皇家马来西亚三军历史博物馆是由数栋单层营房构成，共分五个不同主题的展示馆，其中，一馆为太平洋战争，二馆为马来亚内战，三馆为名将录，四馆为英雄榜，五馆为联合国维和行动。
一馆是博物馆的精华所在。入口处有两座小亭，一座里面放着一辆二战时英军所用的通用装甲侦察车；另一座则放着马来亚（马来西亚王国刚独立时的国名）在内战期间所使用的戴姆勒侦察车，该车是二战期间英军普遍使用的装甲车，炮塔上还有当年皇家马来亚陆军军徽，显得十分醒目。
太平洋战争对马来西亚人民来说，是挥之不去的惨痛记忆。当年日军从泰国宋卡湾登陆，沿着狭窄的印度支那——马来亚走廊，仅用了2个月零7天的时间，打败主要由英、澳大利亚和印度部队组成的盟军，占领了整个马来半岛。一馆所陈列的就是这一段时期的历史文物，包括当年日军作战路线图、几次主要战役的说明及英军马来亚作战的战斗序列，日军和盟军代表性的轻型装备与军服，马来亚步兵旅的作战纪录等。最令人注意的是“马来亚的沦陷”和“新加坡的投降”这一段战史。
二馆主要描述马来西亚在1948年6月16日到1960年7月31日之间12年内战的内容。
三馆的名将录，均以马来西亚历年来的参谋总长为对象，不仅绘制了肖像，还收集其制服、勋章，叙述其人其事供后人瞻仰。
四馆的英雄榜，则记述和保存了二战和支持联合国和平任务期间，马来西亚军人的战斗英雄事迹。二次大战时，在马来半岛作战的英国马来亚指挥部，共辖有2个马来步兵旅、1个印度军、1个印度步兵旅、1个澳大利亚师和其他英军步兵团，在这时期内，共产生了3位马来西亚的战斗英雄。
五馆展示的是有关维和的装备和资料。马来西亚在二次大战结束后这近50年来，一共派遣过将近3200人次的部队，参加刚果、两伊战争、纳米比亚、海湾战争、莫桑比克和柬埔寨等次和平任务。最近的一次是在科索沃，马来西亚应联合国的请求，派出一支营级的和平部队。