事实上，广东省的先行先试模式本身亦存在着不少问题。首先，这种做法严重损害了市场环境的确定性，以致商人或企业无法形成理性预期。实际上，商人或企业是自己利益的最佳判断者，因此商事制度的确定性甚至比效率与公平更重要。由立法者、政策制定者乃至法官的判断来替代商业判断的做法并不可取。其次，制度环境的高度不确定性遏止了专用性投资的动机，在缺乏政府信用的情况下，商事交易规模受到若干限制。最后，此种做法亦给予了行政官员较大的寻租空间，损害了市场公平交易的环境。
对比之下，大陆现在的市场环境及法制环境显然与改革开放初期不可同日而语。首先，随着经济的发展转型，建立统一市场的呼声日趋高涨，内资、外资企业区分立法的双轨制模式已逐渐不适应新的发展形势。其次，随着《立法法》的出台，大陆立法权限分配的制度框架已经确立，地方制度创新亦因而受到明确约束。此外，具有中国特色的社会主义法律体系已经基本形成，包括《物权法》、《合同法》与《公司法》在内的重要立法，基本上已经齐备，统一法律适用已经成为当前司法工作的重点。由此观之，目前大陆营商制度环境的建构，更为追求公平透明。因此，平潭综合实验区在先行先试的制度创新中，实应特别注意营商制度之透明化，始符合现阶段大陆的市场环境及法制环境。
2.深圳特区的经验
鉴于多元社会治理模式的运行必须以法治为基础，故在符合现代法治要求的前提下，平潭综合实验区的开放开发中，立法空间势必决定改革空间，立法权的实质内容将影响改革权的创新空间。问题在于，如何平衡推动制度创新与维护法制统一的对立、矛盾，这是所有“先行先试”发展模式首须应对的难题。目前平潭综合实验区争取全国人民代表大会或全国人大常委会授予福建省人民代表大会及其常委会特别立法权，期能因地制宜制定地方性法规，并对法律、行政法规的有关规定进行调整的整体思路已经确立。因此，关于平潭综合实验区的特别立法权，似可以与包括深圳特区在内的经济特区立法经验，进行对比借鉴。
尽管深圳特区在20世纪80年代末期，就已经制定了大量的地方法规，但是迟至1992年始取得特别立法权，且这一进展过程并非一帆风顺，例如1989年深圳地方政府向全国人民代表大会递交了《在原国务院授权广东、福建两省有立法权的基础上，授权深圳立法权的议案》，当时即因与会代表激烈的反对而作罢。从发展情况来看，深圳其后有效地运用了特别立法权，不仅使1992年之前制定的经济法规摆脱了“违宪”之嫌，更推动了之后中央多部经济法的出台。
相较于深圳特区，平潭综合实验区如果取得了特别立法权，仍应特别注意下列三点问题及实践状况：
（1）深圳特区取得特别立法权之际，《立法法》尚未颁布施行，因此平潭综合实验区在行使特别立法权的时候，应当注意《立法法》确立的立法权限分配，尤其是《立法法》第8条及第9条中“法律保留”和“授权立法”的范围。
（2）深圳特区在若干方面并未能完全充分发挥特别立法权的优势。例如委托学者起草，由深圳市人大常委会通过的《深圳经济特区商事条例》，虽然在相当多的方面体现了较为先进的商法理念，引入了商人概念、营业转让、代理商等国内商事立法欠缺的规定，但由于商人、法官与律师普遍对《深圳经济特区商事条例》的效力抱持怀疑态度，以致在实践中相关规定基本上并无用武之地。
（3）深圳特区在某些立法上又“走过了头”，发生过犹不及的负面作用。例如近期向社会征求意见的《深圳经济特区商事登记若干规定》中，在公司资本制度上实行有限责任公司注册资本认缴登记制度，无须登记实收资本、无须提交验资证明档（《深圳经济特区商事登记若干规定》第16条）及有限责任公司股东约定出资缴足期限最长不得超过十年（第17条）等规定，即与现行《公司法》相互抵触。尽管推动商事登记制度的改革理念在于“活跃市场，促进经济繁荣”，无可厚非，但却忽视债权人的保护，且破坏《公司法》适用的统一性，难谓合理。事实上，出现此种情形并非深圳特区所独有，在此之前亦发生在《中关村科技园区条例》的制定。在当时中国大陆尚未立法通过《有限合伙法》的立法情况下，直接引入了“有限合伙”制度，中国第一家有限合伙企业“北京天绿企业投资中心”即是据此设立。然而，中国证券监督管理委员会认为此举违规，责令作为有限合伙人的上市公司限时收回资金，中关村管理委员会为此援引《中关村科技园区条例》中对有限合伙的规定与中国证券监督管理委员会进行协商。固然，中关村管理委员会认为《中关村科技园区条例》中对于有限合伙的规定，是作为中关村科技园区率先实施的一项特别法律规定，只适用于中关村科技园区内的风险投资机构，但这一论点似忽略根据《中关村科技园区条例》所设立企业的交易对象或举债对象，并不以中关村科技园区内的企业为限。此外，该项做法实际上对债权人利益造成了重大威胁，亦存在相当大的风险，最终该上市公司迫于监理机关的压力，退出其在中关村科技园区的投资，事实上亦宣告这类制度创新模式的效力，并不稳定。
综上所述，本文认为，平潭综合实验区先行先试的制度空间，仍应当坚持尊重立法权限的分配，不得与现行法规相互抵触的原则。因此，似可以考虑设立法制专门委员会，对各类创新立法事先进行合理性及合法性的审查，以避免出现深圳特区与中关村立法失误的局面。创新立法应当侧重于对现行法律、行政法规及部门规章的细致化完善，如果某些制度改革确有必要，且与现行法律、行政法规及部门规章相互抵触，则应当报请立法机关取得特别立法授权，乃至于积极与国务院及各部会相互协商，以修正各种窒碍难行的行政法规及部门规章。
（二）营商环境的宏观制度建构
在平潭综合实验区的营商环境的制度建构上，关键在于如何平衡“管制”与“自治”的对立关系。关于解决管制与自治的紧张关系，《公司法》的发展历程，似可作为重要参考。
在实践当中，公司及其投资者通过法律规避私下建立新交易模式的现象具有一定普遍性，但这一类“失范的公司自治行为”亦可能转变为公司法强制性规范及相关管制措施改革的内生动力，进而“由下至上”的推动公司法制的诱致性变迁。实际上，这一问题的根源在于，大陆的公司立法在很大程度上并非“市场回应型”，而是在国内特定政策目标之下对域外法改造而来，相当多的规定欠缺效率。尽管2005年修正《公司法》在很大程度上放松了管制力度，但路径依赖的因素依旧在很大程度上制约了法律实施的效果，而让《公司法》修法的初衷大打折扣。在这种情况下，商人自发的“法律规避行为”反而发挥了“效率检验、资讯回馈甚至创新示范的功能”。然而，过多的“失范行为”则会破坏法制的统一，影响营商环境的确定性。因此，本文认为，不仅要鼓励商人自治，顶层设计亦不能缺位。
所谓顶层设计，应当兼顾公私法两方面。在公法层面，宜通过《平潭综合实验区条例》的制定，对平潭综合实验区的发展定位、管理体制、产业发展、法制保障等予以全面规定。尤其值得一提者，即为市场准入制度。在《海峡两岸经济合作架构协议》（ECFA）签订之后，放宽的非金融机构服务行业有：会计、审计及簿记服务类、电脑软件服务类、自然科学、工程学研究、实验开发服务、会议服务、专业设计服务、医院服务及飞机维修类服务等。在金融服务方面，允许台湾保险公司以集团名义准入大陆保险市场，允许台湾银行在大陆设立独资银行、分行及经营人民币业务，台商在大陆投资的领域已经大大增加。在此背景下，近年来中国大陆若干地区都制定了具体的条例规章放宽市场准入。纵观这些规章，其主要精神可概括为“非禁即入”，即允许除法律法规禁止之外、不涉及国家产业安全的各类台商投资项目进入市场，平潭综合实验区理应承继此等自由开放的精神，并且可考虑由有关部门结合平潭本地实际情况与国家宏观政策，制定投资指引。
本文以为，放宽市场准入应当以符合法律及行政法规为限。例如福建漳州出台的《鼓励台商创业和支援台资企业发展措施》中，以商标权、专利权、科技成果等智慧财产权出资设立台商投资企业，智慧财产权出资额最高可占注册资本的70%，尽管放宽台商投资企业出资方式，但符合《公司法》第27条的规定，应值赞同。
在私法层面，则可考虑借鉴深圳特区的做法，制定一部规范商业组织及商业交易的《商事通则》作为商事一般法。近年来，大陆学界普遍达成共识，认为目前的商事单行法立法模式难以达到完善商法的目的，由于“政出多门、多头立法”的情形在相当程度上影响了商法的统一与法律适用的效果，有必要制定一部商事基本法。因此，似可以借鉴《深圳经济特区商事条例》及中国商法学会主持草拟的《中华人民共和国商事通则》建议稿。
应注意者，《深圳经济特区商事条例》制定以来运行效果不佳的一个重要因素是商人、法官等对其的效力感到不确定性，而导致《深圳经济特区商事条例》在实践中被架空。有鉴于此，可以考虑的有效做法，应在平潭综合实验区的《商事通则》中，对其效力作出明确说明，给予市场主体遵循及适用法律的信心。
（三）商业筹建的相关法律问题
1.台商投资利益的保护
目前大陆在法律规定上对台商投资保护的问题，规定了一般性的原则及具体的投资形式，兹整理如表1所示。
首先，在台商投资实践中所出现的问题主要是，《台湾同胞投资保护法》界定的投资形式是直接投资，但相当多的台商采取了间接投资的形式，以至于其在大陆投资注册时，无法按照《台湾同胞投资保护法》获得“台商投资企业”的资格。最高人民法院在1996年向全国人大常委会《关于检查 （中华人民共和国台湾同胞投资保护法） 执行情况的报告》中称“不少台商到祖国大陆往往不用自己的名义而以代理人的名义进行投资活动。例如台商先在香港注册一个公司，其后再以香港公司的名义在大陆投资。
亦有台商采用隐名合伙的方式进行投资。依据深圳中级人民法院调查反映，在工商登记中直接以台商名义投资的企业到现在为止大约600余家左右，而在当地台湾办公室的统计，具体有涉台因素的合资企业则有2000多家。台商的上述复杂而曲折的投资方式，导致在实践中出现种种权属不清的纠纷”，对此《台湾同胞投资保护法实施细则》试图通过“类推”的方式解决此等问题。依《台湾同胞投资保护法实施细则》第30条规定：“台湾同胞以其设在其他国家或者地区的公司、企业或者其他经济组织作为投资者在大陆投资的，可以比照适用本实施细则。”但是此等规定仍未能彻底解决问题。首先，并没有规定类推适用的具体标准，以致具体实践中产生争议，例如“深圳市大工业区的台资企业华稷园农业综合开发（深圳）有限公司的土地征用投诉”中，因涉案公司的台商投资是通过香港公司签订的合同，国土管理部门与台商就是否能够认定台商的投资者身份而适用《台湾同胞投资保护法实施细则》发生争议。尽管该案件并没有走入司法程序，但从大陆司法实践的形式主义倾向来看，法官并不愿意通过类推适用的方式来解决问题，可以想见类似案件如果进入司法程序，亦会引起较大争议。由此观之，未来可以透过明确类推适用的标准，以弥补法律规范的不足。