达尔文在进化论中也讨论过眼睛问题，但他没有具体论述视觉的生理机制，而是从自然界中存在低级感光器官和高级感光器官的区别中论证了自己的观点，并认为，像眼睛这样复杂的器官不可能通过一二代进化完成，而需要许多代的缓慢变化。
但后来的科学家研究发现，在这个问题上达尔文狡滑狡猾的。
首先，如果不研究视觉的生理机制，不具体研究动物特殊眼睛的感光特点，光凭借自然界存在低级感光器官和高级感光器官的现实，不足以证明进化论的观点，这是一个论证上的逻辑错误。
其次，现代研究证实，像眼睛这类复杂的人体器官，它不可能通过长期的渐变累加而形成。
眼睛必须在近乎完好无损的情况下才能发挥它的作用，缺少任何一种条件，甚至所有条件不能同时协调工作，眼睛也不可能发挥作用。
比如说，变位紫红质因一种被称为激酶的蛋白而产生化学反应，视觉紫红质经过化学变化以后，又与一种阻导蛋白相连以防止视紫红质产生更多的传导蛋白。
在这个过程中，任何一种变化都是以后变化的原因，也是以前变化的结果，缺少其中一项，我们的眼睛就什么也看不到了。
因此，如果说眼睛是进化而来的，那么应该先进化哪一项呢？实际上先进化哪一项都不行，只有同时进化，眼睛才会有视觉。
在其他动物世界中，复杂的系统器官同样不可能是进化累加而来的。
比如说，有一种甲虫，它具有特殊的防卫系统，当受到威胁时，它会从身体后部喷射出一股滚烫的有毒溶液，这种甲虫被称为“炮手”。
原来，“炮手”甲虫在一个被称为分泌囊的特殊结构中同时制造了两种高度的化学混合物，一种是氧化氢，另一种是氢醌。
这两种化学物质单独存在时没有热量，一旦混合在一起，就会产生大量热能，其温度可以达到沸点，同时也有毒。
甲虫一遇到危险，两种化学物质就会迅速混合在一起，并靠收缩肌肉使之喷射。
问题是，这个甲虫在进化的过程中必须同时进化以下东西：氧化氢和氢醌，由分胚腺产生的摧化酶、储囊、括约肌、膨胀器、外排导管。
如果“炮手”甲虫的防御系统是进化而来的，同样的问题：首先应该进化什么呢？再比如说，我们在生活当中经常会割破手指，如果伤口很小，即使不处理，血流一小会儿就会自动停止。
原来是血凝块在起作用。
现代的研究表明，血凝块是由二十几种相互依赖的蛋白组成，在这个系统中，第一个部件激活第二个部件，第二个部件激活第三个部件，以此类推，因此人们把这个相互关联的过程称为串联蛋白质链。
比如说，一种叫做斯图亚特因子的蛋白质将凝血酶原切割，把它变成活跃的凝血酶，凝血酶就可以把纤维蛋白原切割成纤维蛋白朊并形成血凝块。
为了保证凝血酶不乱起作用，这就需要斯图亚特因子以一种惰性状态存在，一旦需要它，才会被另一种叫做催速素的蛋白质激活。
而为了确保在准确位置、准确时间形成血凝块，这就需要一种C 蛋白质使凝结区域化……可以说血凝块的形成、限定、强化以及消除是一个不可分割的生物系统，具有“不可降低的复杂性”特点，某些单个部件出了问题都会引起整个系统的失败。
而要形成这个系统，也必须是同时产生，否则许多动物会因失血过多而死亡。
不管达尔文的进化论有多么伟大，但他确实解释不了分子层次的生物现象。
按照达尔文的解释，任何生物的出现都是小部件叠加的结果，而生物分子科学的研究却彻底毁灭了达尔文的幻想。
不但在微观领域如此，在宏观领域中同样存在许多问题。
按照达尔文自然选择的理论，我们今天的模样是自然选择的必然结果，但我们又确实找不到这些“必然性”究竟在哪里。
有人从进化的角度提出疑问：脊椎动物的四肢都着地，这样分散了脊椎骨的压力，这从生物学的角度来讲是合理的。
而人却是直立行走的，直立人的脊椎所承受的压力过分集中，反而不如四肢行走的脊椎动物合理，为什么会发生这种进化呢？它是进化还是退化？现在有一个问题需要注意，由于人与动物的最大区别（在外形上）就是人能直立行走，而动物则是爬行，因此我们总是想尽办法去解释这种区别。
由于人比动物要先进得多，因此在解释时，我们总是首先确定这种区别的合理性，总是将这种区别看成是首尾相接的进化证据，这是不是也是一种误区呢？大家都在讨论直立行走的好处，那是因为我们人就是直立行走的，为什么不去分析一下四肢行走的好处呢？按照一般观念认为，人类手脚的分工是在劳动过程中形成的，当自然环境变化将古猿赶出丛林，从而使前肢进化为手臂。
而东非大裂谷地区的考察已经证实，这个前提条件至少在东非是不存在的，那么促使猿人手脚分工的环境又在哪里呢？同时，我们发现，蓝田猿人和山顶洞人，他们生活的地区并不是大平原或草原，而是植物比较茂密的山区，世界其他地区的猿人生活环境也基本与此相类似。
而在这种自然条件之下，用四肢行动难道不比只用后肢行动更为有利一些吗？怎么会发生手脚分化的进化呢？再者，用血浆蛋白分子差异程度的定量测定发现，人与现在的大猿、黑猿最为接近，大约在4000 万年以前，人与大猿、黑猿分手。
可奇怪的是，经过4000 万年漫长的岁月，大猿和黑猿几乎没有什么明显的变化，它们永远属于灵长类哺乳动物，照目前的进化程度看，它们再经过4000万年也不会进化成智人和现代人。
如果进化论是生物界的普遍规律，那么这个规律应该适合所有生物的进化，既然已经有一支猿类进化为人，那么我们为什么没有发现正在进化的其它猿类呢？或者说我们为什么至今没有发现其它猿类进化成人的趋势？为什么地球上只有人类的进化获得了如此速度？我们究竟是谁？如果从整个地球生物界来考虑，动物的进化虽然在体形上会有很大的不同，但在功能和特点上却是应该有同步进化的特点。
看一看我们周围的动物吧！哺乳类爬行动物中有许多特点和功能是相同的，从中可以看出它们是沿着一条本质相同的轨迹在进化。
而我们人类却是整个动物界的奇迹，我们进化的轨迹与他们根本不同，简直就是两回事，除了人以外，我们再也找不着直立行走的动物。
如果说直立行走标志着动物的进化，那么这种进化就不应该单单反映在人类身上，而在其它动物种之间也应该有类似的进化发生，这才符合整个地球动物进化的规律。
然而在其它动物中，我们看不到一点点直立行走的趋向，这是为什么呢？如此追问下去，我们人类的进化谱系究竟是怎么来的呢？我们生活在地球上，对地球自然界生物的进化是有相当直观的认识，进化是为了更好地生存，而自然界里更好生存的前提条件是什么呢？跑得快，使你可以有更多的机会捕捉到食物，逃避攻击；身子灵巧，可以使你巧妙地逃避天敌的进攻；目光敏锐，可以更早地发现食物或前来进攻的对手；力气大，可以轻易地打败对手，保护自己；爪牙锋利，可以具备极其有效的进攻武器。
可我们人类是向这些条件进化吗？不，不是。
进化没有给我们飞快的速度、灵巧的身躯、鹰一般的目光、牛一般的力气、猛虎一样的利爪。
我们什么都没有。
那么，自然界为什么要如此进化人类呢？这种进化有什么合理性呢？一点都看不出来，可以说，我们人类自从产生以来，就与这个自然社会格格不入，要么我们是错误的，要么自然界是错误的。
时至今日，许多人依然认为，人类的进化是源于自然的压力，这些压力包括洋流、冰川、地轴倾角、气候、生物变化，等等。
但是人类自从诞生以来就生活在地球上，与地球上许许多多的动物同样经历着来自大自然的各种压力，由于这种压力是共同的，因此由压力引起的变异也应该具有趋同性。
可人类的进化道路恰恰与其它动物没有丝毫的相同之处，这又是为什么呢？人种问题也是进化论不好解释的谜案。
现在世界上基本有黄、白、黑、棕色四大人种，这四种人分布在世界各地。
就其土著地区来说，黄种人基本在亚洲，白种人基本在欧洲，黑种人基本在非洲，而棕色人种则在澳洲，美洲的印第安人大至属于黄种人系，即蒙古人种。
这四色人种的区别不仅仅在肤色上，而且在生理结构方面也有细微的差别。
比如说，黑种人血液当中所含红血球就与黄种人不同，它能输送更多的氧气，因而黑种人在运动方面有得天独厚的条件；黄种人的味觉系统是全世界最发达的，因此中国菜也是五味俱全、花样繁多；而白种人的味觉系统则十分迟钝，只好在吃的方面简单一些了，等等。