近几年来，中国花卉业取得了长足进步，但也存在不少问题和困难，特别是加入WTO之后更加激烈的市场竞争，产业基础薄弱显得更加突出，亟待巩固和加强。目前，中国花卉业发展中面临的主要问题是：
（1）宏观指导乏力，区域布局和产品结构不合理，尚未形成比较优势。
（2）产品开发和科技投入不能适应生产和消费需求，产品缺乏竞争力或后劲。
（3）盲目投资、重复建设的现象仍然十分严重，导致产品不对路、市场定位不准确，无法取得预期效果。
（4）花卉生产专业化、规模化程度低，“小而全”的生产方式普遍存在，尚未形成产业化发展的基本格局。
（5）产品质量差、经济效益低的状况还未得到根本改变，特别是“围绕市场搞经营，引导消费促生产”的观念和机制尚未形成。
这些都是制约和阻碍我国花卉业实现跨越式发展的主要问题，必须下大力气，采取有效措施加以扭转。