当料温降到16℃时是接种的最佳时期，但在实际生产中为了操作方便，—般都是料蒸完后一起接种，这样能集中人力，集中时间，便于操作。但由于料盘放置时间过长，料温过低，不利于发菌，没接种的料盘要先用稻草盖上。一般500盘接一次种，如果人力充足，技术完全掌握，可分成两组，—边蒸料，一边接种。建议生产500盘以内的可蒸料后—次性接种，生产1000盘的中间要接—次种。接种要在室内进行，最好选择封闭好的空房，便于消毒灭菌。
首先要把室内打扫干净，用喷雾器喷洒2％～3％的来苏儿药液进行室内消毒，然后把一次性接种需要的菌种、料盘及接种用的所有工具搬进室内，再次喷2％～3％来苏儿药液，菌种瓶外用0BF.BFQ1％高锰酸钾溶液浸泡5～10分钟，半小时后开始接种。
接种时，操作人员要换干净衣服，用喷雾器进行表面消毒，用蘸酒精的毛巾擦手后开始接种。接种要五人操作：一人用来苏儿液擦菌种瓶外部，打开瓶盖；另一人用蘸酒精的毛巾擦瓶，去掉上面的老菌皮，用螺丝刀挖出菌种装入盆中，用手把菌种掰成玉米粒大的菌种块。不要掰得太碎，太碎菌丝恢复时间长，容易干燥，影响菌丝恢复生长。该二人负责挖菌种。另外两人负责打开料盘上的薄膜，揭膜时要先把模具套上，防止培养料散碎。第五人撒菌种，两瓶菌种接三盘，菌种撒在培养料表面，要撒均匀，四个角要撒到。盖膜时要先盖两边，两端暂时不盖，在上面放一个玉米秸托盘，两人同时翻盘，去掉模具，再把两端的薄膜向上翻卷，放上原托盘后再翻过来，这样把两端卷紧的膜压在培养料下面，不易开膜，防止杂菌孢子落入。接种后菌种面朝上。接种量应适中，一般接种量为0BF.BFQ15～0BF.BFQ2千克/盘。