清朝时期，棉花、蚕桑、茶叶、油料等经济作物的种植面积扩大，形成了一些专业生产区域。经济作物种植的扩大，是封建社会末期清朝商品经济发展的反映，但同时反过来又促进了商品经济的进一步活跃。
在清代农业生产中有一项不可忽视的事实是经济作物种植面积的扩大。棉花在西汉首先由中亚传入中国现今的新疆，南北朝时这一地区的棉纺织业已有一定规模。宋末元初，棉花种植迅速传向长江中下游和关陕渭水流域。明初，山东、河南、河北等地也开始种棉。及至清代，棉花的种植地区已遍及全国，其中江苏、浙江、河北、河南、湖北、山东等地，都因有大量棉花外输而成为著名的产棉区。甚至连农业发展较晚的奉天，也成了棉花的外输地区。河北保定一带种植棉花的田地约占耕地的十之二三，而长江中下游的松江、太仓、通州一带则占十之七八，种粮食的土地仅占十之二三。上海附近种棉更多，据说遍地皆是。总之，在清代棉花已是十分重要的经济作物了。
烟草在明中叶传入中国，清初种植和吸食逐渐普遍。最早的种植地区是福建，清初烟草种植面积已占地十之六七。入清以后，陕南汉中、城固，山东兖州，湖南衡阳等地都有大面积的种植。湖南的衡烟、陕西的蒲城烟、北京的油丝烟、山西的青烟、云南的兰花烟、甘肃酒泉的水烟（又名西尖），均负盛名。种烟草获利很高，以致在四川郫县种烟多少几乎成了居民贫富的标志。乾隆时陆著有《烟谱》，是中国关于烟草最早的专著。
甘蔗的栽培在中国已有悠久的历史，南北朝时用甘蔗制糖的技术已经比较成熟。明清时代，江南及四川、台湾等地的制糖业非常发达。由于蔗糖的市场广大，所以清时，广东、福建、台湾、浙江、江苏、江西、四川等地已普遍种植。台湾土地虽未尽辟，但却已蔗田万顷；广东有的地区，蔗田冈阜相连，茂盛有如芦苇。
蚕桑业是中国古代农民家庭的传统副业，宋元以后，由于棉花种植的发展，有逐渐取代丝麻的趋势，但丝在经济作物中的地位仍未少衰。江南长江三角洲和岭南一带气候适于养蚕，蚕桑事业特别发达。清朝时候，江、浙的苏、湖、嘉、杭和广东的广州附近，种桑养蚕已成为当地农民的重要生产活动。据说浙江湖州一带，蚕桑之利，厚于农田耕作，是人民生活和国家财赋的重要来源。嘉兴附近蚕桑也是农民经营的主要事业。
明清时期油料作物主要有花生和芝麻两种，花生在明中期传入中国，清代在河南广泛种植。芝麻在汉代从西域传入，明清时期在河南广为分布。这两者今日在河南省的经济作物种植中仍占重要地位。染料作物中蓝草和红花均为传统作物，种植历史悠久，分布广泛。从明至清，种植之风方兴未艾。两者在清末均由于受到外来染料的冲击而中落，此后再也未能恢复到原来的水平。嗜食作物中的罂粟，清咸丰年间开始在河南省广泛栽种，后因国人的抗议，在民国年间禁种。烟草和茶叶的种植明清时期就有一定的规模，且一直持续发展，为今日河南省以许昌为中心的烤烟基地和以信阳为中心的茶叶基地的建设和发展创造了条件、奠定了基础。
延伸阅读
明清的圩田与桑基鱼塘
田，又叫围田，是沿江、濒海或滨湖地区筑堤围垦成的农田。明、清两朝曾把发展军屯、民屯作为养兵裕国之本，加大沿江堤建设的力度。田更由长江下游向长江中游发展，在阳湖和洞庭湖流域都有大片田的分布。田使得太湖流域、湖流域和洞庭湖流域先后成为新的粮食供应基地，出现了“苏湖熟、天下足”、“湖广熟，天下足”的说法，至今田地区仍然是水稻的主产区。
明清时期社会经济繁荣发展，传统农业进一步发展，经济作物的种植面积扩大，珠江三角洲地区创造了一种挖深鱼塘，垫高基田，塘基植桑，塘内养鱼的高效人工生态系统，即桑基鱼塘，这是明清时期农业经济发展的一大特点。桑基鱼塘的发展，既促进了种桑、养蚕及养鱼事业的发展，又带动了丝等加工工业的前进，逐渐发展成一种完整的、科学化的人工生态系统，对明清珠江三角洲经济的发展起了重要的推动作用。