姬松茸母种分离方法常用组织分离法和孢子分离法。
（1）组织分离属于无性繁殖，是体细胞的扩大繁殖。组织分离法是采用姬松茸子实体的某一部分的组织块，在适宜的培养基上培养出纯菌丝体。这种方法应用广泛，简便快速，它的遗传基因特性等不会改变，一般仍能继续保持优良品种的特性。
（2）孢子分离是从姬松茸菌褶里收集其孢子，在无菌条件下转移到琼脂培养基上，使之在适宜的条件下萌发成菌丝体而得到纯菌种的方法，叫孢子分离法。孢子分离属于有性繁殖，其特点是菌丝菌龄短，生命力强，有性孢子具有父母本双亲的特性，是选育新菌株的有效方法。但需要一定的设备和要求较高的技术。