北京曾是明清两代的国都，经济发展迅速且良好，而曾作为明初国都的南京，在经济发达的江南，有着商业中心的地位，两个城市的发展各有特色，都是明清时期全国性的商业城市。
北京是明清两代的国都，是全国的政治、军事、文化中心。这里聚集了大量皇室贵族、满汉官员以及为之服务的各类人等，是最大的政治统治中心和消费城市。
在明初刚迁都时，北京的经济实力略逊于旧都南京，南京有发达的农业基础和商业基础，不过，清代北京城的经济功能也大大加强了。明代崇文门税关税额仅2万两，清代乾隆年间该关关税定额为10万两，每年实征则为20～30余万两，在全国20余个户关中居第五或第六位。北京市场上的商品绝大部分从外地输入，其中较大宗的主要有粮食、绸缎、布匹、纸张、茶叶、糖、磁器、洋广杂货以及毛皮、牲畜等等。这些输入的商品除满足本城居民的消费之外，也有相当一部分转销华北和西北，特别是西北的新疆、内外蒙古与俄国。清代中叶，北京实际上已成为华北地区重要的商品集散地之一，成为对西北诸省及俄国贸易的中心。
南京在明初曾是明王朝的国都，永乐迁都之后降为陪都，其城市经济主要是为皇室和政权机构的需要服务。清代南京的政治地位进一步下降，城市功能发生了很大变化，成为一个工商并重的城市。南京的民营丝织业在清代迅速发展，丝织品销行全国，成为堪与苏、杭并称的三大丝织城市之一。凭借长江水运之便，南京也成为南北、东西商品转运的枢纽。清代户、工二部均在此设关，西新关征百货税，龙江关征收竹木税。各地商人云集于此，安徽、江西、山陕、江苏、浙江、湖州、福建、广东、山东、河南、两湖商人都在南京建有会馆，总计达30余所。
朝廷用南京控制南方财赋，控制当时全国最富庶的江南地区。由于江南一带已经成为全国经济、商业、农业的中心，必须要保证对这个地区的控制。南京虽然号称陪都，而且有几乎全套中央政府设置，但是基本没有什么实权，只是监视南方给北方首都送钱送粮的。所以虽然首都不在经济中心区，但是控制却很稳固。
到了清代中期，苏州成为江南的经济中心，其发展的主要动力来自于以江南发达的农业为基础的工商业经济的繁荣兴盛。清代苏州城中会馆公所林立，达90多处。还形成了几个各具特色的功能区：城市东北部是丝织专业区，“比户习织，专其业者不谙万家”；西北部是工商业中心区；西南部是政治中心区；东南部则自清中期以后逐渐成为新兴商业区。由于经济的发展，苏州商业早已突破了城墙的范围，形成了“吴阊至枫桥列市二十里”的壮观景象。可见城市的经济功能已成为苏州等工商业城市的重要功能，城市功能向多样化、综合性发展。南京的发展受到了一定制约，北京在这个时期不断地壮大。在这一时期，北京的经济发展已经超过了南京。
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南京的江西贡院
建立在南京夫子庙旁边的“江南贡院”是中国古代最大的科举考场，在明、清时期达到辉煌的顶峰，清朝一半的状元出自这里。“吴中四杰”之一的唐伯虎、《西游记》的作者吴承恩，《儒林外史》的作者吴敬、“扬州八怪”之一的郑板桥、光绪皇帝的老师翁同、中国近代最伟大的实业家张、桐城派领袖方苞、五四运动领袖陈独秀等人，均在此参加过科举考试。林则徐、曾国藩、左宗棠、李鸿章、袁枚等对江南贡院的发展作出过很大的贡献，并担任过主考官。吴敬在南京秦淮河边写下的《儒林外史》就是生动地反映了这一科举盛况。现在，南京的“江南贡院”已经成为全国唯一的一座反映古代科举考试的专题性博物馆。