东林书院的会讲，不单是为了学术问题，他们实际上是借讲学的名义，聚集一起，经常议论朝政得失，在朝大臣的长短，反对贵族大地主专政。所以东林书院不仅是东林学派教育和学术活动的中心，而且是制造政治舆论的中心。顾宪成认为：“官辇毂，志不在君父，官封疆，志不在民生，居水边林下，志不在世道，君子无取焉。”可见，东林学派的讲学活动，重在政治，“志在世道”。因此，他们经常在讲学过程中“讽议朝政，裁量人物”，抨击贵族、宦官当权派。故东林书院讲学的宗旨，在于评论当时朝政，衡量在朝公卿的所作所为，所以黄宗羲说：东林学派“论学以世为体，相与讲求性命，切磨德义，念头不在世道上，即有他美，君子不齿。”一时“士大夫抱道忤时者，率退处林野，闻风响附，学舍至不能容。”甚至一部分在职官吏，与当权派有不合者，如赵南星等人，也“遥相应和”。于是，东林学派名大着，遭到贵族大地主集团及其党羽的攻击也愈烈。他们说：“庙堂所是，外人必以为非；庙堂所非，外人必以为是”，东林学派则针锋相对地驳斥说：“外人所是，庙堂必以为非；外人所非，庙堂必以为是。”东林学派之清议，使为政不廉之廷臣十分畏忌。
第六，东林讲学，善于博采诸家之言，取长补短，不固执门户之见。如对待王学，顾氏说：“宪少不知学，如尝湮没章句。一旦得读阳明之书，踊跃称快，几忘寝食。既而渐有惑志，反复参验，终以不释。”
后来他极力反对王学，但仍称王阳明为“一代儒豪。”在东林讲学活动中，他曾邀请不同见解不同学派的士人到东林讲学，如请信佛学的管志道，千里之外，精于《易》学的方学渐，他说：“姑苏管志老，毕竟有超拔之韵。君子友天下之善士，况于一乡，愿无失之。”高攀龙亦曰：“以学为立门户，职未见立门户者而可谓之曰学也。”在他们影响下的东林人士，多以虚心的态度弃旧图新，互相补充，以发明学理。
东林学派反对贵族、宦官把持朝政，强烈地主张天下事天下人“众议”，国家事全国人“众治”；竭力要求“拔贤才”和“除民贼”。选拔贤才，即进用东林学派人物，改变“人才日剥落”的情况；除民贼，即铲除以魏忠贤为首的阉党宦官，假公行私的贪官污吏，为民除奸平愤。他们所说的“民”，即指中小地主和工商市民。这些议论和主张，刺痛了以魏阉为首的宦官集团，他们恼羞成怒，在天启五年(1625)，下令“刊党籍，尽毁天下书院”，驱除东林讲学之人，妄图“箝学士大夫之口”。可是，东林学派的人们，却“树高明之帜”，至死不屈，表示对恶势力斗争到底的决心。顾宪成说：“臣等新进小生，发天下之清议，虽寰有奸如山，不可动摇。”高攀龙也表示“其危言危行特立不摇”。东林学派首领人物的刚烈风度，为王夫之所景仰，称赞他们“见道明，执德固，卓然特立”，为“真理”、“大义”，而不屈服于恶势力。这种尖锐的斗争，终于演成了大流血事件：6位名士毙于狱中，1位活活被杖死公堂。而绝望自尽者不知其数，罢职不用者三百余人，其中有三位阁老，如北京城内东林学馆的主要人物叶向高、徐光启等。这就是臭名昭着的“东林党人榜”事件。魏忠贤矫旨以“东林党人榜”颁示天下，生者削籍，死者追本，已经削夺者禁锢，还矫诏毁了东林书院。但是，东林学派的人们，在其领袖人物的感召下，多不畏强暴，坚持与民贼阉党作斗争。虽书院被禁毁，仍有不少人“日趋书院旧址讲习不辍”，表示对无恶不作的魏阉的抗议，对东林书院的恋念。所以黄宗羲说：“一堂师友，吟风热血，洗涤乾坤。”
这充分地概括了东林人士的高风亮节和高度的历史评价。
阉党失败后，崇祯元年(1628)二月，由御史刘士佐上疏奏请修复天下被毁书院。崇祯皇帝朱由检，即下诏准予修复。东林书院于崇祯二年(1629)由无锡吴桂森出资，于东林倾圮旧址复建丽泽党，题书院门颜曰：“东林精舍”。清代开书院之禁后，“景逸(高攀龙)之从孙节培，集里中戚友，申请于有司，庀材鸠工，广为购募，越期月而落成，讲堂学舍，规制悉备，诸生以时诵习，不异曩时。”从此之后，东林书院几次“崇堂修阑”，或复旧观，或增建学舍，然所肄业诸生，不过是习科举之业。而东林学派在东林书院之讲学，虽致使时君时相之怒，但却永为千古之美谈，如有清之雷瞚说：“夫顾、高诸先生所以卓立千古，其志超然于富贵利达之外，其讲明践履探原握要，历贫贱患难死生而如一，此之谓实学也。”可是，当时攻击诋毁东林书院讲学活动者大有其人，其中有代表性的人物是掌京畿道御史徐兆奎，他公开进行污蔑说：“臣观今日天下大势，尽趋东林。今年计典之误，实由于此。盖无锡县有东林书院，宋儒杨时祠也。顾宪成自谪官归，会林居诸臣，讲学于此。未几，其徒日众，挟制有司，凭凌乡曲，门遂如市矣。黄正宾者，以赀郎冒迁谪名，团结淮抚、东林，所至郡县，一喜一怒，足系诸有司祸福。凡东林讲学所至，主从百余，该县必先设厨，传戒执事，馆谷裎席之需，非二百金上下不能办。会讲中必杂以时事，讲毕，立刊传布。远近各邑行事有与之庀者，必速改图，其令乃得安。今已及浙中诸郡矣。杨龟山失足蔡京，君子讥焉。宪成之结淮抚，不过以淮抚为蔡京耳。宪成学术驳杂，颇似王安石。而行远不达即家食，而之淮之浙，席不暇暖。与其徒书札所及，大能使南北交攻，邪正角胜。而党附者，不曰‘清流’，则曰‘清议之臣’。岂谓天下耳目尽可涂哉！丁元荐借许弘纲近疏以发难，谓其不当避，正谓东林、三才所欲处者不当救耳。工献媚以应当事者之一快，而不难极文致以启下石者之效尤，元荐其谓何？所惜者，王绍徽、乔应甲、刘国缙耳，元荐乃概目为奸党，欲齑粉之，亦足骇矣。至东林败坏天下，其祸更显。盖自假讲学以结党行私，而道德性命与功名利达混焉一途，而天下之学术坏；自濡足淮扬，而气节坏；自广纳贽币庇短护贪，而天下之吏治人品并坏；自游扬之书四出，而天下之官评坏；自指摘之怨生，而移书瞫单假计典尽剪其所忌，而天下之元气坏。”徐兆奎在此疏中列举的诸多罪名，皆归咎于东林官和东林讲学，这是不公允的。东林讲学与“朋党”毫不相干，东林讲学正宣传爱国的民族气节。高攀龙公开指出：“所谓东林之祸，非东林能之，乃攻东林者欲祸东林也。数年来职(攀龙)每自诧理义人心同然，何以言理义者即目为朋党而不容于世？”东林士人最讲气节，讲做人气节、爱国的气节，故高氏说：“气节而不学问者有之，未有学问而不气节者，若学问不气节，这一种人为世教之害不浅。”东林书院的讲学，是紧紧地把做学问与现实结合，关心国事，扶救世道。读书与做人结合，“圣贤之书，不是教人专学作文字求取富贵，乃是教天下万世做人的方法。”文章与德业不可分。所以，明末国家“元气坏”，不能归罪于东林书院的讲学，“亡明未是东林罪”，而是由封建当权者的腐败所造成的。明臣倪元璐在《论东林疏》中说：“东林，天下才薮也。”东林学派，是探学理求治道的一堂爱国师友。
(三)讲学与着述
在罢归无锡东林讲学期间，顾宪成还积极从事着述。这是他与同时代的着名教育家、学者陈白沙先生的不同之处。陈白沙先生一生不主张着述，“莫笑老佣无着述，真儒不是郑康成”，“他年得遂投闲计，只对青山不着书”。顾宪成却是潜心着述，勤作笔墨耕耘的。
他自45岁至63岁这18年中，边讲学边写书，陆续写成了《小心斋鴙记》、《还经录》、《质疑篇》、《证性篇》、《桑梓录》、《东林商语》、《瞨陵人物志》、《学筈通辨序》、《虞山商语》、《仁文商语》、《南岳商语》、《当下绎》、《明道商语》、《自反录》、《泾皋藏稿》等专着。这些书“穷理之精与救世之切”，“学脉之醇一，操修之精纯，神理之绵密”，“盖得圣学之正直者也”。可见，顾宪成的学术着作不仅数量多，而且质量好，实为明代珍贵的学术遗产。
顾宪成热心讲学着述，关心时政，忧国忧民，而对于仕宦之途、个人的功名利禄却十分冷淡。“先生视身世浮荣，若轻云之散空；人间赞毁褒讥，若鸟音之过耳。惟视国家出一善政，登一正人，则跃然喜；或增一秕政，进一奸回，则悄然忧”。他看透了明末的腐败政治，皇帝的昏庸无能，不想再留任官场，不愿与阉党群小同流合污，因而当明万历三十六年(1608年)起用他为南京光禄少卿时，他就以“衰病交侵”、“行年六十，目昏耳聋，老态尽见，已不足效驰驱、备鞭策”，以及“积感风邪”、“心脾受伤”为借口，“力辞不就”，多次上奏疏“恳乞天恩，俯容回籍调整”。皇帝不允，数诏催任，他仍称病辞谢，坚持要求“归老林泉”，理身医疾。万历四十年(1612年)五月二十三日，顾宪成抱病参加东林会讲归家之后，病情加剧，“恬然而逝于泾里之正寝”，享年63岁。天启年间，魏忠贤乱政，被削夺，崇祯继位，得昭雪，赠吏部右侍郎，谥端文。
顾宪成一生品德忠直，学术纯精，“清节瞦修”，“为士林标准”，不愧为明末“忠君爱国”、忧世忧民的有作为的地主阶级知识分子。尤其是他那种“教育不倦”的精神，使人深受感动。他念念不忘讲学，带病赴东林会讲，临终前仍执掌教职，循循教诲生徒，可以说，他在献身教育、培育英才方面，确实是鞠躬尽瘁、死而后已的。他那种“学而不厌，诲人不倦”的精神，同孔子、朱熹相比较，也是毫不逊色的。
作为东林学派的学术带头人、东林书院的主要领导人，顾宪成为“群贤领袖，鼓吹东南”，针砭王学，抨击宦阉，同情百姓疾苦，博得了门人弟子、世人和士林广泛的同情和支持。时人尊称顾为“东林三君”、“东林八君子”之“领袖”。他被贬出京，人们依依惜别，“公闻命(指被皇帝削职事)，出都门，送者甚众”。顾宪成逝世，许多“门生哭吊入泾拜奠”，“皆相向失声，或留连浃日始去。”其后，朝野纷纷上疏为他歌功颂德，“恳乞圣恩赠谥”，赞扬他“忠原天挺，学称人师”，力主为他昭雪平反。
为什么顾宪成会得到士人和民众的广泛同情和支持呢？这是因为：
第一，他积极主张减轻赋税，取消矿监税使，减轻对民众和工商者的重剥，这不仅得到手工业者和商民的拥护，而且赢得了广大人民的支持。
第二，他以东林书院为阵地，聚徒讲学，抨击王学末流，痛斥朝廷弊政，面对明末腐败政治，敢于大声疾呼，“抗颜权贵”，揭露阉党专权、残害良士忠臣及奸党群小之贪婪和残暴，反映了大众的正义要求。
第三，他在东林蕞尔之地，教育生徒，诲人不倦，因材施教，培养出许多刚正不阿、大义凛然的直臣，在朝野官士当中享有崇高的威望，确实是“领袖群贤，冠冕一世者也”。尚宝司丞章嘉桢称赞顾说：“(顾宪成)粹然真儒，一腔忠赤，惟思为国家进用贤才，其教泽几遍海内”。第四，他不仅为官正直，正气凛然，“持名检，励风节，严气正性，侃侃立朝”，而且生活简朴，清廉恬淡，“食取果腹，衣取蔽体，居取容膝，不知其他。四壁不垩，庭草不除，帷幔不饰，一几一榻，敝砚秃笔，终日俨然冥坐读书、四方酬答而已”。顾宪成这样克己奉公、不贪不贿的清官，比起那些“一年清知府，十万雪花银”的贪官污吏要好得多，因而得到市民的赞扬和拥戴。
总之，顾宪成的一生，“尚风节，持正论，疾奸恶，从善类”，“接周程之脉，守孔孟之绳，持身则树清标，立朝则励风节。抗时相而正议侃侃，领后进而师范巍巍”。明代河南御史方大镇这一赞语，是对顾宪成一生为人品质、学术渊源、教育贡献、历史地位等方面特点的恰当评价。