顾宪成作为晚明一位“皎皎清名，彪炳寰宇”的杰出教育家、学者，一生教育活动大致可分为两个时期：
(一)自幼年至45岁，为读书任官时期
顾宪成少年时代，勤奋读书，聪慧过人。据《顾端文公遗书》(光绪丁丑重刊，泾里宗祠藏板，以下简称《遗书》)及《南京光禄寺少卿泾阳先生行状》(高攀龙撰，以下简称《行状》)记载，顾宪成生而沉毅，回异常儿，“五岁端静如老成人”，6岁始就塾，以后先后师事周萃峰、俞省斋、徐晴湖等，习读《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》，天资敏聪，11岁，“读韩文至讳辨，请于师”，大受塾师之赞赏。12岁习对联，“同塾生多倩为代”，课余研习诸子百家。年15，父亲“赠公贫不能延师，命就邻塾。每晚归必篝灯读，午夜不休。两大人敕之寝，应曰：‘诺’。帷灯默诵，往往达旦。题其壁曰：‘读得孔书才是乐，纵居颜巷不为贫。’赠公见之，笑曰：‘汝欲为孔颜邪！’”从这段文字中，我们可知顾宪成少年时期勤奋好学、安贫乐道的精神风貌。顾宪成16岁，师澄泉石先生，习举子业，能熟练运用八股时文，“挥笔立就”，“如宿习然”，先生大惊。东里陈云浦先生“过而试之”，顾宪成文思敏捷，下笔有神，“俄而呈稿”，陈公击节赞赏，遇所知则津津道说，由是顾宪成之名“隐然动一邑矣”。万历四年(1576年)宪成27岁，参加应天乡试，考取第一名，当上了解元。万历八年(1580年)，参加会试，中了进士，授户部主事。当时，大学士张居正患病，朝中文武百官为之祈祷。顾宪成反对这种迷信活动和讨好上官的行为，亲手把同僚们为祈祷而替他签上的名字抹掉。张居正死后，他当上了吏部验封主事。万历十五年(1587年)京察(指朝廷考察京官们的成绩)，都御史辛自修任主察，工部尚书何起鸣任监察，由于辛自修失职，辛、何二人同时被控罢官。顾宪成上疏为辛、何二人鸣不平，指责朝廷政治，得罪权臣，被贬为广西桂阳州判官，迁处州推官。时值母丧，顾守丧三年之后，补为泉州推官。后来朝廷考察顾宪成的廉洁政绩，推举为全国第一，因而又调回京都任吏部考功司主事、吏部员外郎。这时，正值选择皇子继承皇位的“册立国本”之争。明神宗朱翊钧的皇后无子。王恭妃于万历十年(1582年)生下朱常洛。郑贵妃于万历十四年(1586年)生下朱常洵。但王恭妃失宠，而郑贵妃得神宗之宠。郑妃欲立自己儿子朱常洵为皇太子，继承皇权。当时，朝廷一些大臣根据封建宗法制度所谓“有嫡立嫡，无嫡立长”的原则，屡上书主立长子朱常洛为皇太子。神宗意在常洵，对册立太子之事，一拖再拖。在“争国本”(皇太子为天下之本)中，顾宪成根据封建道德伦理，与同僚上疏，力主册立朱常洛为皇太子，“乞令皇元子早正储位，皇第三子、皇第五子各就王爵。父父子子，君君臣臣，兄兄弟弟。
宗庙之福，社稷之庆，悉在是矣”。并率先责备辅臣王锡爵，同他交章辩论，神宗不悦。万历二十一年(1593年)京察，顾宪成协助吏部尚书孙魾、考功郎中赵南星，“尽黜执政私人”，再次得罪权贵奸臣。
及赵南星被斥责贬谪，顾宪成上疏力辩，赞扬赵南星“一意奉公，不以情庇，不以势挠”，多方替他辩护，愿与他同进退，声明“臣等与南星生平以道义相期许”，“以职业相切磨”，“乞请或者同罢，或者赐还其原职”。神宗不准，乃迁吏部文选郎中。万历二十二年(1594年)，在推举阁臣时，顾宪成推举因拥立朱常洛为皇太子而被革职的故首辅王家屏，“忤帝意，削籍归”。这时他年45岁。
在这个时期，顾宪成热衷于封建主义正统思想，勤奋治学，饱读儒家经书，为他以后讲学阐道打下了坚实的基础。他为官清廉，直言敢谏，刚正不阿，从善如流，疾恶如仇，不愧为明王朝的忠臣清官。虽屡遭贬谪，但“名益高，中外推荐无虑百十疏”。可见他的品格获得了朝野士人的拥戴。
(二)东林书院的讲学活动
明代的书院，到中期成化以后才稍稍兴起，而真正兴办发展，还在嘉靖以后。当时曾有“萿绅之士，遗佚之老”，纷纷“联讲会，立书院，相望于远近，”设立书院之风盛行一世。其原因：一是明朝统治者已走向衰败的道路，出现了宦官专权的局面。他们依仗其政治特权，排斥异己，打击反对派。于是，在统治阶级内部，引起了反宦官的斗争，书院中的讲学，往往带有这种政治色彩；二是由于成、弘以后，政治腐败，反映在教育上，是官学衰退，学生“奸惰”，不安于学习；教师“失职”，不勤于教学；学校“不胜其滥”，形成“南北国学皆空虚”，有名无实。前期国学之盛世，永乐时南京国子监学生曾达9972人，已不复存在了。这就使一般士大夫知识分子，不得不另寻研究学术的道路和场所；三是与以前所不同的，由于商品经济的发展，产生了资本主义经济的最初萌芽，新的市民阶级开始出现，在政治上、思想上和学术上都有所反映，逐渐形成了不同的政治集团和学术团体，往往以书院为阵地，议政论学，充其所说。其锋芒所指，集中在对宦官专权的斗争上。以上这些社会的、阶级的原因，打破了明代前期相对稳定的局面，也打破了所谓“成、弘以上学术醇而士习正”的思想控制，出现了“天下学术不一”的情况。学术不同，“乃所以讲学”。于是，纷纷建立书院，“聚徒讲学”，讲学之风盛行一时。虽然贵族大地主当权派再三禁止，如嘉靖十六、七年(15371538)，曾接连两次取缔“私创书院”，到明万历七年(1579)，张居正又提出关闭天下书院，严禁“自由讲学”的活动，但书院仍不断有所设立，而名高众闻，影响最大者，则是东林书院。可是，“名高速谤，气盛招尤，物议横生，党祸继作，乃至众矢之的”者，也是东林。
东林学派，对贵族大地主集团及其党羽的斗争，主要是依靠组织的力量和舆论的力量。东林书院，就是他们学术活动的中心，舆论宣传的阵地，组织力量的一种形式。他们复建东林书院，并依据朱熹《白鹿洞学规》，详订了《东林会约》，招集士绅讲学其中，“每月集吴越士绅会讲三日，远近赴会者数百人。”他们的主要成员，是苏吴地区中小地主的政治代表人物，政治上受排斥的中下层官吏，以及同他们有密切联系的士大夫知识分子。当时，朝野士大夫争相响附，尤其是吴、皖、赣、浙四省学士，几乎无一不属东林之士，就是首先倡导并研究实用的西洋科学的学者徐光启、李之藻、杨廷筠等，也曾到东林书院讲学，开阔了大家的眼界。他们为了扩大自己的势力，不断“广联同志”，壮大阵营。顾宪成在《东林会约》中规定：“今兹之会，近则邑之衿绅集焉，远则四方之尊宿名硕时惠临焉。其有向慕而来者，即草野之齐民，总角之童子，皆得环而听教，所联属多矣。”也有不少学者，慕东林之名，走数千里来参加会讲的；也有闻诸学者在无锡讲学论道，不远千里，“泛舟问学”。为了扩大“听教”的对象，就是“草野齐民”，百姓农夫，附近的“总角童子”，均可到会听讲。这种民主的教育思想，与官学相比，确实前进了一大步。
东林书院的讲学活动，主要是继承和发展了王阳明学派的讲会方式，但有它自己的特点：
第一，定期召开学术讨论会，“探性理之要，询治道之原”。每年一大会，每月一小会，每会会期三天，每会公举一人主讲一题，往往是《四书》、《五经》中的一章一节，讲时大家“虚怀以听”，讲论已毕，意见不同则“诘难”，有不清楚者则“问学”，有不一致者则“商量”。这种相互问难的讲会，直到清代还有遗风，如黄宗义讲学于海昌、姚江等书院，每讲毕，即“辨难蜂起”，活跃异常。
第二，在讲会过程中，经常和以诗歌，使之“涤荡凝滞，开发性灵”，活跃思想。在东林书院的《会约》中规定：“会日，久坐之后，宜歌诗一二章，以为涤荡凝滞，开发性灵之助，须互相倡和，反复涵咏。
每章至数遍，庶几心口融洽，神明自通，有深长之味也。”有时还请蒙学中的蒙童，到会代歌，其作用可以振作精神，活跃会场气氛，启发学者学习的兴趣。
第三，这种讲会，比当时的官学，在学术思想上活跃得多，既论学又论政。顾宪成当时为东林书院题的对联说：“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心。”这幅对联至今还刻存在书院旧址的柱石上。它生动形象地反映了东林自由讲学的民主学风和以关心政治、关心天下事为己任，不怕权势压力的精神面貌。万历三十八年(1610)，朝局动荡，有人对东林书院的讲学活动产生戒畏之心，抱有回避态度。顾宪成针对这种情况，在《柬高景逸(攀龙)》帖中说：
“大会只照旧为妥，世局无常，吾道有常，岂得以彼妇之口，遽易吾常，作小家相哉！”主张按时举行会讲，不为朝局变化所动。
第四，他们主张学问须“质诸大众之中”。东林书院的会讲，通过讲演、讨论、质疑、辨难等，可使“累岁月而不得”解决的问题，得以“相悦以解”。这就证明“一人之见闻有限，众人之见闻无限。”自古以来的所谓“圣贤”，都不是天生的，而是从“众人”中学习来的，是“群一乡之善士讲习，即一乡之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一乡矣。群一国之善士讲习，即一国之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一国矣。群天下之善士讲习，即天下之善皆收而为吾之善，而精神充满乎天下矣。”故所谓“圣贤”，如果是代表一个人的智慧的话，不过是通过“善学”好问，把“众人”和师友的智慧集中他一人而已。因而又证明了“自古未有关门闭户独自做成的圣贤”的，而“圣贤”的学问不过是“众人”学问的集大成，所以讲学必须“联群”，因为“自古圣贤未有离群绝类孤立无与的学问”，只有如此讲学，才能使学者“碍者通，混者析，故者新，相推相引，不觉日进而高明矣。”学问须大家帮扶，相互推引，相渐相摩，方可日进而广大。他们所说的关于“圣贤”与“群众”
的观点，在当时具有一定的积极意义，从理论上打破了天生“圣贤”的唯心主义教育观点，将“圣贤”与“群众”统一了起来；从认识的过程来说，主张“众智”，具有一定真理因素。但是，他们说的“群众”，并不是人民大众，而是“士群”、“众士”，不出士大夫知识分子的圈子。
第五，东林讲学与治国治民结合，把探学理与询治道统一起来。