一方面，从立法主体地位上来说，平潭综合实验区的主体地位缺乏宪法和立法法基础。《宪法》第30条对我国行政区域进行了明确的划分，而《立法法》则是在此基础上对各类地方立法权进行层层划分的。虽然这类所谓的“试验区”均不属于其中任何一类正式的地方行政区域，但从之前建立的国家级试点来看，却无不以既有的地方政府组织为基础，即不仅具有宪法依据，而且具有明确的立法主体资格。如浦东和滨海试验区的立法主体基础在上海和天津两个直辖市，山西试验区的立法主体基础则在于山西省，即使是武汉城市圈、长株潭等城市群式的试验区，也上有省级立法加以统一协调，下有各市立法（主要是武汉、长沙等“较大的市”）具体承载。反观平潭综合实验区，虽然在县域建制基础上发展而来，但其行政级别被人为拔高后却已远非传统的县级地方所能承受，从而形成“空中楼阁”似的主体样态——枉具“正厅级”身份，却在当前的立法体系中并无任何自主立法之可能。制度创新的核心在于法制的创新，而法制创新的基础则在于能够依据客观实践适时地、自主地制定相应的法律规范。而由于缺乏必要的宪法和法律基础，平潭综合实验区自主性内生立法的制度空间被极大窒息，而只能仰仗外部立法资源的转移性供给。
从目前来看，这种外部供给主要有两个来源，一是作为省会所在地的市的福州市制定的地方性法规和规章，二是福建省制定的地方性法规和规章。而一个现实的突出矛盾却是：当前常规的地方性立法根本无法为平潭综合实验区作为国家级试点的制度创新和法制需求提供有效的立法资源供给。虽然目前许多学者注意到这一问题，并积极主张全国人大常委会对于福建省人大的授权立法，即“提请全国人大及其常委会在平潭实验区的建设方面予以特别授权立法，授权福建省人大及其常委会和福建省人民政府就两岸合作模式创新和“共同管理”平潭实验区的有关事项制定地方性法规和地方政府规章，在平潭实验区范围内组织实施”，但这一看似最为常规也最为可行的解决进路却并未就“对福建省的授权始终不能解决平潭综合实验区对外部立法资源转移的依赖性”这一核心问题作出回应。相关地方政府对于立法权的垄断，使得平潭在法制需求上无法“造血”而只能寄望于自上而下的“输血”，而这种外部供给的“法制之血”在立法级别、立法效率、与实践需求的契合度乃至上级地方的利益保留方面，都将会从根本上对平潭先行先试构想的全面展开形成消极的制度性掣肘。
另一方面，从行政主体地位上来说，平潭综合实验区的管委会亦非我国法定行政机关的任何一种，即不具备法定的行政主体资格。这一缺陷对于这个平潭综合实验区的核心组织机构而言无疑是致命的。有学者即作了如下归纳：第一，增加了管委会的违法风险。欠缺行政主体资格就意味着平潭综合实验区管委会并不能以自己的名义从事行政行为，而只能以接受委托的方式、以委托机关的名义行使行政职权。但实践中出于行政效率的考虑，管委会又不得不对所辖行政事项作出决策迅速、程序简化的反应。这二者之间的矛盾常常会催生管委会超越委托权限或不以委托机关名义行使行政职权事件的出现。第二，降低管委会执法权威，从而影响其所实施的行政行为效力。第三，不利于管委会责任的承担。理论上，欠缺行政主体资格的平潭管委会也并不能为其行政行为承担责任，这极有可能会导致实践中责任模糊、相互推诿情况的发生。显然，单纯的行政级别高配是一种行政主导性思维的典型体现，主要是在形式上解决平潭扩权之后其行政级别同所承担的实际职能不对等的困境，但却并不能从根本上解决平潭实验区行政主体地位模糊的问题，更不能使平潭获得与其地位相适应的行政资源。因此，当前对于平潭实验区行政主体地位的构建所采取的一系列努力实际上只可“锦上添花”，而难以“雪中送炭”。
那么，上述困境应如何解决呢？笔者认为，根本的进路在于如何令地位悬空的平潭综合实验区既能在国家政策的支持下“仰望星空”，又能在既有的法制框架中“脚踏实地”——目前看来，依据其既有的法定层级适当给予立法权高配似乎最为可行。即参照深圳、厦门未将经济特区范围扩展至全市时的模式，将平潭作为福州市下辖的“类经济特区”概念，或直接理解为基于平潭综合实验区而将福州市辟为新的、近似于“经济特区”的特殊地方。这样做的优势至少有三。第一，能够维持现行的宪法和法律规定，在不对平潭综合实验区试点权予以限缩的前提下，明确其行政地位和立法地位，令其真正“坐实”。第二，不仅不会对福州市自身的行政级别以及福州和平潭之间的行政隶属关系造成冲击或影响，也能使平潭能够获得属于自己的、具有一定位阶的特区立法资源。第三，福建省亦可依据之前基于厦门特区而已获得的特殊的地方立法权对平潭的法制建设给予辅助性的外部供给。在此基础上，平潭本身的行政级别为何，已经不重要了。需要强调的是，作为国家综合实验区的平潭同深圳、厦门等一般意义上的经济特区在目标、定位、功能等方面都是具有本质区别的。
三、困境与回应路径之选：平潭综合实验区立法面临的若干问题及其应对策略
平潭综合实验区始于政策，却注定成于法制。而目前平潭综合实验区的建设却颇有些“剃头挑子一头热”的意味，对台湾的吸引力有限，原因比较复杂。除了政策过于原则性之外，其中的关键，正如台湾综合研究院研三所所长戴肇洋指出的：“若要发展好，除非平潭能像香港一样……有很健全的法制。”那么，平潭综合实验区面临的主要法制问题为何？又应当如何回应呢？
（一）平潭立法的定位问题
综合实验区的各方面制度需要以立法的方式加以确定，则相关的立法应当如何定位？大致可从如下四个方面予以解析。
第一，对台方针的实践法。如前文所述，平潭综合实验区是在福建省设立的，对既定两岸战略、方针和政策进行综合性实践并在此基础上总结实施经验，创新实施模式，以实现构建科学的实施制度目标的国家级试点。因此，平潭综合实验区的立法首要目标是对国家对台政策进行具体实施并加以检验。国家对于台湾问题的处理和应对目前已经初步形成了由宪法、法律和政策所构成的较为完整的体系框架，但大多原则性有余而可实施性不强。这些方针和原则虽符合历史发展规律，并在特定领域得到了一定程度的实施，总体说来实现程度依然不高，亟须积累具体的实践基础和经验。因此，作为对台前沿的平潭综合实验区相关立法就应当充分考量这部分制度需求，争取通过这些对台方针、原则的全面落实而进行综合性实践，探索实施路径，提纯实施规律，创新实施模式，总结实施经验，为这些宏观方针在全国范围内的法制化、体系化和规范化提供先在基础。正如厦门大学台研院李非教授指出的：“台湾与大陆签ECFA、M0U，目标太过宏大了，最好这些都在福建“先行先试”，发展好了，再向别的地方推广。”这也是平潭“试点”所蕴含的核心要义。
第二，两岸关系的促进法。在落实对台方针的基础上，平潭综合实验区的相关立法还应当在力所能及的范围内促进两岸关系的深化与发展。就这方面而言，其立法所依据的主要蓝本除了我国的相关立法之外，还应当充分考虑以ECFA为代表的一系列两岸协议的面向和内容。易言之，以ECFA为代表的两岸协议虽然在近年来两岸关系的发展中发挥了极为重要的作用，但是其毕竟不是两岸官方所签署的正式法律文件，尤其在大陆领域内尚无严格的法律执行效力。因此，虽然在两岸关系的蜜月期能够发挥较大的积极作用，但是两岸关系一旦发生动荡，其效力就无法得到法律的全面保障。在当前两岸关系政治化色彩浓重、敏感领域较多的情况下，倘若暂时不适宜由官方对这些协议的效力给予全面承认，那么大可以先在特定的区域内赋予其法律效力，提供法制保障，促使其应然效用的最大化发挥。平潭综合实验区立法就提供了这样一个难得的制度可能性和实施样本。
第三，具体制度的构建法。如前所述，平潭综合实验区立法的最大特征就在于试点具体制度的构建，亦即以具体制度的法制化为宗旨。因此，同国家政策规划相比，实验区立法宜实不宜虚；从各领域的综合性规范来看，实验区立法宜聚不宜散。目前，《平潭规划》已经针对综合交通、市政工程、综合防灾减灾体系、高新技术产业、服务业、海洋产业、旅游业、社会事业、生态建设和环境保护等方面进行了专题设计；而福建省的交通、海关、税务等部门也纷纷出台了针对平潭综合实验区的优惠举措；国家质检总局甚至在今年3月专门出台了《关于支持平潭综合实验区开放开发的意见》。目前最重要的，就是如何将这些政策和举措以明确的法律规范的方式确定下来，变松散的政策为集中的法律，为平潭综合实验区具体制度的建立和试点的探索提供坚实的法制支撑。从立法形式上来说，可以考虑构建“一核多极”的格局，即制定一部《平潭综合实验区条例》对宏观性、原则性问题进行统一的规定，成为实验区的“小宪法”，再在不同领域制定相应的法律规范，其法律效力由《平潭综合实验区条例》统一承认。这一格局形成的关键，在于中央对于《平潭综合实验区条例》的概括性立法授权。