菌种出现大量污染在一般情况下，母种污染率≤5％或栽培种污染率≤10％，均属正常现象。如果母种污染率>10％，栽培种污染率>20％，则表示污染率过高。如果超过这一比例，就应认真查找原因。造成菌种污染的原因常有：
（1）菌种带菌。如母种块和原种块带有杂菌，污染常出现在菌种块周围，接种后3～5天即可显现。
（2）培养料灭菌不彻底。由此导致污染常表现为污染率高；出现早，一般接种几天后就出现污染；污染物出现部位不规则，有的在料面，有的在菌种瓶中间。
（3）接种操作污染。由于接种环境消毒不彻底，接种时稍有不慎，杂菌孢子就会被带入到接种物中。这种原因造成的污染常出现于培养料的表面，且出现稍迟，一般在接种后7天内出现。
（4）培养环境不干净。常由于塑料袋有沙眼、裂缝或封口不严造成，其发生的特点是污染出现晚，污染位置不规律。