炭疽病的病原菌已经找到，并且又培养成功。但科赫还是不放心，更不打算公开发表，他觉得还应该再做进一步的探索。
这次，科赫用少量培养出来的炭疽菌，注入到小白鼠的尾内。同时，又用一些炭疽菌放在新的培养液里，作对比性的观察。
次日，经检查发现小白鼠全部死亡。而放在培养液里的炭疽菌却一如既往，像一把黑芝麻一样撒在培养液里。
这种实验对科赫来说，已是司空见惯的工作，他乐于做这种反复的观察。当然，这也是为了观察得更透彻。
也是一个偶然的念头，科赫把最早培养出来的炭疽菌再做一次观察。当他刚刚接触显微镜时，不禁惊异地大声说道：
“哟，这是怎么回事？！”
原来，每次所见到的小棒状物几乎完全消失，显微镜所见之处，都是成串珠似的东西。
好事多磨，科赫的研究工作又碰上了一道难关。看来，科赫的谨慎还是很有必要的。
一天，科赫的朋友文略邀他到森林里去打猎，途中发现一只死野猪，看上去极像患炭疽病的模样。
集中精力于研究工作的科赫，马上抛弃了打猎的兴趣，就在现场用小刀对野猪做了解剖，果然血液发黑，脾脏肿大。科赫用小瓶取了些黑血，告别了朋友，急匆匆地赶回到家中。用显微镜一检查，血液中没有小棒状物，所见都是前些天从培养液中看到的那种成串珠式的小东西。
“这……这也许是在变化着的炭疽菌吧？”
明明都是炭疽菌的病原体，为什么有时是小棒状物，有时是线状，有时又成串珠呢？
科赫百思不解，背着手，在他那狭小的实验室里不停地踱来踱去。刹那间，科赫脑海中想起一件事：以前有人传说，就在那个森林中，曾有人放牧，在几个小时后，竟有许多牛羊患了炭疽病而死亡了。
“为什么？难道炭疽病会因地区不同而流行？难道炭疽病也会因与其他微生物混合而不繁殖？……不，不，啊，也许……”
尽管科赫认真考虑这个奇怪的现象，可是仍找不出一个可靠的理论根据。
当科赫读了法国科学家巴斯德对葡萄酒发酵问题的研究报告后，他得到了新的启发。
“是呀，炭疽菌也很可能是因生存条件不好，变为孢子而等待时机。”
思路打开了，下一步的方案也就有了。
科赫仍是双管齐下。首先，从培养基里取出小串珠物体，注射到小白鼠的尾部，以观察反应；同时，他在涂片上滴入透明液，加入小串珠物体，加温，用以从显微镜中观察变化。
科赫从观察中发现，那些小串珠物体在分裂，分裂成一个个小黑颗粒，慢慢地从小颗粒变成小棒状物。
科赫实在太累了，伸了伸懒腰，他自言自语地说：
“……，总算明白了！”
再看昨天注射的小白鼠，已经死掉。解剖观察，血液变黑，脾脏肿大。
他明白这只能说是刚刚知道了现象。作为科学研究工作，还必须在反复实验中，观察、分析、推理、再观察。
终于酝酿成熟了，于是，科赫在自己的实验报告中写道：
“在寻找传染病的病原菌时，应该注意：第一，同一种微生物，会因条件、环境不同而变换它的形状；第二，必须把这种微生物进行人工培养，以观察它的生长变化和用于实验；第三，必须用培养物在动物身上进行试验，以确证是否能引起疾病发生。”并详细地介绍了实验的方法。在最末部分里又具体提出：
“炭疽病在活着的动物体内是以小棒状物存在。在动物死后或离开动物身体时，由于客观条件恶化，它以小串珠子形式的孢子存在；至于在野外，它是以小得眼睛看不见的串珠形式散在各个角落。当它再进入动物体内时，马上恢复成小棒形状开始迅速繁殖，进而破坏血液。”
科赫充满信心地将实验研究报告送给当时著名的利学家费迪南博土。
在费迪南博士的支持下，1875年4月30日，科赫在知名的病理学家康海姆教授等科学家面前，举行了公开试验。
1881年，法国的一位科学家巴斯德制备出了减毒炭疽疫，用牛羊试验证明效力甚好。从此号称恶魔的炭疽病被攻克。
科赫的研究，揭开了多少年来不能理解的谜，为人类探索炭疽菌的发生和发展，做出了贡献。不仅如此，他与巴斯德又同是微生物学的主要奠基人，他所创立的感染疾病的几条证据，被医学界称为“科赫原则”，至今仍广泛应用。