端文、高忠宪两先生倡复东林书院，阐绎而救正之”。顾宪成“每论王学，不屑一顾，惕然动容”。这种学术上的论争，达到了针锋相对、水火不容的地步。诚如顾宪成所云：“今日议论纷纷，诚若冰炭”。顾氏与王学之争，实质上是程朱理学与陆王心学之争。从本质上说，是客观唯心主义与主观唯心主义的斗争；而在作风上，顾氏的“经世致用”、注重实学却比王学末流虚浮空疏要实在得多、进步得多。
顾宪成率东林学派在会讲时对王学之争辩，是对古代书院学术争鸣良好学风的继承和发展，是对朱熹在鹅湖与陆九渊辩论古代哲学的学术争鸣风气的继承和发展。它活跃了学术气氛，交流了研道求理的经验，打破了明代中叶后王学垄断学术的一统天下，锻炼了学术队伍，促进了学术文化的发展。
(四)听讲对象广泛
东林讲会为东林学派的舆论阵地，是政治思想斗争的场所。顾宪成组织名贤士绅在此讲学，“每月集吴越士绅会讲三日，远近赴会者数百人”。主讲的大多数是吴越地区中小地主阶级的政治代表，政治上受排斥的中下层官吏；也有科学家来东林讲学，如李之藻、徐光启、杨廷筠等，讲释西方实用科学，使学者士人大开眼界。其时，朝野士人争相响附，至学舍不能容。尤其是吴浙皖赣四省学士皆率先归附东林。“今兹之会，近则邑之衿绅集焉，远则四方之尊宿名硕时惠临焉。其有向慕而来者，即草野之齐民，总角之童子，皆得环而听教，所联属多矣”。后来听讲者竟发展到“数千人”，“讲学甚盛”，“从游者益众”，“然听讲者皆曰：我东林也，我祖我父东林也。”可见会讲之盛，影响之大，听讲者之众。“听教”者不仅有四省士绅，名流时贤，云集研道，“泛舟问学”，而且“草野之齐民，总角之童子”，亦可来洗耳恭听。教育对象的这种广泛性，同多收品官子弟的封建官学相比，无疑是前进了一大步。顾宪成在讲会时实行“听教不拒”的方针，比孔子“有教无类”的教育范围更广了，使讲会受听者的范围，突破了朝野官士的阶层，扩大到平民百姓之中，具有鲜明的大众性、进步性。它打破了“学术官守”和封建统治官僚对学术的垄断，在一定意义上发扬了学术民主，这是顾宪成主持的东林讲会的又一特色。
由于顾宪成等学术带头人的积极努力，又因为东林讲会具有以上四个鲜明特点，使得这种讲会不仅在当时影响很大，而且对后世也产生了深刻广泛的影响。“复社”、“几社”自称是嗣东林。据《明史·陈子龙传》载：“子龙与同邑(松江华亭)夏允彝皆负重名。夏允彝字彝仲，弱冠举于乡，好古博学，工属文。是时东林讲习盛，苏州高才生张溥、杨廷枢等慕之，结文会名复社。允彝与同邑陈子龙、徐孚远、王光承等，亦结几社相应和。”他们向慕东林讲会之盛，学道之正，救世之切。东林再度被废毁后，高攀龙之从子高汇旃兴复，继续举行讲会。歙人汪学圣独先到东林，后引领同邑人吴慎(徽仲)、施璜(虹玉)诸子继至东林，向高汇旃求教问业，并一同参加东林讲会。还有参加东林讲会的张伯行，曾与朱柏庐等辩论静坐，开展学术争鸣。