（1）鲜度指标：海产品，挥发性盐基氮≤0.30毫克／克；淡水产品，挥发性盐基氮≤0.20毫克／克。pH值≥6.3。
（2）重金属及其他有毒有害元素指标：在国家食品卫生标准、国家标准《农产品安全质量无公害水产品安全要求》、农业行业标准《无公害食品水产品中有毒有害物质限量》中都有规定，其中大部分指标是统一的。
（3）农药残留：水产品中的农药残留主要是农作物生产中使用的农药，经水体、土壤转移到水产动、植物体内的。目前我国对水产品中农药残留的必检指标主要是六六六和滴滴涕，六六六最高限量指标为2毫克／千克，滴滴涕为1毫克／千克。由于我国已多年禁止使用这两类农药，现在水产品大部分都能符合上述指标要求。蝇毒磷、敌百虫、敌敌畏也被列入有毒有害物质限量标准，它们的最高限量分别为0.5毫克／千克、0.1毫克／千克、0.05毫克／千克。
（4）渔药指标：土霉素≤0.1毫克/千克，四环素≤0.1毫克/千克，金霉素≤0.1毫克/千克；呋喃唑酮、乙烯雌酚、喹乙醇和氯霉素不得检出。
（5）微生物指标：微生物指标主要针对水产冻品、鲜品、生食水产品及其他特殊种类的水产品。如果农业行业标准特定水产品有明确规定的则按该标准检测。
（6）贝类毒素：螺、贝类水产品中的贝类毒素造成食物中毒的事件屡有发生。贝类毒素分麻痹性贝类毒素和腹泻性贝类毒素两种，主要存在于海产螺贝类中。麻痹性贝类毒素的安全限量为0.80微克／克，腹泻性贝类毒素为0.60微克／克。