第一，要下决心改革户籍制度。这是影响实施统筹城乡经济社会发展的直接体制性障碍。现行的户籍制度把公民人为地分成农业户口和非农业户口，是实行“城乡分治，一国两策”的体制性依据，是形成目前二元经济社会结构的条件，本身是为计划经济体制服务的。我们要建立社会主义市场经济体制，建立全国统一的大市场，农民背着“农业户口”的身份，怎么参加市场竞争。这种落后的过时的户籍制度，是造成城市化滞后于工业化的主要原因，也是亿万农村劳动力进城后只能做为农民工，引出诸多社会问题的原因。要从根本上解决农民工问题，也必须先改革户籍制度。现在有些省市已经在改革这种不合理的户籍制度，效果是好的，并没有引起想像中的严重问题。但户籍制度不是一省一市可以改了的，国家必须统一改。
第二，农村土地制度要进一步改革。现行的家庭承包集体所有的耕地制度是从“三级所有，队为基础”的基础上演变过来的，好处是农民有了自主经营权，适合目前生产力水平。但有两个问题，一是土地经常调整、不稳定，国家已明令公布第二轮承包后，30年不变，实际上由于种种原因还是在调整和变动。这对农民爱护土地改良土地是不利的。二是土地是集体所有的，农民自己保护不了自己耕种的土地。这一轮圈地运动，一年多功夫，全国就有数千万农民成为失地失业的游民，他们虽然竭力想保护赖以生存的命根子，但因为得不到法律的保护，只好眼睁睁的被人从土地上赶出来。失去土地当然对农民不利，其实也对国家不利。中国是个耕地资源稀缺的国家，一阵风就能圈掉多万亩土地(占总耕地的3%)，这样的土地制度，肯定是有问题的。
农民家庭承包的耕地既是生产资料，也是社会保障，应该制定相应法律，赋予农民长期使用的权利。在中国这种特殊的历史背景下，农民的承包权，应该是物权、是财产权，新宪法规定“公民的合法的私有财产不受侵犯”这不仅是要保护个体工商户、私营企业主等阶层人员的合法私有财产不受侵犯，当然也是要保护农民的承包耕地不受侵犯。把保护基本农田、保护耕地的权利和责任赋予农民，基本农田才能保护得住。
中国各地农村的情况千差万别，应该允许各地试行适合各地实际情况和当地农民自己愿望的多种形式的土地制度，如有的可以实行“土地国有，农民永包”，可以实行土地股份合作制，也可以实行个人所有、合作所有、社区所有、国家所有等形式，待试行一段，视实践结果，再作选择。
第三，应从根本上改革现行的农民工体制。农业劳动者、农村人口向城市转移，成为工人、职员，成为城市居民，这是实现工业化、城市化、现代化目标的必然规律。改革开放以来，工业化发展迅速，从20世纪80年代中期开始就有大量的农村劳动力进城务工，因为有城乡分治的户籍制度限制，他们没有得到工人的政治经济地位，被定为农民工。2000年人口普查时农民工已有近亿人。在第二产业中农民工已占职工总数的57.5%，在第三产业中占职工总数的37%。近几年又有新的发展。2003年全国农村外出务工的农村劳动力达11390万人，占农村总劳动力的23.2%①，约占城市第二、三产业职工的50%，有些行业如建筑、建材、纺织、服装等行业中的农民工已占70%～80%以上。
农民工者，农民身份的工人也。他们干的是工人的活，但同工不能同酬，同工不能同时，同工不能同权，经济上得不到工人的福利、劳保待遇，政治上没有地位，沦为二等工人。农民工已经生活在城市里八年了，十年了，也融不进当地的社会，沦为二等公民，受到种种歧视和不合理、不公正的待遇。农民工因为在城里不能落户，只能春来冬去，形成所谓的民工潮，潮来潮去这是中国特有的奇观。10多年了，虽然交通、公安、民政等多个部门，想方设法在改善这种状况，但惨案和悲剧年年在发生。
从城乡关系的视角看，农民工这种体制是农村为城市作贡献作牺牲的一种形式。既不公平，也不合理，是造成目前城乡差别越来越大的原因之一，也是“三农”问题屡解不了的重要原因。
2001年，全国共有36512万第二、三产业职工，第二、三产业共创造81903亿元的GDP，平均每个职工创造的GDP为22431元。农民工约有60%在第二产业工作，40%在第三产业工作，以平均数计，每个农民工在城市创造了22431元的GDP。
他们得到了什么呢？农民工的工资，全国没有统计，2001年深圳市劳动局统计，该市农民工的月工资平均为588元，一年是7056元，加上还有一些额外的奖金、福利等的收入，农民工的平均年收入约为8000元，那么一个农民工就为城市创造了22431-8000=14431元的财富。2001年全国有9460万农民工也就是说农民工为城市创造了13652亿元财富，相当于当年第一产业增加值15411亿元的89%。这些财富都留在城市了，这就是为什么深圳、上海、北京、广州等用农民工多的城市发展得快的一个重要原因。农民工病了、残了回农村，老了回农村，农民工的父母老人，由农村养着，农民工的子女在农村养育和接受农村的义务教育。
这样的农民工体制，这样的城乡关系，能长此以往吗？现在还只十多年，再过十年、二十年会怎么样？这几千万耗尽了体力和智慧的老农民工回到农村，谁来赡养他们农民工体制必须从根本上改革。如前所述，先要改革户籍制度，使农民工在身份上得到应有的市民待遇。再分别情况，分期分批地把农民工逐渐转变为第二、三产业的一视同仁的职工，转变为城市居民，逐步填平这条在城市里已经形成的社会鸿沟。
另外，从城市讲，农民工这套体制实际上把城乡二元结构引进城市里了，一个企业，一个单位两种体制，一城两制，是造成目前城市管理混乱，社会不安的重要原因。对国家来说，农民工这套体制是工人队伍政治、技术素质提高的障碍，中国要成为制造业大国这样的两种工人体制是不行的，也不是长治久安的办法。
第四，改革国民收入分配格局和调整财政体制。现在的国民收入分配格局是多年沿袭下来的，重积累轻消费，重城轻乡，重东轻中西，重上层轻基层，重经济建设轻社会发展，是形成城乡关系、地区关系不协调，经济和社会发展不协调的体制性原因要实施五个统筹发展，必须按照完善社会主义经济体制的原则改变目前仍在沿用执行的国民收入分配格局。
现行的财政体制是1993～1994年财税金融体制改革调整后形成的。当时进行这场改革是必要的，增加了财税收入，扩大了中央在财政收入中的比重，对于后来抵御亚洲金融风暴，进行经济宏观调控是有成效的，但没有调整处理好省以下财力的合理安排，造成事权和财权脱节。总的情况是：财力向上、向城市、向东部、向发达地区倾斜，苦乐不均，差距悬殊，中西部地区、农业地区县乡两级的财政十分困难，约有50%县，60%的乡入不敷出，债台高筑，已经影响县以下政权的正常运转。这种不公平、不合理的财政体制已经实行十年了，该到了调整和改革的时候了。
农业、农村、农民问题已经积聚得相当多了，需要像党的十一届三中全会那样专门集中加以讨论，有一个总体的解决。目标是要在完善社会主义市场经济体制的前提下，对农村的政治、经济社会等各方面进行改革，实现从计划经济向市场经济的转变统筹城乡经济社会协调发展，建立城乡统一的大市场，这样才能从根本上解决农业、农村、农民这个世纪性的大问题，最终实现城乡一体化。
2004年9月17日在《中国经济展望：机遇和挑战》国际学术研讨会暨北京大学中国经济研究中心成立十周年纪念会上论文