(一)“理是主宰”的本体论
顾宪成尊奉程、朱“性即理”、“理为主”的本体论。他说：
伊川曰：“性即理也”。此一语极说得直截分明，亘古亘今、颠扑不破，却亦有个来历。《书》云：“惟皇上帝降衷于下民。”《诗》云：“天生蒸民，有物有则。”曰衷曰则，非“理”而何？但不如拈出“理”字，尤觉易晓耳。朱子尝言：
“自程、张气质之说出，而后诸子纷纷之论息。”予以为未也。别气质于性则性明，溷气质于性则性晦，犹在人善看。
惟“性即理也”之说出，而后诸子更无所置其喙耳。(同上卷十一认为理既是宇宙万物的本源，又是宇宙万物的规律和法则，“曰衷曰则，非理而何？”
在理与气的关系上，他认为理在气先，理是主宰，气是从属于理的。他尊奉程、朱的“性即理”、“理为主”的本体论，阐述理与气的关系。他虽然认为理不离气，理气相依，但强调理是始终处于主宰的地位。因此，他反对分理气为二的理气二元论，也反对混理气为一的混一论。
(二)对周颐的《太极图易说》的解说
顾宪成同朱熹一样，把“理”也称作“太极”。如说“性，太极也”
(同上卷四)、“太极，理也”(《证性编·质疑》下)；并且按照朱熹“理生气”的观点来解释周颐的《太极图易说》，同时还借《周易》的传统观点予以论证。他说：
《易》曰：“天地賥蕴，万物化醇。”周子曰：“太极动而生阳，动极而静，静而生阴，静极复动。一动一静，互为其根。”愚谓知天地之所以生万物，则知太极之所以生天地。
周子此数语模写賥蕴情状，宛然如画，真造物传神乎也。
(同上卷一乾之《彖》曰：“大哉乾元，万物资始。”坤之《彖》曰：“至哉坤元，万物资生。”《系辞》曰：“乾以易知，坤以简能。”又曰：“乾知大始，坤作成物。”这是太极两个大总管，千变万化，皆由此出。人心之有知能，亦犹是也。(同上卷二认为太极(理)是产生天地万物以至人的精神知能的根源，是“超形气之上”的“形而上者”之“道”的精神本体。最后他把自己的以“理为主宰”的本体观归结为“太极生天生地之本，阴阳生天生地之具。”(同上卷十六)这个归结也是从朱熹的所谓“理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下者之器也，生物之具也”(《朱文公集·答黄道夫书》)的概述中脱胎而来的。
顾宪成之所以把精神本体的“理”(“太极”)赋予主宰的地位，是针对佛教经典称“佛为生天生地之圣人”而言的。他说：
《内典》推佛为生天生地之圣人。按《汤诰》有曰：“惟皇上帝，降衷于下民”。予以为非特降衷于下民，实乃降衷于天地，此之所谓生天地之圣人也。(同上卷十六当时，在学术思想界，有象管志道、陶望龄、钱渐庵等人为代表的王学末流，他们弃儒入禅，大倡所谓儒、佛、道“三教合一”。于是，一时谈玄说空之论，甚嚣尘上。顾宪成以天帝为“生天生地之圣人”这一儒家传统观点反对“佛为生天生地之圣人”的说法，显然具有防止儒学禅化的意义。
顾宪成之所以要同朱熹一样，把“理”称为“太极”，并且按照程、朱“理生气”的观点来解释周筇颐的《太极图易说》，意在消除佛、道的影响，以破除管志道、钱渐庵、陶望龄等人想从周筇颐的“无极”观点中，为“无善无恶是心之体”寻找本体论依据的企图。
顾宪成在解释周筇颐的《太极图易说》时，与朱熹不同的，是他明确宣称周筇颐之所以作《太极图易说》，正以“匡(佛、道)二氏”，曰“无极”，“正为辟老氏而发”。他说：
盖周子标○为太极矣，而其两之为阴阳也，即系○于阴阳。五行之为水、火、木、金、土也，系○于水、火、木、金、土。
是混者不嫌于析也。何也？混之以本体，析之以为用，体用本一原也。老氏却曰：“失道而后德，失德而后仁，失仁而后义，失义而后礼，失礼而后智。”将无于体用之间，自生拣择。即所云“有物混成”，亦归之笼统而已耳。
周子标○居上矣，而其次之以水、火、木、金、土也，即系水、火、木、金、土于○，是上者不离于下也。何也？形而上谓之道，形而下谓之器，道器本一贯也。佛氏却曰：“迷妄有虚空，依空立世界，想澄成国土，知觉乃众生”。将无于道器之间，自生取舍？即所云：惟吾独尊。亦归之孤亢而已耳。由此观之，周子之为是图，正以匡二氏也。
其指微矣。(同上又说：
或曰“无极”二字，原出于老氏，分明与“无善”义同。
周子《太极图说》奈何宗之？曰：周子此语正为辟老氏而发，(《还经录》
从顾宪成对周筇颐《太极图易说》的解说，可以看出他是把“太极”(理)作为宇宙万物的本原，认为所谓“无极而太极”，只是“明其非真无也”，赋予了“太极”(理)以实在性。这当然并非周筇颐《太极图易说》的本意，而是顾宪成借周筇颐的思想资料，经过自己一番的加工改造而得出的观点。他还以此破除王学末流利用周筇颐的“无极”观点为他们的“无善无恶心之体”的观点寻求依据的企图。