发菌管理是指从播种到覆土前一段时间的管理，主要目的要促使菌丝尽快萌发定植，并在料层中迅速生长，具体管理措施为：
（1）播种后菇房的温度应保持在24℃～26℃，空气湿度为75％，适当的通气条件。播种后3～4天为菌丝恢复阶段，菇房以保温、保湿为主，此时应关闭门窗，防止菌种块和料面干燥，促进菌丝恢复和吃料。3天后，当菌种块萌发，菌种块上的菌丝发白，有绒毛状菌丝长出，并向料上生长时，可开背风窗，适当增加通风量。播后7～10天菌丝基本封面后，可以大通风，一般在无风时，南北窗可昼夜开启，有风时，开背风窗，吹干料面，防止料面菌丝徒长，促进菌丝向料层生长。如在播后遇到28℃以上高温天气时，可在夜间打开全部门窗通风，白天关闭门窗。
（2）播种后10天左右，菌丝长到料层厚度的1／2时，可用竹扦从料面插入料层撬松料层1～2次，撬口间距10～13厘米，以排除料层的二氧化碳等有害气体，改善料层的通气条件，撬开料层后1～2天内只开背风窗，此后再加大通风。如料面过干，可适当喷1％石灰水。
（3）在料层发菌期间，要经常检查病虫害发生情况，一旦发现，及时防治。