顾宪成认为，“无善无恶”说沿袭佛教禅宗的空虚幻灭理论，在知行观与伦理观上，则具有“不说工夫”、取消封建道德修养的倾向。
他针对这种弊病，极力反对“不学不虑”、“不思不勉”的“见成良知” 说，提倡“躬行”、“重修”的修养功夫。
(一)反对“不说工夫”，提倡本体功夫“合一”
顾宪成一贯提倡本体与功夫的“合一”(《证性编·罪言》上)。
他说：“道性善，是说本体。称尧、舜，是说工夫。”(《经正堂商语》
“称尧、舜”之目的何在？“揭示标准，鼓舞向往，在此。激发秉彝，振起积习，在此。策懦为强，破昏为明，唤醒一时之醉梦，豁开万世之心眼。”(《小心斋札记》卷二)他激励人们，要以尧、舜为学习的榜样，努力于仁、义、礼、智等封建道德的践履。他强调说：“性，天道也。
学，人道也。”(同上卷十三)这里所说的“性”，即指本体；“学”即指功夫，两者是合一的。认识本体，才明了用功所达之目标；实下功夫，本体才能得以实现。所以，顾宪成在《东林书院院规》中就定有一条专谈“立志”，要求君子立志作“圣贤”，否则“浮生浪死，虚担一个人名而已。”他赞同罗洪先对“终日谈本体，不说工夫，才拈工夫，便以为外道”的非议。(同上卷一首先，顾宪成反对“不学不虑”的“见成良知”说，指出“不学而能良能”、“不虑而知良知”的所谓“良知良能”，本身就“自相矛盾”(同上卷五)，也违反孔子的“学而不思则罔，思而不学则殆”的教导他赞同罗洪先的“世间那有见成良知”的说法(同上卷十一)，认为“良知不是见成的”(同上)。这种“不学而能”、“不虑而知”的“见成良知”说，是“自欺欺人”、“自误误人”之谈。他说：
良知不虚而知，不学而能，本自见成，何用费纤毫气力。
这等大话，岂不自误误人，其为天下祸甚矣！(同上顾宪成既而否定世上有“见成圣人”。他说“世间那有见成良知，犹言世间那有见成圣人。”(同上顾宪成对孟子“不学不虑”的“良能良知”说采取否定态度，重新作了解说：
孟子以不学而能为良能。吾以为学而能亦良能也。何也？能之入处异，而能之究竟处同，非学不学之所得而歧也。
孟子以不虑而知为良知。吾以为虑而知亦良知也。
何也？
知之入处异，而知之究竟处同，非虑不虑之所得而歧也。(同上卷六顾宪成的这段十分精彩的论述，强调了以下三点：第一，正由于“不能”、“不知”，而促使人去“学”、去“虑”；第二，一反孟子“不学不虑”的“良能良知”的本意，作出了自己新的解说，即“吾以为不能而学亦良能也”，“吾以为不知而学亦良知也”；第三，区别了“学”和“虑”与“不学”、“不虑”的分歧。而这三点归结为一点，就是强调后天的“学”和“虑”。他不赞成孟子所谓的“不学而能为良能”、“不虑而知为良知”的“良能良知”说，从而使自孟子到陆、王的“良知良能”的认识论得到了修正。
与此同时，顾宪成还批驳了以“不知为知”的“世间通病”(《东林书院志》卷四《东林商语》下)。他对“知”作这样的解释：
所谓知之云者，非可凭空胡乱杜撰，非可临时造次主张，须是我这里光光净净，一切呈出本相，没些子遮盖在那知不知处，乃所谓知之耳。(同上认为真知既不是任凭胡乱编造，也不是个人的主观偏见。因此，他比较重视闻见之知，反对以“不知为知”和“生而知之”的论调。他说：“不知而作，正犯了不知为知之的病。多闻而择，多见而识，亦须是不知而作的药。”(同上)他还举出孔子所谓“‘我非生而知之者，好古敏以求之者也’、‘吾尝终日不食终夜不寝以思，无益，不如学也。’”的言论，来批驳“生而知之”的论调，认为孔子的“入太庙，每事问”，是启发那些以“不知为知”者的一剂良药。他说：
这话头极易简，又极精密；极直截，又极周致。极能开发人，又极能磨炼人。辗转玩绎，真是意味无穷耳！(同上顾宪成反对“不学不虑”的“良能良知”说和“生而知之”说，说明他的认识论具有唯物主义的思想因素。在王学还颇风行之际，他能这样做，是要有一点勇气的。
其次，顾宪成反对“不思而得”、“不勉而中”之说指出：
圣人不思而得矣，未尝不思而得概天下也；不勉而中矣，未尝不勉而中概天下也。是故曰：择善固执，曰：博学、审问、慎思、明辨、笃行，曰：人一己百，人十己千。是故曰：发愤忘食，曰：好古敏求，曰：不如丘之好学。而今开口便说个不思不勉，何言之易也！(《小心斋札记》卷二所谓“不思而得，不勉而中”，原出于《中庸》：“诚者，不勉而中，不思而得，从容中道，圣人也。”(第十九章)朱熹注：“诚者，真实无妄之谓，天理之本然也。圣人之德，浑然天理，真实无妄，不待思勉，而从容中道。”可见，顾宪成对“不思不勉”的解说，却是一反《中庸》和朱注，大胆否定有“不思而得”、“不勉而中”的“圣人”，认为要获得对具体事物的认识，“不思不勉”是不行的，而是要靠自己百倍乃至千倍的努力，要有“发愤忘食”、“好古敏求”的好学精神，以及经过“博学、审问、慎思、明辨、笃行”的知行阶段，才能有所“得”、才能措置适中。这与他号召君子要立志做“圣贤”，学者第一要“发愤”的意思是一致的。要做“圣贤”，得通过自我努力才行；而“不思不勉”
是永远也做不了圣人的。这就打破了圣人是“生而知之”的传统观点。这种知行观有积极意义。
顾宪成还抨击了陈献章(白沙)的“以自然为宗”的学说。他指出，“近世儒者皆宗之，而不思不勉之说盈天下”(同上卷十三)，这是祸害。他认为所谓“自然”，就是“天理”(同上)。这就有个体认“天理”和“行乎天理”的封建道德践履问题。他从体认天理和“行乎天理”的观点出发，提倡探求天理和践履封建道德。
再次，顾宪成反对“不须防检、不须穷索”之说，认为奢谈本体，而不下功夫去“穷索”和践履，是不行的当时这种空谈本体而不重功夫的风气是十分严重的。他说：
愚谓近世儒者，莫不以明道(程颢)《识仁说》为第一义。徐而察之，大率要洒脱、要自在、要享用。有以工夫言者，辄曰：“不须防检，不须穷索，未尝致纤毫之力，此其存之之道”。恐明道复生，亦当攒眉也。(同上卷一这种忽视“工夫”的状况，高攀龙也曾指出：“世之所谓本体，高者只一段光景，次者一副意见，下者只一场议论而已。”(《东林书院志》卷七《顾泾阳行状》)至于如何体认“天理”和道德践履却是空无下文。因此，他不满这种空谈本体而不言功夫的现象，反对“不须防检、不须穷索”之说，提倡“真穷索”、“真防检”。他所谓的“真穷索”，即是对“天理”，要有“仰之弥高，钻之弥坚，瞻之在前，忽焉在后”的精神。他所谓的“真防检”，即是对道德的践履，要真正做到“非礼勿视、非礼勿听、非礼勿言、非礼勿动”。他认为，只有将本体与功夫相结合，才能真正将封建伦理道德(仁、义、礼、智)付诸践履。
从这里，我们可以多少窥出顾宪成的知行观和道德修养论是互相结合的，知是知这封建伦理，行是行这封建伦理，不复别有所谓道德修养。
(二)“躬行”、“讲习”的知行观
顾宪成惩于当时“空言之弊”(《泾皋藏稿》卷十《尚行精舍记》)，十分赞同邹元标“躬行立教”(同上)的主张，认为这是“今日对病之药”(同上卷五《简邹孚如吏部》)。他对邹元标在故里新置一书舍，题名“尚行”的举止，大为赞赏，特为撰写《尚行精舍记》以颂之，说“邹子之勇”，“当拜下风矣！”
顾宪成提倡“讲习”(《东林书院志》卷三《丽泽衍》)，认为“学问”是个重大的事，“须用大家帮扶，方可得手”(同上)。他主张志同道合的朋友聚集一起，“并胆同心，细细参求，细细理会。未知的要与剖明，已知的要与印证。未能的要与体验，已能的要与坚持。如此而讲，如此而习。讲以讲乎习之事，习以习乎讲之理。两下交发，缉熙庚续，循环无间”(同上)。这样必能“碍者通，混者析，故者新，相推相引，不觉日进而高明矣”(同上)。他指出过去讲学的缺陷，在于“所讲非所行，所行非所讲”(《东林会约》)，也就是“讲”与“习”之间脱节。他所谓的“讲”，就是“研究讨论工夫”，属知；所谓的“习”，就是“持循佩服工夫，”属行。“讲”和“习”的一致，就是“知”和“行”的一致。他反对知行不一的“空言之弊”。
“讲”、“习”结合，要“破二惑”。所谓“二惑”，一则曰：“讲学迂阔而不切，又高远而难从”；一则曰：“讲之而所行则非”(《东林会约》)。这是当时封建当权者用来禁止自由讲学的借口。顾宪成严正驳斥这种借口。他说：
学者学此者也，讲者讲此者也。凡皆日用常行、须臾不可离之事，何云迂阔？又皆愚夫愚妇之所共知共能也，何云高远？此其不当惑者也。(同上至于对“讲”与“行”的关系，他指出：“病在所讲非所行，所行非所讲耳。”(同上)士之讲学与农之耕地一样，不能由于禾苗的干枯而归罪于耕，乃至“以耕为讳”；不能由于某某士人之“毁行”而归罪于讲学，乃至“以讲学为讳”。
顾宪成通过这类朋友聚集一起的“讲习”结合的讲学活动，看到了“群”的作用。他说：
自古未有关闭门户独自做成的圣贤，自古圣贤未有离群绝类、孤立无与的学问。群一乡之善士讲习，即一乡之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一乡矣；群一国之善士讲习，即一国之善皆收而为吾之善，而精神充满乎一国矣；群天下之善士讲习，即天下之善皆收而为吾之善，而精神充满乎天下矣。(《东林书院志》卷三《丽泽衍》
顾宪成的这段议论，是他为东林书院成立第二年(万历三十三年，公元1605年)九月的全体集会而写的。他在这次全体集会上对“群”的作用如此称道，实际是对集会结社活动的讴歌赞美，也是东林学派人士要求讲学自由和结社自由的呼吁。
(三)“重修”的道德修养论
顾宪成为何持“重修”的道德修养论？他认为“悟”是由“修”而入，没有渐修阶段，最终也达不到“悟”的境界。他把“修”与“悟”，比作是“下学”和“上达”的关系，认为“舍下学而言上达，无有是处。”(《泾皋藏稿》卷十一《虎林书院记》
他还认为“悟”并非凭空而悟，而是与“行”(人们的道德践履相结合、相终始的。他说：“悟于何始？因行而始。悟于何终？因行而终。”(同上卷十《尚行精舍记》)说明顾宪成是重视平时道德的践履，反对不修而悟的“顿悟”说的。
顾宪成提出“重修”，有其针对性。他企图以“重修”来“救正”
王学末流重“悟”“不修”之弊。他说：
窃见迩时论学率以悟为宗，吾不得非之也。徐而察之，往往有如所谓以亲、义、序、别、信为土苴，以学、问、思、辨、行为桎梏，一切藐而不事者，则又不得而是之也。识者忧其然，思为救正，谆谆揭修之一路指点之，良苦心矣。(《东林会约》
他认为造成这种“以亲义序别信为土苴，以学问思辨行为桎梏”
的放荡不羁之弊的，始于“无善无恶”为性之说，而致病之根源，则在提倡“悟”。其弟顾允成认为“‘正心诚意’四字不着，则‘无善无恶’
四字不息。‘无善无恶’四字不息，则修、齐、治、平未易几也”(《小辨斋偶存》卷二)。他们认为，与其失于王守仁的“荡”，毋宁失于朱熹的“拘”，故重“修”而不重“悟”。
顾宪成的修养方法，基本上是继承程、朱的。他除了强调要“躬行”外，还主张“居敬穷理”。关于穷理，他认为“必从性入”(《小心斋札记》卷八)。从“性”入手，就是他所说的“道性善”，就是落实到“识仁”，因为“仁”是“四德”之首，又是包括仁、义、礼、智一切封建道德的总原则。“识仁”就是体验“天理”。他很赞同程颢所提出的“须先识仁”的主张：
程伯子曰：“学者须先识仁，识得此理，以诚敬存之而已。”又曰：
“学者识得仁体实有诸己，只要义理栽培，如求经义，皆栽培之意。”
愚谓以诚敬存之，是收摄保住工夫，以义理栽培是维持助发工夫，说得十分精密。(同上卷一顾宪成所谓“以诚敬存之，是收摄保住工夫”，就是朱熹所谓“居敬”，是对封建道德的“执持工夫”。顾宪成一再强调“小心”二字。
所谓“语本体，只是‘性善’二字。语工夫，只是‘小心’二字”(同上卷十八)，认为“小心是个敬”(同上卷十二)。关于“敬”的解释，顾宪成与朱熹基本相同，认为“敬”并非象佛家的坐禅和道教的“清静”
那样，“块然兀坐，耳无所闻，目无所见，心无所思”(《朱文公文集》
卷二)。“敬”只是“有所畏谨，不敢放纵。身心收敛，如有所畏”(同上)。顾宪成之所以提出“小心”二字，也正是针对某些王学末流的放荡不拘，无复忌惮而开的药方。他说：
世儒放胆多矣，提出这“小心”二字，正对病之药。曰这是百草中一粒灵丹，不论有病无病都少他不得。而今须要实实调服，莫只把来做个好方子，随口说过，随手抄过，却将自家放在一边也。(《小心斋札记》卷十二顾宪成提出的“以义理栽培是维持助发工夫”，是指读书尊经以穷理。这方面，他也继承了朱熹的观点，认为古来圣贤之书是用来解说义理之精微的，因为读书尊经乃是穷理的手段。顾宪成之所以提倡读书尊经，用意还是针对王学“求诸心而得”(《泾皋藏稿》卷二《与李见罗先生书》)的观点而发的。他说：
学者试能读一字，便体一字；读一句，便体一句。心与之神明，身与之印证，日就月将，循循不已。至乃枵腹高心，目空千古。一则曰何必读书，然后为学？一则曰六经注我，我注六经。即孔子大圣，一腔苦心，程、朱大儒，穷年毕力，都付诸东流已耳。然则承学将安所持循乎？异端曲说，纷纷藉藉，将安所折衷乎？(《东林会约》
又说：
凭恃聪明，轻侮先圣，注脚六经，高谈阔论，无复忌惮，不亦误乎！(《泾皋藏稿》卷二《与李见罗先生书》
他认为王学任心太过，目空千古，容易失误，故提出要“质诸先觉、考诸古训”(同上)，即必须尊经。(《东林会约》)。
顾宪成生活的时代，正是明王朝腐朽没落、“天崩地陷”(高攀龙《顾季时行状》)的时代。顾宪成、高攀龙等在被罢黜返归故里后，仍关心国事，重建东林书院并创立东林学派。他们的理想是要通过讲学，唤起人心，治国平天下。他们的座右铭是“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事，国事、天下事，事事关心。”于是，在距今三百八十年前的太湖之滨，东林书院成了正直之士的活动中心。他们在“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。”一批身在中央和地方任职的正直官吏如赵南星、邹元标、冯从吾、李三才等，与之遥相应和。于是，作为一个学术团体的东林学派，逐渐扩大而形成一个政治派别，封建保守势力乃称之为“东林党”。
顾宪成、高攀龙为首的东林学派，代表了地主阶级的开明派和商人、市民的利益。他们在和封建腐朽势力的集中代表——阉党及其爪牙专权乱政的斗争中，主张革新朝政，反对矿监税使的横征暴敛，要求惠商恤民、减轻赋税，重视工商业的发展。
与顾宪成的社会政治经济思想相关联，他的理学思想是以能否治世作为评价理学思想或其他学说的邪正是非的标准。尽管顾宪成对“无善无恶”说的论辩和批驳，是从儒家正宗立场出发来反对王学末流的佛、老“空”、“无”思想，其理论深度和理论分析不足，但是他强调治世，反对出世，表露出对讲学自由和结社自由的要求，甚至发出“外人所是，庙堂必以为非；外人所非，庙堂必以为是”和“天下之是非，自当听之天下”(《以俟录·序言》)的呼声。这些思想的进步因素，对明清之际早期启蒙思潮的兴起，产生了积极的影响。它反映了处在资本主义生产关系萌芽时期，新思想开始萌发。
因此，在某种程度上，顾宪成、高攀龙等东林学派人士也可说是早期启蒙思潮兴起的先驱人物。但顾宪成的哲学思想，仍然不能摆脱程朱理学的束缚。