内窥镜超声是现代腔内超声学的一种，如食管内窥镜超声、胃内镜超声等，就是在普通食管镜、胃镜的前端置一个超声微探头，经内窥镜将超声微探头插入食管及胃和十二指肠。食管内窥镜超声检查可以比较精确的测定食管肿瘤病变在食管壁内浸润的深度，可以测量出食管壁外异常肿大的淋巴结，可以比较容易地区别病变在食管的壁内或壁外。
胃镜超声对探察上腹部的内脏器官如胰腺癌的诊断非常有价值。内窥镜超声克服了普通超声容易受气体、骨骼和脂肪干扰及其对胰腺分辨率低的缺点，结合其高频探头的特性，能形成高清晰度胰腺图像；同时内窥镜超声对于肿块周围的情况及对肿瘤微小血管浸润和淋巴结转移非常敏感，这对明确胰腺肿块的性质有着极为重要的价值。内窥镜超声引导下的胰腺肿块细针穿刺活检，可以使许多无法明确的胰腺肿块得到病理确诊。