顾宪成是明末东林学派的主要创始人。黄宗羲在《明儒学案》中，赞扬他们所创建的东林学派是“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤” (卷五十八《东林学案·序》)
顾宪成的理学倾向，基本是宗程、朱而诋陆、王。他们标榜气节，崇尚实学，反对王学末流弃儒入禅、空谈心性而不务实学的风气。
顾宪成(公元15501612年)字叔时，号泾阳，无锡人，世称泾阳先生或东林先生。万历八年(公元1580年)进士，授户部广东司主事。与魏懋权(允中)、刘国徵(廷兰)合称“三元”，“言时政得失，无所隐蔽”(《明儒学案》卷五十八《东林学案·顾宪成传》)。万历十五年(公元1587年)，他上疏“分别小人，刺及时政”(同上)，被贬为湖广桂阳州判官。万历二十年(公元1592年)，擢吏部考功司主事。
后因他在立皇太子和会推阁臣问题上，与神宗及权臣窰牾，于万历二十二年(公元1594年)被革职回家。顾宪成罢归后，即从事着述，相继写了《小心斋札记》、《还经录》、《质疑编》、《证性编》、《桑梓录》等。万历三十二年(公元1604年)，他又与高攀龙、顾允成、钱一本等重建东林书院，从事讲学活动。他的着作被编为《顾端文公遗书》。
顾宪成青年时，初学于张淇门下，后又师薛应旗(方山)。据史料记载，张淇年幼曾“师事阳湖邵公，闻阳明致良知之说”，后又拜薛应旗为师，“学益进，已乃亟称考亭曰：‘毕竟盘不过此老’！”(《泾皋藏稿》卷十六《明故学谕损斋张先生墓志铭》)称道朱学。万历二十八年(公元1600年)，他声斥王学末流为“异说横流”，“其害真酷似夷狄禽兽！”(同上)褒朱学而贬王学的态度十分明显。薛应旗从师于王守仁弟子欧阳德，但他却反对那些把王学引向异端的人，批评这些人是“世之堕于腐俗过于玄虚者”(《方山纪述》卷五《与孔文谷提学》)。其晚年倾向朱学，重订宋端仪所撰《考亭渊源录》二十四卷，并将此书授予顾宪成、允成兄弟，称赞朱熹之学，谓“洙泗以下，姚江以上，萃于是矣。”(《顾端文公年谱》上)由此可见，从师承上来说，顾宪成是王门的三传弟子。其师张淇和薛应旗虽出入王门，但思想却已由王学转向朱学，因此，顾宪成的宗程、朱而斥王学末流的理学倾向，多少与其师承有关。
顾宪成还自称曾“私淑本庵方先生有年”(《东林书院记》卷十六)。方学渐是方以智之祖父，虽受学于泰州学派的张甑山、耿楚侗，但已背离王学，“别出一机轴矣”(《明儒学案》卷三十五《泰州学案·方学渐传》)。
东林书院——明代影响最大的书院此外，从顾宪成、高攀龙重建东林书院的意图来看，是想继承杨时东林书院的传统，以恢复和发扬程朱理学正宗。顾宪成在万历三十一年(公元1603年)《请复东林书院公启》中说：
有宋龟山杨先生受业两程夫子，载道而南，一时学者翕然从之，尊为正宗。考锡乘先生(即杨龟山)常讲学是邑，十有八年，建有东林书院。岁久旁落为东林庵，而书院废矣。
距今五百年，俯仰顾盼，莫不喟然叹息。某等僭不自量，欲相与共图兴复，然念祠堂以崇先哲之懿范，则道脉系焉，书院以广友朋之丽泽，则学脉系焉，所关重大。会庠友马希尹等会呈上请，乃敢拜首言曰：先生(指杨龟山)之道其源远矣，其流长矣，及门之乐育既多，过化之余风未泯，而今而往有能绍述遗训，如当年之在东林，一传而为喻工部，再传而为尤文简，三传而为李简肃、蒋忠文，无坠道南之一线者乎，是惟先生之赐。而今而往，有能冥契心宗如当年之在剑南，一传而为罗豫章，再传而为李延平，三传而为朱考亭，直接周、程之正统者乎，亦惟先生之赐。其大造于吾锡何如也！台台为斯文主盟，幸亟允希尹等之请，上之表章正学，焕发幽光，九峰二泉之间，行将坐收濂洛关闽之胜，其大有造于吾锡，又当何如也！(《东林书院志》卷十七后来，高攀龙在万历四十二年(公元1614年)写的《东林原志序》中，也同样强调：
龟山杨先生上承洛统，下开闽传，其栖止于晋陵梁溪间，浮云流水之迹耳。而吾郡至今言学不畔洛闽，不忍曲学阿世，于是见先生之精神大而远也。先生于梁溪东林，东林之废久矣，屡有复者而未竟。顾泾阳先生始率同志告于当道而一新之，使吾锡之士，进则行其道于天下，退则明其道于此，如行者之有家，耕者之有土也。(同上卷十六可见，顾、高重建东林书院的意图是十分明确的，即发扬杨时的“上承洛统、下开闽传”之传统，“无坠道南之一线”、“直接周程之正统”，使“道脉”，“学脉”有所系。
顾宪成、高攀龙之所以提出要维系“道脉”、“学脉”，正反映了明朝自正德、嘉靖以来，王守仁心学兴起，天下风靡，朱学衰微，程朱理学的传统发生了危机，所以他们急于要复兴朱学，以矫王学之弊。
顾、高重建东林书院以兴朱学而斥王学的行动，开启了由王返朱的思想趋势。清朝胡慎《东林书院志序》中论述了这一思想历程。他说：
至明弘、正之世，则姚江之学大行，而伊洛之传几晦，东林亦废为丘墟。至万历之季，始有端文顾公、忠宪高子振兴东林，修复道南之祀，仿白鹿洞规为讲学会，力阐性善之旨，以辟无善无恶之说，海内翕然宗之，伊洛之统复昌明于世。
这一叙述指出了顾宪成的思想渊源于程朱理学。
顾宪成的理学派别
至于顾宪成的理学派别，从他对周筇颐、二程、朱熹的赞扬备至的态度，即可明显看出其理学派别倾向。他在《小心斋札记》中说：
孔子表章六经，以推明羲、尧诸大圣之道，而万世莫能易也。朱子表章《太极图》等书，以推明周、程诸大儒之道，而万世莫能易也。此之谓命世。(卷三把朱熹看作是继孔子之后集儒学大成之圣人，在《朱子节要序》
中，甚至得出“论造诣，颜、孟犹有歉焉；论血脉，朱子依然孔子也”
(《泾皋藏稿》卷六)的结论，足见他对朱子的尊崇。不仅如此，他对理学的开创者周筇颐很推崇。他说：
孔孟既没，吾道不绝如线，至宋而始一光，发脉得一周元公，结局得一朱晦翁。(《小心斋札记》卷一《太极图说》，元公之《中庸》也；《通书》，元公之《论语》也。上下两千年间，一人而已矣。(同上卓哉其元公乎！吾始以为元公也，而今乃知其宛然一孔子也。(同上卷三可见，顾宪成是把周筇颐的创建理学，看成为孔、孟之真传、儒学之复兴，其功绩不在孔孟之下。而程、朱，尤其是朱熹，则被视为周筇颐理学的发扬光大者，其功不在周之下。因此，高攀龙在顾宪成病逝后，对顾的学术思想所作的结论是：“远宗孔圣，不参二氏(指佛、道)；近契元公，恪遵洛、闽。”(《东林书院志》卷七《顾泾阳行状》
方学渐在他亲赴东林书院参观归来所写的《东游记小引》一文中也说：“东林之学，以朱子为宗”(同上卷十六)。而并非象有人所说的是“王学的修正派，”朱、王之学的调和折衷者。
顾宪成的思想学说，虽然“恪遵洛、闽”、“以朱学为宗”，但不抱门户之见。对陆王心学之短长，以至朱熹之不足，他大都能持公允的批评态度。他虽然推崇朱熹，但并不遮掩朱熹之短。在他评论朱(熹)、王(阳明)异同时，其态度更是谦逊而平实。他说：不肖，下里之鄙人耳，无所闻知。少尝受阳明先生《传习录》而悦之。(《泾皋藏稿》卷四《复方本庵》)
又说：
当士人桎梏于训诂辞章间，骤而闻良知之说，一时心目俱醒，恍若拨云雾而见白日，岂不大快。(《小心斋札记》卷三学宗程、朱的顾宪成，在这里非但毫不讳言自幼学自王门，而且也很称道王守仁，并无门户之见。更可贵的还在于他从总结理学思想发展的途径，肯定了理学各派不同意见的短长和应有的地位。他反对互相排斥，提倡互相尊重、取长补短的见解是可取的。他反对门户之见，而从总结学术思想发展史的角度，给予不同理学派别应有的历史地位，这一作法开启了后来以黄宗羲、全祖望为代表的《宋元学案》、《明儒学案》对宋明理学总结的端绪。