清代严格实行闭关锁国政策，规定对外贸易仅限于广州一口，特许十三行享有对外贸易特权，所有进出口商货都要经它买卖。《南京条约》规定开放五口通商，废止十三行独揽中国对外贸易的特权。从此，十三行遂日趋没落。
康熙二十四年（1685年）开放海禁后，清廷分别在广东、福建、浙江和江南四省设立海关。次年四月间，两广总督吴兴祚、广东巡抚李士祯和粤海关监督宜尔格图共同商议，将国内商税和海关贸易货税分为“住税”和“行税”两类。住税征收对象是本省内陆交易一切落地货物，由税课司征收；行税征收对象是外洋贩来货物及出海贸易货物，由粤海关征收。为此，建立相应的两类商行，以分别经理贸易税饷。前者称金丝行，后者即十三行。名义上虽称十三，其实并无定数。
嘉庆五年（1800年）以后，在广州经营贸易的商行，专设经理广州外贸税饷事务的洋货十三行，是清廷实行严格管理外贸政策措施的重要组成部分，其目的在于“防止中外商民自由交往”。它由封建官府势力“招商承充”并加以扶植，成为对外贸易的代理人，具有官商的社会身份，也是清代重要的商人资本集团。洋货十三行作为清代官设的对外贸易特许商，要代海关征收进出口洋船各项税饷，并代官府管理外商和执行外事任务。这是清代对外贸易的主要特点。
为了整顿洋行制度，进一步加强对外商的直接管理，清廷于乾隆十年（1745年）从广州二十多家行商中选择殷实者，五家为保商，建立保商制度。保商的责任是承保外国商船到广州贸易和纳税等事，承销进口洋货，采办出口丝茶，为外商提供仓库住房，代雇通商工役。保商对于承保的外国商船货物因享有优先的权利，在其他分销货物的行商交不出进口货税时必须先行垫付。凡外商有向官府交涉禀报的事，责令保商通事代为转递，并负责约束外商不法行为。尽管外商对保商制度表示不满，但清廷一直加以维护。行商和外商利益一致时，就互相勾结；利益矛盾时，就互相欺骗敲诈，酿成种种纠纷。有的行商在封建官府和外商之间投机取巧，获利致富；但大多数行商则在封建官府和外商夹击下，招致破产。鸦片战争前的广州十三行街，广州十三行建立有同业商人行会组织，即所谓“洋行会馆”（公行）。
康熙三十八年（1699年）及康熙五十九年（1720年），广州行商曾两次组建公行，但为期都不长。公行议定行规，对货物实施公行垄断，以便控制价格。英商为打破公行垄断，通常用收买个别行商、贿赂官府的手段，使公行难以持久。此外，公行存在期间，在行商之间及行商和散商之间，又为争夺商业利润互相倾轧，外商得以乘机在进出口货价和交易量上利用矛盾，遂造成公行的亏损和债务；公行制度下的行商，因对行欠债务负有连带责任，故不断出现倒闭。
乾隆四十七年（1782年），公行再度恢复。重建后的公行，延续了近六十年。鸦片战争以后，道光二十二年（1842年）中英签订《南京条约》规定，废除中国对外贸易的公行制度，允许英国商人在各口岸自由与华商交易。道光二十三年（1843年），广州开放通商，一些十三行行商仍旧营业。他们对新定的自由通商进行种种抵制，力图保住昔日的垄断地位，但未能如愿，重要性不断降低。咸丰六年（1856），十三行毁于广州西关大火。
延伸阅读
所谓十三行
由于十三行专门负责对外贸易的业务，所以又称洋行，行商也叫洋商。同一个行，分作两处活动，一处是行商与本国商人交易的地方，一处是行商与外国商人交易的地方。十三行实际是一个拥有商业特权的官商团体，由多家商行、洋行组成。组成十三行的商行数目经常变化，开始是十三家，他们是和行、广利行、同文行、同兴行、天宝行、兴泰行、中和行、顺泰行、仁和行、同顺行、义成行、东昌行、安昌行。