其次，在台商投资实践中更为重要的一个问题，则是台商采取隐名投资形式时如何进行身份认定。由于立法与司法解释的缺乏，此一问题多年来对实务界造成很大困扰。最高人民法院于2010年出台的《关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定》与2011年出台的《关于适用 （中华人民共和国公司法） 若干问题的规定（三）》中，即进行较为细致化的规定。上开二项解释确认实际投资者与名义投资者之间是合同关系，因此合同在因未违反或规避大陆法律、法规的强制性规定而有效的情形下，成为隐名投资的台商主张权利的主要依据。至于隐名投资的台商则需要面对双重风险。其一，其要确认股东身份非常困难，在法律适用上，《关于适用 （中华人民共和国公司法）若干问题的规定（三）》与《关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定》之间是一般法与特别法的关系，后者优先于前者适用。因此，作为实际投资者的台商确认股东身份的依据，即是《关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定》第14条，而必须同时满足实际投资者已经实际投资、名义股东以外的其他股东认可实际投资者的股东身份、人民法院或当事人在诉讼期间就将实际投资者变更为股东征得外商投资企业审批机关的同意等三个条件，其难度极大。其二，在委托协议无效的情形下，《关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定》按照股权价值与实际投资额的比较，以决定股权收益的分配，尽管平衡了双方利益，但是在企业采取有限责任公司形式的时候，如何认定股权价值，亦是司法实践中的难题。
应注意者，台商采取隐名投资的动机，主要有规避大陆投资准入法规、规避台湾当局的限制及避免双重课税、规避审批注册程式规定以便利办理公司设立手续、法律理解差异、规避监管、利用优惠政策、规避债务及个人资讯保密等方面。由于大陆目前在市场准入方面已经大幅度放开，可以想见通过隐名投资来规避市场准入管制的情形，将会大幅度减少。因此，未来可以考虑的改革方向，即是利用《信托法》的正式制度，以降低隐名投资的需求。大陆的《信托法》虽然发布多年，但是在实践中因为各种限制，并没有完全发挥效力，相比之下，台湾的《信托法》在适用上则普具成效，其先进经验可为平潭综合实验区的重要参考。另外，亦可考虑探索股权定价的方式，以便在委托协定无效的情形下，正确分配合同双方的利益。
2.商事登记
商事登记是目前大陆地区商事立法改革的重点，平潭综合实验区应可在这一方面先行先试，通过登记制度的改革给国家未来的立法改革提供经验。就大陆目前商事登记制度存在的问题而言，主要是缘于计划经济时代，商事登记制度的制度设计偏向便于行政机关进行管理，以致在诸多方面较为僵化。另外，各种商业登记的立法分散，层次较多，非常混乱，不仅影响市场运作，还形成较大的寻租空间，给商人造成诸多障碍。
平潭综合实验区在商事登记的改革上，宜强调商事登记的私法价值，即以鼓励创业为主，减少前置无谓之程式要求。例如可以借鉴珠海特区的改革经验。2012年5月甫生效的《珠海经济特区横琴新区商事登记管理办法》，即对商事登记进行较为科学的设计。其中一大亮点，即为正式区分开市场主体资格与经营资格，企业法人资格的取得与经营资格的审批许可相脱钩。详言之，经营资格审批许可不再作为商事主体登记的前置条件，商事主体登记只进行形式要件审查，材料齐全，符合法定形式，可及时办理。此等做法，实纠正了大陆法律在登记程式上并没有区分法人主体登记和营业登记，采用统一登记模式的做法。从现实的制度运行而言，这一改革可谓取得较好的效益，从事一般经营项目的企业甚至可以一天落户，无疑对鼓励创业发挥积极作用。
另应注意者，即为关于公司资本制度的改革。《国家工商总局关于支持平潭综合实验区开放开发，促进两岸交流合作的意见》中提出支持按照公司注册资本的功能和法律原则，开展注册资本登记改革探索，而《福建省工商行政管理局关于认真贯彻落实支持平潭综合实验区开放开发促进两岸交流合作意见的通知》则进行了细致化规定，提出：“要积极开展注册资本登记改革探索，按照注册资本功能和法律原则，进一步拓宽注册资本制度改革试点的空间。一是贯彻落实省政府办公厅转发的提高工商服务水准七条措施中赋予平潭综合实验区“注册资本零首付”的先行先试政策，即设立注册资本100万元以下内资有限公司允许注册资本实行“零首付”。支持以智慧财产权等法律法规和行政规章允许的非货币财产出资设立企业，积极运用股权出质、股权出资、债权转股权等登记行政职能，做好企业股权出资、债权转股权登记工作。二是在实验区党工委、管委会的支援下，开展台资企业以新台币直接投资，并作为其注册资本币种的登记试点工作；从方便企业资金周转、服务企业发展入手，开展重大台商投资专案企业根据专案建设进度确定出资时间等注册资本制度改革探索。”
实际上，类似的改革在珠海特区亦业已开始。例如《珠海经济特区横琴新区商事登记管理办法》即实行有限责任公司注册资本认缴制度，实收资本不作为登记事项，无需提交验资证明。《公司法》确立的资本制度过于强调“资本信用”，在实践中的弊端日益显现，因此这些改革可谓进步，但亦有一定风险。按照《公司法》第27条第3款与《公司登记管理条例》的规定，全体股东首次出资不得低于注册资本的30%与法定注册资本的最低限额，注册资本与实收资本是公司登记的必备事项，因此前引包括“零首付”在内的改革措施直接与此抵触，是否符合国家工商总局所提出“按照公司注册资本的功能和法律原则”的改革原则，亦颇令人存疑。本文以为，若未取得立法机关的特别立法授权，资本制度的改革宜在现行法律法规的框架下进行，不应超越《公司法》第27条第3款与《公司登记管理条例》的相关规定。
此外，在商事登记方面，尚应关注者，应属个体工商户的登记制度，《国家工商总局关于支持平潭综合实验区开放开发，促进两岸交流合作的意见》与《福建省工商行政管理局关于认真贯彻落实支持平潭综合实验区开放开发促进两岸交流合作意见的通知》对于具体的改革方式，均言之不详。
相对地，《珠海经济特区横琴新区商事登记管理办法》实行个体工商户豁免登记制度，自然人从事经营活动的，无须办理个体工商户登记，直接办理税务登记。问题在于，这一制度却抵触2011年国务院颁布的《个体工商户条例》第2条规定：“有经营能力的公民，依照本条例规定经工商行政管理部门登记，从事工商业经营的，为个体工商户。”另外，以税务登记取代工商户登记的做法，似乎难谓合理。本文认为，改革方向应当是简化审批程式，而非完全废除工商户登记。
3.企业融资
融资困难的问题一直制约着大陆的经济发展，且在2008年金融危机之后，显得愈加严重。目前各金融机构对平潭的开发多持支持态度，都单列了信贷额度，增加了信贷规模，15家商业银行给予平潭670亿元的总承贷资金，推动设立平潭银行和产业基金，加快海峡股权交易所的组建运行，吸引台湾金融机构进入平潭。本文以为，有两个方面可以通过先行先试探索新的改革措施。
首先，即是股权转让的问题，由于法律及司法解释的不明确，股权转让在大陆的司法实践中引起相当多争议，各地出台的裁判规则及相关判决可谓相当混乱，在涉及台资企业的情况下，由于法律规定在股权转让合同生效的条件上附加报批义务，因而增加合同效力的不确定性，在实践中引起较多的纠纷。《关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定》，即对实践中的一些问题作出了原则性规定，主要包括如未经审批、未保护其他股东优先购买权对股权转让合同的效力影响。平潭实验区可考虑对此再作细化规定，也为相关司法解释的出台进行试验。
其次，则为融资方式的改革问题。目前有学者提出应构建多层次融资体系，建设大陆台资企业融资的集中市场。另外，亦有学者建议加强产业投资基金的作用，而认为与其他融资方式比较，产业投资基金融资规模大，能在短期内筹集到大量的长期建设资金，具有较强的资金聚合功能及优化企业财务结构等优点，应当使之成为平潭岛开发建设的主导力量。本文以为，上开建议均具有一定程度的可操作性，颇值采纳。唯应注意者，《证券投资基金法》正在酝酿修改，本次修改的一个动向是将私募入法，加以成文化，平潭综合实验区即有先行先试的空间，为《证券投资基金法》提供改革经验。
（四）公司治理模式的问题
目前大陆一个较为严重的问题是公司治理的危机。评论者即指出，中国面临着一个漏洞百出的公司治理，如果放任其发展下去，势必会在不久的将来给中国带来重大的经济危机。大陆公司治理问题的根源在于路径依赖的影响，诚如邓峰教授指出，自1908年清末变法之后，中国法律体系的进化由于政治上、经济上与世界的隔离，更多地吸收了苏联模式，进而通过政治-经济的官僚体系，将这一模式的内核延伸到了公司治理之中，而是一种进化不足的表现。这就意味着，尽管存在着大股东和小股东之间的利益冲突和矛盾，存在着股东利益保护和管理层谎报和偷懒之间的对立，存在着国有股和非国有股之间的市场分割而带来的对立，但是在公司法和公司治理上的核心问题，仍然是过度规制和市场自由之间的矛盾，也表现为事前的行政规制和事后的司法裁判之间的权衡问题。要跳出这一恶回圈模式，最好的办法是通过产品市场、资本市场的竞争，造成公共权威机关的压力，而迫使规则发生趋向于市场的优化。
首先，平潭综合实验区可以发挥其优势，引入台湾公司治理的先进制度，探索进化的模式。目前已有在平潭的局部区域和范围进行“共同管理”试点，如经营管理方面，在冠捷、协力科技产业园区和海峡如意城引进台湾先进的企业管理、社区管理模式，进一步的改革可以考虑的方向是对在试验区的台商投资企业，适当放宽台资投资的股比构成。