林彪事件发生后，毛泽东在周恩来协助下，采取一系列措施，解决与这一事件有关的各种重要问题。党中央责令黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作离职反省，彻底交代。又决定撤销军委办事组，成立军委办公会议。军委办公会议由叶剑英主持，负责军委日常工作。党中央将林彪事件自上而下在各级干部和党员中进行传达。从1971年12月起，党中央陆续批发粉碎林彪集团反革命政变阴谋的斗争的三批材料，在全国开展“批林整风”运动，揭发批判林彪集团的罪行，清查与林彪集团阴谋活动有关的人和事。这一系列措施，都取得相当的成效。这时，毛泽东虽然从林彪事件中吸取了某些教训，在一定限度内调整了政策，但是，他并没有认识到“文化大革命”的全局性错误，仍然让江青一伙在党和国家政治生活中起重要的作用，因此问题没有从根本上得到解决，以后政治局势又出现大的反复。
林彪事件后，毛泽东亲自抓落实干部政策的工作。周恩来紧密配合，使这一工作很有进展。1971年11月14日，毛泽东在接见参加成都地区座谈会的同志时，指着叶剑英对大家说：“你们再不要讲他‘二月逆流’了。‘二月逆流’是什么性质？是他们对付林彪、陈伯达、王关戚。”这就为“二月逆流”的错案平了反。1972年1月10日，毛泽东参加陈毅追悼会。在他的谈话中和周恩来所作的悼词中，肯定了陈毅一生对革命事业作出的重大贡献，为陈毅恢复名誉。1972年4月间，根据周恩来的指示，《人民日报》发表社论，指出经过长期革命斗争锻炼的老干部是党的宝贵财富，要正确执行党的干部政策，要批判林彪错误的政治路线和组织路线，排除“左”和右的干扰。许多老干部或他们的家属纷纷给党中央和毛泽东写信，要求弄清问题，落实政策。毛泽东对其中一些信件作了批示。根据这些批示，周恩来反复督促有关部门尽快结束一些专案审查工作，恢复一些担任过重要领导职务的同志的名誉，并把一大批下放劳动或“靠边站”的各级党政军负责干部重新安置到领导岗位。一批专家、学者、教授也得以重新回到工作岗位，尽管他们的处境仍然很不好，但是许多人都尽其所能，为促进社会主义事业在艰难中发展做出自己的努力。1973年3月10日，党中央作出决定，恢复邓小平的党的组织生活和国务院副总理的职务。1973年12月，毛泽东在同参加军委会议的同志谈话时，提出要给贺龙、罗瑞卿、杨成武、余立金、傅崇碧平反，并坦率地作自我批评说：“我是听了林彪一面之辞，所以我犯了错误。”这一系列行动，在党内外产生了强烈的政治影响。
在这期间，周恩来把批判林彪反革命集团的罪行和批判极左思潮结合起来。这是1967年2月许多中央领导人要求纠正“文化大革命”错误这一正确主张的继续。他在一些全国性的重要会议上和其他场合，多次提出批判极左思潮的问题。他指出，极左思潮不批透，人们就没有勇气贯彻党的正确路线。针对当时干部在生产和业务工作上普遍存在的顾虑，他指出：“运动与业务不能对立”，政治挂帅“就是要挂在业务上”，鼓励各级干部理直气壮地抓生产、抓业务。根据他的意见，国务院有关经济部门提出整顿企业和加强经济管理的具体制度和措施。在农村工作方面，党中央重申农村工作必须认真按照“农业六十条”的规定进行。党中央还作出关于公社分配问题的指示，解决当时农村普遍存在的分配不兑现、劳动计酬上的平均主义等严重挫伤农民生产积极性的问题。在文化教育方面，北京大学教授周培源根据周恩来的提示，提出关于加强基础理论教学和研究的三点意见，并在《光明日报》发表文章进行宣传。《人民日报》也发表河北省怀来县沙城中学的教学改革经验，提出中学教育应“以课堂教学、学习书本知识为主”。这些宣传报道，反映了广大科研人员和教师学生的迫切愿望。
但是，由“文化大革命”和极左思潮起家的江青集团，决不肯就此善罢甘休，而是继续追求最高权力，林彪的灭亡只是使他们认为在这种权力追求中减少了一个障碍。各个领域的干部为清除极左思潮影响、恢复生产秩序、工作秩序所作的努力和取得的成绩，一方面得到广大群众的拥护，另一方面却遭到江青等人的反对。江青等人对《人民日报》、《光明日报》发表的一些批判极左思潮的文章进行指责，指令在人民日报社内部开展批判“右倾回潮”的活动。他们还指使上海《文汇报》组织文章攻击周培源关于重视基础理论的正确意见。根据周恩来意见由国家计委起草的《关于坚持统一计划，加强经济管理的规定》提交1973年全国计划会议讨论的时候，28个省、市、自治区赞成，唯有张春桥、姚文元把持下的上海反对。张春桥公然说这是“拿多数压我们，我坚决反对，我们是光荣的孤立”。1972和1973年两次全国计划会议的两个文件草稿，由于张春桥的阻挠，没有作为正式文件下发。
毛泽东也没有从林彪事件中完全清醒过来。他仍然想像着“文化大革命”或者还能有一个比较接近他原来愿望的某种圆满结束。当周恩来等一批领导干部同江青集团在批判极左思潮问题上发生尖锐对立的时候，毛泽东又错误地支持了江青、张春桥等的主张。“文化大革命”是“左”倾错误的产物，批判极左思潮发展下去，必然会导致否定“文化大革命”。这是毛泽东所不能容忍的，因而他做出林彪集团正是极右而决非极左，因而只许批极右、不许批极左的错误决断，使周恩来等纠正“左”倾错误的努力被打断。