顾宪成在《东林书院院规》中提出“以性善为宗”(《东林书院志》卷二)。高攀龙也认为顾宪成“辟东林精舍”是“讲明性善之旨”
(《高子别集》卷六《泾阳顾先生小传》)。
顾宪成的本体论既然是“以理为主宰”；那么，自然认为太极(理)是世上万事万物的本原。因而太极(理)赋予人，则自然谓之性，这正如朱熹所谓“在天曰命，在人曰性”，性就是天理，而天理也就是太极。所以，顾宪成说：“性即理也”(《小心斋札记》卷十一)、“性，太极也”(同上卷四)、“性，天道也”(同上)。这就把人的本性问题，提到了本体论的高度。
不过，顾宪成与朱熹的观点也有所区别，他为了强调人性“善” 的作用和地位，还根据《周易》万物生成的传统观点，提出“善”是天地万物的本原。他说：
《易》曰：“大哉乾元，万物资始。”曰：“至哉坤元，万物资生。”曰：“元者，善之长也。”可见乾坤万物，一齐从“善” 中流出。圣人要范围天地，曲成万物，所以欲培植此“善”字。(《还经录》）
根据《周易》的注释，《乾》卦象天，故《彖传》以天之德解释卦辞：“元”作“善”解，“资”作“赖”讲。因而，“大哉乾元，万物资始”，即谓大哉天德之善，万物赖之而有始。《坤》卦象地，故《彖传》以地之德解释卦辞。因而，所谓“至哉坤元，万物资生”，即至哉地德之善，万物赖之以生长(参见高亨《周易大传今注》)。把天地万物的起源与化生都归之于“善”的作用，这就直接地把“善”提到了和“太极”、“理”的同等地位，认为“乾坤万物，一起从善中流出。”于是“善”被赋予了本体的性质。
他又说：
吾人时刻受用者，性而已矣。性之所以为性者，善而已矣。天地间止是此件，故可欲者，止是此件，受用者，止是此件。(《东林书院志》卷六《补录未刻稿<东林商语>一则》
这就是他自己所归纳的“道性善是说本体”(《经正堂商语》)，以及他临终绝笔：“语本体，只是‘性善’二字。”(《小心斋札记》卷十八)即是说，“善”与“太极”(理)一样，不仅是天地万物生成的本原，而且具有“天之德”、“地之德”的性质。
顾宪成对《周易》《乾》卦卦辞“元、亨、利、贞”的解释，不仅认为“善”具有天地之德，而且还具有仁、义、礼、智等道德属性。元、亨、利、贞是《周易》《乾》卦卦辞，是乾(天)之四德，即仁、礼、义、正。
《周易正义》又以“元、亨、利、贞”(仁、礼、义、正)四德与天之四时(春生、夏长、秋收、冬藏)相配。朱熹认为元、亨、利、贞具有仁、义、礼、智的道德属性。如说：“在天曰元、亨、利、贞，在人曰仁、义、礼、智。”(《朱文公文集》卷六十七《仁说》)顾宪成在继承前人思想的基础上，作了自己的发挥。他强调“善”的作用，认为天之四德“元、亨、利、贞”，皆是“善”的体现，又是“善”的复归。这样，“善”不只是“天之四时”的体现者，也是“君子四德”仁、义、礼、智的体现者。名称虽异，实出一原。
顾宪成之所以如此强调性善说，是有针对性的。当时王守仁的“无善无恶心之体”四句教流行，王学末流掀起空谈心性而不务实学之风，顾说对此而言。他说：“将这‘善’字打破，本体只是一个‘空’。”(《小心斋札记》卷三)又说：“往岁唐仲卿过访泾上，语次痛疾心学之说。仁卿曰：‘而今一切托之心，这是无形无影的，何处究诘也？’予曰：‘只提出‘性’字作主，这心便有管束。孔子‘从心所欲，不逾矩，矩即性也。’”(同上卷五)顾宪成认为“点出‘善’字，正示性有定体，不可以歧见淆也”；“提出‘性’字，正示善有大原，不可以局见窥也。”(同上卷二)可见，顾宪成之所以要抬高性善说，把“性”与“善”结合起来，目的就是用来防范和破除王学“无善无恶”之说的泛滥。