由于英国政府的挟制，总理衙门致电张之洞，要他“设法速结，免生枝节”。最后，双方议结如下：(1)郭六寿等二人正法，胡东儿充军，胡视生等3人各杖200，流放到3000里之外的地方，田福儿等4人分别处以流、徒、杖刑；(2)马口司巡检陈培周以“保护不力”被撤职；(3)赔付柯、金2人恤银各1万两，教堂“由官修复”，赔偿损失2.5万两，合银4.5万余两。武穴教案议结不过两月，鄂西重镇宜昌又爆发教案。芜湖、丹阳、武穴等地教案发生后，宜昌风声紧张，反洋教揭帖到处张贴。张之洞命令宜昌地方军政官员“务须严切提防，万勿大意”。
9月1日，饭铺老板游某丢失幼子，呜锣寻觅，找了一整天都没找到。后来一位法国天主教圣母堂雇工告诉他，他的孩子现在在该堂，游某于是在9月2日这天带人前往圣母堂，果然在那里找到了他的孩子。正在交涉时，堂外已有成群的人聚集，纷纷斥责教堂拐卖幼童，“有喊打者，有喊烧者，势如潮涌，声如山崩”，堂内修女急忙派人报官。此时，有十多个围观者“执短木棍，盘辫扎腰，在前吆喝”，带领众人冲入圣母堂，寻找其余被拐幼童。忽然，紧邻的美国圣公会教堂中一苏姓教士向人群开枪，击伤一人，愤怒的人群立刻闯入圣公会教堂，苏姓教士等人仓皇逃走，众人放火将圣公会教堂焚毁，又在圣母堂点火，堂中7名修女及巴姓教士(分属法、德、美三国)被人打伤。附近河街教堂也被焚烧，宜昌的英教士、英侨住宅及正在兴建的英国领事馆等七八处建筑有的被焚烧，有的被哄抢。
事发后，宜昌镇总兵罗揞绅、知府逢润古等当即率兵前往弹压，护送洋人登上停在江边的轮船，并将受伤修女、教士妥善护理。又派兵保护各洋行、税务司、领事馆及传教士、外侨住宅。
宜昌教案涉及面很广，教堂之外，还有外侨住宅及领事馆，国家则有英、法、美等国。张之洞得知后十分焦急，连忙电函逢润古等“务将启衅放火之人缉拿讯取，此节最关紧要”。逢润古等人力加伪饰，复电称：此案系民人找寻幼童、洋人开枪伤人而发，圣公会、圣母堂及洋人住宅系洋人理亏心虚、纵火自焚的。张之洞复电要求核查，一再嘱咐“千万不可饰以却”，并派候补知府裕庚乘船奔赴宜昌查办。当张之洞得知圣母堂内幼童并没有被人挖目割肾之事发生后，电责逢润古等人所报不实，又派荆州道方恭钊赴宜昌确查。他说此案关系到法、英、美等国，不能拿它当寻常地方小事来对待，不可谎报搪塞，……如果想虚词推诿，企图大事化小，不但没有好处，还必定会耽误大事。
9月10日，德国公使巴兰德联合英、法、美、意、比、俄、日、西等9国公使照会总理衙门，敦促清政府迅速处理此案，英法两国并派军舰从汉口上驶。英国领事乘机再次提出湖南全省通商之事，试图要挟，被张之洞拒绝。但张之洞担心各国以此为借口，联合起兵，于是多次致电方恭钊、裕庚等人查拿凶犯，并说，如果查不到首犯，就必须像江南各案那样，严格追查地方文武官员的责任。在张之洞的严责下，宜昌地方官员在宜昌、沙市、汉口等地捕获12人，分别处以“徒、流、充军”等惩罚。10日，开始交涉赔款问题，最后，议定赔偿法国教堂银10万两，英、美分别为6万多两。
晚清办理外交者，皆以处理教案最为棘手。张之洞的做法无疑就高明了许多。他上能得到朝廷的称赞，下能得到百姓的理解；外能使列强无话可说，甚至有苦难言，内能赢得舆论的支持，被称为有民族气节。他在处理广州、长江沿岸等地教案过程中，事先采取各种预防措施，事后面对外国领事、主教的讹诈，据理反驳，义正辞严，终于使其奸计狡谋未能得逞。争是一种志气，张之洞不可无争之气，否则难为强者。
按照强者的标准去做事
对于智者而言，他能够看清自我强大的方略，即知道应该通过什么方法改掉弱项，强化自己的实力。当然，做到这一点并非易事，而是要凭顽强的精神和果敢的胆量。
耶律楚材，字晋卿，先世为契丹贵族，祖父仕金，父耶律履官至礼部尚书、参知政事。楚材三岁丧父，在母亲杨氏教诲下博览群书，精通儒术，深受汉族封建传统文化熏陶。成吉思汗攻克燕京，喜其“身长八尺，美髯宏声”，留置身旁。时有常八斤因善造弓备受成吉思汗赏识，每自矜日：“国家方用武，耶律儒者何用？”楚材回答道：“治弓尚须用弓匠，为天下者岂可不用治天下匠耶！”太祖闻之甚喜，“日见亲用”，后来还特地叮嘱太宗窝阔台：“此人天赐我家，尔后军国庶政，当悉委之。”耶律楚材和常八斤关于“弓匠”与“治天下匠”之争，在某种意义上反映了蒙古野蛮落后旧制与先进封建文明之间的分歧。成吉思汗靠弓弩铁骑建立起的蒙古汗国带有浓厚的奴隶制色彩，甚至保留了许多原始氏族社会的落后传统。蒙古贵族对中原地区的征服杀掠，给当地人民带来巨大灾难，造成社会倒退逆转；同时对蒙古民族的自身建设、包括社会结构和生产方式的改革进步，也产生了消极影响。耶律楚材正是在这种特定的历史时期，利用在太祖、太宗两朝备受信任，担当重任的特殊机遇，尽心竭力补偏救弊，革除旧规，引导蒙古贵族跨人封建化轨道，充分发挥了“治天下匠”的积极作用。
按照蒙古旧制， “凡攻城邑，敌以矢石相加者，即为拒命，即克，必杀之”。大将速不台攻打汴梁(今开封)城时，因“金人抗拒持久，师多死伤”，主张城下之日屠杀金军和全城百姓。耶律楚材闻讯后急忙劝谏太宗：“将士暴露数十年，所欲者土地、人民耳，得地无民，将焉用之？”见太宗犹豫未决，楚材又进一步劝导说：“奇巧之工、厚藏之家皆萃于此，若尽杀之，将无所获！”太宗终于下诏只罪金宗室完颜氏，“余皆勿问”，避兵汴梁的147万百姓因此得以保全。当时“天下新定，未有号令”，典章法规尚不健全，“所在长吏，皆得自专生杀，少有忏意，则刀锯随之，至有全室被戮、襁褓不遗者，而彼州此郡、动辄兴兵相攻”，类此恶习，全赖楚材“首以为言，皆禁绝之”。蒙军攻占河南时俘获甚众，后主力撤还，乘机逃亡者十有七八。太宗下令：凡“居停逃民及资给者，灭其家，乡社亦连坐”。于是无人敢收留接济逃民，致使难民“多殍死道路”。得知这种情况后，楚材从容进谏道：“十余年间，存抚百姓，以其有用故也。若胜负未分，虑涉携贰；今敌国已破，去将安往？岂有因一俘囚罪百人者乎？”太宗醒悟后，马上解除了禁令。据记载，因耶律楚材劝禁屠城、止滥杀而得以保全的百姓先后不下数百万人。
随着蒙古汗国在军事上的扩展，蒙古贵族把游牧地区落后的生产方式也带到中原地区。近臣别迭等扬言：“汉人无补于国，可悉空其人，以为牧场。”耶律楚材则针锋相对提出：“陛下将南伐，军需宜所资，诚均定中原地税、商税、铁冶、山泽之利，岁可得银五十万两，锦八万匹、粟四十余万石。足以供给，何日无补？”太宗被楚材的建议打动，令其试行。于是耶律楚材设立燕京等十路征收课税使，按照封建生产方式经营管理，大获成效。后来，太宗到云中(今大同)，“十路咸进廪籍及金帛陈于廷中”，太宗对楚材“不去朕左右，而能使国用充足”深为叹服，从此益加重用“南国之臣”，并即日拜楚材为中书令，事无巨细，都先找楚材商量。耶律楚材当即提出：“凡州郡宜令长史专理民事，万户总军政，凡所掌课税，权贵不得侵之。”他还曾先后向太宗条陈十八事、时务十策。十策的内容是：信赏罚，正名分，给俸禄，官功臣，考殿最，均科差，选工匠，务农桑，定土贡，制漕运。余如废用官本放高利贷，以及“一衡量，给符印，立钞法，定均输，布递传，明驿券”等变革，都是涉及革除蒙古旧制积弊，进一步推行封建化改革的重要措施。
为了抵制蒙古苛政旧规，为民请命，耶律楚材竞在皇帝面前“声色俱厉，言与涕俱”。为此曾激恼太宗，斥责他“尔欲搏斗耶？”太宗死后，皇后乃马真氏称制，重用奸佞奥都刺合蛮，诸臣皆畏附，唯独耶律楚材敢于面折廷诤，言人所难言。一次，皇后把御宝空纸交给奥多刺合蛮，让他自行填写施行。楚材公然表示：“朝廷自有宪章，今欲紊之，臣不敢奉诏。”皇后又传旨：“凡奥都刺合蛮所建白，令史不为书者断其手。”楚材顶撞道：“国之典故，先帝悉委老臣，令史何与焉？事若合理，自当奉行；如不可行，死且不避，况截手乎！”他据理和皇后反复争辩，甚且大声喝道：“老臣事太祖、太宗三十余年，无负于国。皇后亦岂能无罪杀臣也。”
耶律楚材的业绩，不但保护了汉族地区封建文明，同时也促进了蒙古民族的发展，功在千秋，受到蒙汉各族人民的尊敬。公元1245年耶律楚材逝世后，“蒙古诸人哭之，如丧其亲戚，和林为之罢市、绝音乐者数日，天下士大夫莫不涕泣相吊”。