食品从生产者到达消费者手中，往往要经过（甚至是多次）储存、运输、销售等环节，由于食品是有保质期的，在流通期间往往会发生这样或者那样的质量变化，导致食品腐败变质，食用价值降低甚至丧失。
一般来说，影响食品质量的变化既有内在因素，也有外在因素。其中内在因素包括食品的种类、化学成分、组织结构、生物学特性、水分含量（或水分活度）、收获时间等。而外在因素主要包括温度、湿度、气体、光及射线、微生物、污染等流通环境因素。此外，在食品流通各环节的操作（如搬运、堆码、分装等）也往往会对食品造成一定的机械伤害。食品的各种变化之间也存在相互促进、互为条件或相互制约的关系。
运输过程存在食品卫生隐忧
食品在运输过程中，影响食品卫生质量的因素主要有：所运食品的种类；运输时间的长短；运输工具的卫生质量；包装材料的质量和完整程度；是否发生腐败变质等。我国《食品卫生法》第六条规定：“运输和装卸食品包装容器、工具、设备和条件必须符合卫生要求，防止食品污染。”为此，食品运输应符合以下卫生要求：
1防止食品在运输过程中被污染
①运输食品的工具、容器等应保持清洁卫生，建立健全必要的清洗消毒卫生制度。
②直接入口的食品应用专用容器加盖运输，以防尘、防蝇。在交接时要采用以箱换箱的方式，避免人手接触食品。
③食品严禁与放射性物质、有毒物质、污秽物质和农药化肥等同车同船装运。装载过以上物品的车船、工具、毡布要洗刷、消毒、清洗后经过有关部门检查合格后方可运输食品。
④运输肉品的工具、容器在每次使用前必须清洗消毒，装卸肉品时注意操作卫生。运输鲜肉要求使用密闭冷藏车（船舱），敞车短途运输必须上盖下垫；运输熟肉制品应有密闭的包装容器，专车专用。
2改善食品的运输条件
①尽量使用专用运输工具、密闭容器运输食品，装卸过程食品不得接触地面。
②易腐烂变质的食品应在低温冷藏条件下运输。
③运输粮食的车厢，应清洁卫生无异味，运输中要盖好苫布，防雨防潮，粮食包装袋必须专用，防止染毒。
④鲜蛋的包装容器和运输工具要清洁、干燥、无臭，运输时应有防雨、防晒、防冻设备。
3注意装运方法
①生熟食品、食品与非食品、易于吸收气味的食品和有特殊气味的食品应分开装运。
②不要损坏包装，使之完整良好。
③运输活畜、禽时，要避免过于拥挤，途中要供给足量的水和饲料。注意疫情，接收单位要验收畜禽的检疫证明。
另外，要提高运输效率，尽量缩短运输时间，根据供销情况有计划地调运食品，尽量避免重复拆装和多次运输，减少污染机会。托运、承运食品的单位，应共同检查，出现异常情况如运输工具不符合卫生要求不接货，食品不符合卫生要求不交货。
储存不当影响食品安全
食品储存是以保证食品流通和再生产过程的需要为限度的，通过自身的不断循环，充分发挥协调食品产、销时间矛盾的功能。食品储存的目的就是为了防止食品腐败、保持食品品质、延长食品存放时间而采取的技术手段。即通过物理、化学或生物技术来改善食品的耐贮藏性及食品的储存环境，以达到预防和抑制食品在储存期间可能发生的腐败变质现象，确保食品原来的色、香、味、形及营养卫生品质。
在各种外在因素中，腐败微生物的活动是引起食品质量变化的主要原因。腐败微生物的种类因食品的不同而异，如水果的腐败主要是由酵母和霉菌引起的；蔬菜的腐败主要是细菌活动引起的；鲜蛋中常见的腐败微生物有假单胞菌、变形杆菌、产碱杆菌、埃希杆菌、小球菌等细菌，还有毛菌、青霉等霉菌；水产品中常见的腐败微生物有无色杆菌、不动细菌、假单胞菌、摩氏杆菌、黄色杆菌、小球菌等细菌。
相对来说，加工食品除少数产品（如熟肉、酸奶、黄油、奶酪、面包、豆腐等）的耐贮藏性能较差之外，大多数产品则由于经过不同的加工工艺处理和完善的包装而具有较好的耐贮藏性能，导致其变质的直接因子相对较少，主要是微生物、空气或氧。而鲜活食物相对来说耐贮藏性能较差，导致鲜活食品食用品质下降的直接因子除了微生物、空气和氧以外，其生命活动的继续及体内酶的作用也是重要因子。但由于这类食品往往具有一定的自我保护功能，如鲜果蔬菜表面的蜡层及自卫反应，鲜蛋中有溶菌功能的溶菌酶的存在，反而使其的耐贮藏性较某些生鲜食品要好些。导致生鲜食品食用品质下降的直接因子除微生物、空气、氧之外，其中所含的酶对其食用品质也有重要的影响，特别是这类食品均失去了自我保护功能，多易遭受微生物的污染，致使其较其他食品更难以贮藏保鲜。
储存过程中可能会存在以下安全问题：
1使用化学药剂引起的食品安全问题
目前，通过在食品中添加适宜的食品添加剂，如防腐剂、抗氧化剂、护色剂等，或用适宜的化学药剂（如SO2）对食品进行必要处理仍是提高食品耐贮藏性，延长食品货架期的重要手段。但在现实中，超范围、超剂量使用食品添加剂的现象时有发生，更为严重的是有不少不法分子为了延长食品货架期而使用非食品添加剂处理食品，如在毛肚中添加福尔马林（甲醛），在鱼、肉类中超剂量使用硝酸盐或者亚硝酸盐等，给人民群众的健康甚至生命带来严重的威胁。
此外，虫害、鼠害、霉变是危害粮食、油料等安全储存的重要因素，而目前行之有效的防治方法是使用化学药剂熏蒸（如硫黄）、毒杀（如农药、灭鼠药），这便有可能使粮食、油料等吸附或混入有毒有害物质。
2食品辐照贮藏的安全性问题
辐照处理能够抑制或消灭食品中的致病菌及腐败微生物，保证食品的安全。辐照食品的生物安全性问题主要考虑辐照是否会使微生物变异产生更毒的病原体，从而使病源微生物生长更快，对人类造成更大的危害；微生物经过辐照处理后，出现耐辐射性，而且反复照射，其耐性成倍增高。这种耐放射性菌株的出现是否会造成新的危害，这些问题有待进一步研究确认。
3交叉污染问题
食品是特殊商品，应该专库储存，并有控温、控湿、防虫、防鼠等措施，但在现实中，特别是规模较小的企业往往库容不足，储存设施简陋，甚至没有自己的库房，致使存在食品与非食品（甚至与有毒有害的化工产品，如农药、化肥、汽油等）混存或交替存放的现象，这就难免使食物，特别是散装食品、包装破损食品受到污染。
4食品储存条件不当引起的安全问题
储存温度和湿度是影响食品品质变化的重要因素。温度过高、湿度过大往往会使某些鲜活食品生理活动旺盛，并伴随产生有毒有害物质。如马铃薯在适宜的湿度条件下，再加上光照会出现发芽、皮层变绿等现象，同时产生毒素龙葵素。如果过多食用这种马铃薯，就会产生恶心、腹泻、腹痛等肠胃障碍，还会产生头眩、胸闷、轻度神经症状，严重时甚至危及生命。
玉米、稻谷、花生、棉籽、椰子、核桃、其他坚果及其加工产品如果储存环境温度过高，湿度过大，就会发生霉变，并被霉菌毒素所污染。毒菌毒素具有很强的致病性，如前文提过的黄曲霉素等。近几年来，在酒类、酱油、豆酱等部分调味品，食品工业用的酶制剂等也都相继发现黄曲霉毒素，这些也应引起重视。
根据食品腐败变质的原因及影响因素，食品防腐保鲜主要可以从两个方面着手。
1改善贮藏特性或稳定性及抵抗性
①脱水干燥，降低食品水分含量和水分活度。
②盐、糖、酸等腌制，以提高食品的渗透压或降解食品的pH值。
③罐藏，杀灭食品中的腐败微生物，排除食品中的空气（氧气）。
④辐射，改变食物的生物学特性，杀灭食品中的腐败微生物。
⑤添加或用化学药剂处理，提高食品的抗菌性、抗氧化性，杀灭微生物及害虫等。
⑥利用现代生物技术改善天然食品贮藏特性。
2改善食品流通环境，减轻或避免外界因素对食品的危害
② 低环境温度。如冷藏、冻藏、冷链运输和销售。
②改变环境气体组成。如气调贮藏、气调运输、真空包装、充氮包装、脱氧及其他气调技术等。
知识点
气调贮藏
气调贮藏又称气调保鲜，是利用控制气体比例的方式来达到储藏保鲜的目的。目前在国内普遍采用的主要有两种方式。一种是气调保鲜冷库，即人为地控制气调冷库贮藏环境中的气体，实现水果保鲜。气调保鲜冷库要求精确调控不同水果所需的气体组分浓度及严格控制温度和湿度。气调与低温相结合，保鲜效果（色泽、硬度等）比普通冷藏好，保鲜期明显延长。
另一种是塑料薄膜袋气调保鲜，也称气调保鲜包装，即根据食品的生理特性和保鲜的需要，使食品处于适合比例的包装中贮藏，以延长其保鲜期。被广泛应用于新鲜果蔬等保鲜，并以每年20％的速度增长，应用保鲜包装与冷藏库结合，效果已基本接近于气调保鲜冷库。