在自然条件下，各种野生食用菌的遗传特性是很稳定的，不容易退化。人工栽培的滑菇等食用菌之所以容易退化，一般是由于管理不善造成的。
菌种不纯、自体杂交、基因突变是造成菌种退化的主要原因，但最本质的原因是基因突变，因为基因突变可使原来纯的菌株变得不纯。另外，菌种退化也与营养条件有关，例如基因突变随温度降低而减少；培养条件还能对细胞核的数量产生影响。不同菌株混合栽培也是形成菌种退化的原因之一。
根据菌种衰退的原因，提出以下几点防范措施：
1减少菌种移接次数。滑菇等食用菌的退化性变异，是在繁殖过程中发生的，常用控制菌种移接次数来防止。生产中减少菌种移接次数，当获得优良菌种后，转管扩接最多不要超过5次。
2防止基因自发突变。基因自发突变与温度、代谢产物、培养条件有关。因此，用低温保存菌种最重要。一般应保持在0℃～4℃之间。有条件的要用液态氮在-196℃条件下保存，这是目前国内外公认的防止菌种退化的有效措施。
3经常分离纯化菌种。为了防止退化菌丝在群体中占了优势，对保存的优质菌种需要经常分离纯化。一般每次生产出菇后，都应挑选符合本品种特性的优良子实体进行组织分离，每年进行1次孢子分离。将孢子分离所得的菌种经出菇鉴定后，选出性状优良者再进行组织分离。JP
4采取菌种复壮措施。复壮只能使菌种恢复健康，而不能使其恢复年轻。当某一菌种因环境条件不适宜、生长发育不良时给予适宜的条件，菌株比原来长得旺盛起来，就叫复壮。复壮的措施很多，诸如选择该菌种适合的培养基、培养温度、环境pH、防止杂菌污染及避免多品种混合栽培等。
5培养基中加维生素E。在培养基中加入维生素E，可防止菌种衰退。方法是：马铃薯葡萄糖琼脂分装试管后，每管用针筒注入1粒维生素E胶丸，再按常规灭菌、制斜面和接种。