内窥镜检查又称纤维内窥镜检查术，现在临床广泛用于各种肿瘤的诊断。用于支气管肺癌、胸膜胸腔病变、纵隔肿瘤的有纤维支气管镜、胸腔镜及纵隔镜；用于消化道疾病与肿瘤的有纤维食管镜、胃镜、十二指肠胰胆管镜及结直肠镜等；用于腹腔、盆腔病变及肿瘤的有腹腔镜；用于诊断泌尿系肾脏、膀胱肿瘤的有膀胱镜检查及作尿路逆行造影检查；用于鼻、咽、喉部检查的有纤维鼻咽镜及喉镜；还有阴道镜、乳腺微导管镜、关节镜等。
另外，近年研制的一种特殊的胶囊内镜，它的大小类似普通的药物胶囊，表面光滑，可以像服药一样吞服。实际上它是一种一次性使用的穿越肠道的微型数码照相机，称为胶囊内窥镜。