在自然界中，滑菇等食用菌繁衍后代是依靠孢子。孢子借助风力传播，在适宜的环境下，萌发成菌丝体。菌丝体生长繁衍达到生理成熟后，就可形成子实体。可是人工栽培滑菇等食用菌时，人们都不用孢子直接播种，而是用孢子或子实体组织萌发而成的纯菌丝体作为播种材料。因此，食用菌菌种实质上就是经过人工培养并进一步繁殖的滑菇等食用菌的纯菌丝体。
滑菇菌种一般分三级，即母种、原种和栽培种也叫三级种。母种是经选育得到的具有结实性的菌丝体纯培养物及其继代繁殖体，也称一级种，生长在固体培养基试管斜面上，用来转接原种；1支母种可转接6～8瓶原种。原种是由母种移植、扩大培养而成的菌丝体纯培养物，也称二级种，用于转接栽培种或直接生产栽培袋；一般1瓶原种可以扩接或生产40瓶栽培种或20～25栽培袋。栽培种是由原种移植、扩大培养而成的菌丝体纯培养物，也称三级种。滑菇代料栽培采用三级菌种繁育体系，即生产栽培菌种。