食物中毒事件发生后，雪印乳业公司产品的销售量立刻猛烈下降。事发后的7月份，牛奶的销售量只相当于上年同月的16％，以后几个月虽然有回升，但12月份的销售量也仅是上年同月的51.4％。同时其他的乳产品、冰激凌等的销售也都大幅减少。原本一个盈利丰厚的企业，一下子变成了亏损企业。事发之前，雪印乳业公司的年销售额是5439亿日元，但中毒事件发生后，销售额立即下跌，2001年度便成了3615亿日元，并出现了596亿日元的赤字。雪印乳业公司的销售从此一蹶不振，2005年度下滑到了1355亿日元。
事件发生后，雪印乳业公司表示要加强管理，防止事故再发，并表示要开设1年365天都畅通的客户服务电话，接受举报。
这次事件还使雪印乳业公司下决心把牛奶业务分离出去。一是因为它在连累整个企业，二是要换个形式继续牛奶业务。
对雪印乳业公司的牛奶资源，全国农业协同组合联合会、全国奶酪业协同组合联合会两家企业表示出了兴趣。同时，一直为这三家企业提供贷款的政府系银行——农林中央金库也极力撮合三家合作。2003年1月1日，雪印乳业公司与这两家企业正式组建了名为“日本牛奶社区”的公司，生产品牌为“麦戈牛奶”的奶制品。从此，名为“雪印”牌的牛奶便从日本市场中消失了。
然而，它也在历史上留下了一个记录，那就是同一企业在45年中造成了两起食物中毒事故。
第一次食物中毒事件发生在1955年。当时，随着战后的经济复苏，对牛奶的需求量增大，在北海道起家的雪印乳业公司于1953年把牛奶销进了首都东京，两年之后中毒事件发生了。1955年3月，约1900名学生饮用了雪印乳业公司生产的脱脂奶粉之后，出现了腹泻症状。雪印乳业公司开始对投诉并不当回事，有个董事断言说：“我们的产品决不会有问题的！”并当场喝下了一杯同样的脱脂奶粉冲的奶。但几个小时后，这个董事也急急忙忙地跑进了卫生间。经化验，在脱脂奶粉中发现了葡萄球菌。这些脱脂奶粉是雪印乳业公司北海道八云工厂生产的。
食物中毒事件对雪印乳业公司打击很大，生意丢掉了不少，社会上一片谴责。但这时一起更为严重的牛奶中毒事件暴露了出来，吸引了人们的注意力。1955年8月23日，冈山大学的研究人员发表了《关于森永公司婴儿奶粉砒霜过量的调查结果》，这在日本引起了轰动。森永公司也是一家大型乳制品企业，砒霜被加在第二磷酸苏打中，是作为乳质安定剂添加到奶粉中的，但它的量足以致使婴儿中毒。当时，发现中毒婴儿人数达到12000人，有130个婴儿死亡。与森永公司的事件相比，雪印乳业公司的中毒腹泻简直就是小巫见大巫，算不了什么。社会的视线都被转移到森永事件上去了，雪印乳业公司躲过了这一关。
自中毒事件后，雪印乳业公司对品质管理严格了许多，并竭力向外界宣传、塑造注重卫生的形象，雪印工厂用生产线废水养鱼就是一个例子。许多雪印工厂的院子里都有养鱼池，池里的水是经过处理后的生产线废水，但金鱼在里面欢畅地游来游去。雪印公司以此来表明工厂生产的安全程度。
然而，事实证明，在雪印乳业公司的组织体质中，对中毒事件的记忆并没有保持下去，品质管理也并没有始终如一地坚持下去。45年后，几乎是同样性质的中毒事件发生了。尽管水池里的金鱼还安然无恙，尽管大阪工厂、大树工厂里都有“品质第一”、“品质是我们的良心”的大幅标语。
在出了第一次中毒事故后，雪印乳业公司仍能东山再起，跟日本乳制品行业的寡占态势和政策支持有很大关系。在日本乳制品行业中，雪印乳业公司和明治公司、森永公司三家几乎占据了市场份额的一半以上。这三家公司生产规模大，能满足学校、企业等的大宗需求，那些小企业代替不了它们。同时，日本政府的补助金制度也给它们提供了一个稳定的经营环境。在日本，政府按奶牛养殖户的成本等计算出“标准交易价”，在这之上加上补助金，形成“保证价格”，由政府指定的团体收购。如2000年度的原料奶的标准交易价1千克为61.8日元，收购时的保证价格是72.1日元，政府对奶牛养殖户的每千克的补助金为10.3日元，这意味着养殖户能稳定地得到约14.3%的销售利润。而乳业企业购进原料奶的价格，虽然经过流通环节增为每千克81.6日元，但如果没有政府补助的10.3日元的话，企业就要在采购交涉方面投入更大的资源，有可能要在81.6日元以上的价格买原料奶。所以，可以说政府的产业政策为企业提供了一个有利的进货环境。当然，这个政策也不是仅对企业有利，养殖户也可以得到再生产的基本保证，消费者也可以得到价格稳定的乳制品。牛奶是营养价值高的食品，所以日本政府在牛奶生产、流通、消费方面制定了一整套政策，保证了供应充分、价格稳定，为增进国民健康起到了很大作用。但是，得到如此庇护的大型乳业企业在品质问题上却屡犯严重错误。也许，政府提供的稳定环境造成的寡占地位，正是雪印、森永公司疏忽品质管理的一个原因。
雪印乳业公司两次生产出有毒牛奶，给消费者带来了痛苦，但该企业的创业者却曾是一位拯救矿物质中毒者的斗士，名叫黑泽酉藏。20世纪20年代，北海道地区有个叫足尾的铜矿，那里很多人因采矿中毒。当时企业、政府都要隐瞒中毒实情，黑泽酉藏则站在受害者一方，参与了救济活动，从而引起了官方的厌恶，被关进了监狱。然而，就是他创建的公司竟造成了大规模的食物中毒！
黑泽酉藏等人1925年创建了雪印乳业公司的前身——“北海道制酪贩卖组合”，他们有着明确的目的，那就是保护奶牛养殖户的利益。位于日本列岛北端的北海道有着广阔的草原，适合奶牛养殖，因此有很多的奶牛养殖户。但当时养殖户们的日子并不好过。收购牛奶的乳制品厂家凭借着垄断地位，或是拒绝收购，或是压低收购价，让无组织的养殖户常常看着挤出的奶发愁，受着入不敷出的煎熬。黑泽酉藏等人就联合养殖户，共同出资建立了“北海道制酪贩卖组合”，以牛奶为原料，先后开始了冰激凌、黄油和奶酪等奶产品的生产制造，并自己销售。
但雪印乳业公司在其后的发展中，却逐渐偏离了该企业创建的初衷。雪印乳业公司当初的宗旨，就是保护奶牛养殖户的利益。它的董事会里，曾一直有养殖户的代表。但当它实力壮大后，这成了不必要的负担。作为乳制品企业，没有必要让原料供应者来指手画脚。于是，雪印乳业公司在1988年实质上废除了这个制度。从那以后，它就成为了一个典型市场机制型的企业，就是通过发行股票套资本，跟所有的原料供应者、消费者以及竞争对手的关系，全都以自身利益最大化为标准来处理。这倒也无可非议，因为在市场经济体制下，这些都是合法的行为。然而，在高度发达的市场经济体系中，法律还规定企业必须保证自己的产品是安全的，承担因产品对消费者造成的损失。尽管有关产品责任、保护消费者等法规只是最近几十年才出现的，在有着漫长历史的市场经济体系中显得很年轻、很薄弱，但这是人们对残酷的原始资本主义的深刻反省的成果，是“平等”意识在当代的最高体现。雪印乳业公司完全忘记了这些，在它的生产线上流动着的牛奶，仅仅是换取消费者持有货币的道具。为什么在当今高度发达的市场经济体系中还会有这样的企业呢？因为，一味追求自身利益的劣根性还相当普遍地存在，而市场经济中的平等意识，虽然已经萌生，得到了很广泛的社会共识，但还远远没有能成为全体企业的行为规范。所以，在如此的状况中，超脱于商品买卖、以维护社会平等为己任的政府，要承担起对企业非法行为的监管，保护在市场上只有“招架之功”的消费者。
政府的监管，分为制定《食品卫生法》、检查等的事前监管和处分、法办等的事后监管。对于雪印乳业公司中毒牛奶事件，各级公务员组成的庞大监管队伍没有能阻止它的发生，只能在事后发挥监管的威力，以儆效尤了。
2000年8月30日，大阪警方以“业务过失致伤”的嫌疑，对雪印乳业公司东京总部及其在大阪的西日本分公司进行了搜查。
经过约6个月的调查，警方终于在2001年3月17日作出决定，将包括总经理石川哲郎、专务董事相马弘、大树工厂厂长久保田修、大树工厂制造课长樱田宏之、大树工厂制造课粉乳股主任泉幸一、大阪工厂厂长下野胜美以及大阪工厂前任厂长在内的9人的卷宗，送往大阪地方检察厅，申请立案控告。
警方指控总经理石川哲郎、专务董事相马弘在2000年6月28日下午大阪市政府检查大阪工厂之后、28日晚中毒者数字升至18人时，没有立即采取公布信息等措施，致使食物中毒规模扩大，其嫌疑为“业务过失致死伤”。
专务董事相马弘及大树工厂相关人员5人，被指控对含有毒素的脱脂奶粉的生产负责任。这些脱脂奶粉是大规模食物中毒的根本原因，经取证能明确断定雪印乳业公司乳制品产品为中毒原因的患者，就有762人，并有一名患有慢性肾病的84岁老人在饮用了雪印乳业公司的低脂肪奶之后发病死亡。因此他们被指控有“业务过失致伤”的嫌疑。大树工厂在2000年3月31日发生停电事故后，把在生产线上已放置了9个小时的剩奶作为原料生产了脱脂奶粉。生产直接责任人的制造课长樱田宏之在这批奶粉出厂前，明明已经知道这批奶粉的细菌超标，但害怕作为废品处理会使企业受损，自己也将被追究责任，因此就把其中能勉强符合标准的奶粉出厂，剩余的暂存仓库，以后杀菌处理，继续使用。厂长久保田修得到报告后，也同意了这样的做法。这个厂长在中毒事件发生后，很快就知道原因可能是自己厂生产的脱脂奶粉，但害怕受到监管部门停业处理，就指示部下改写生产记录，隐瞒了事实。
大阪工厂厂长下野胜美以及前任厂长两人被指控把剩余产品当成新产品的原料再次使用，指挥在室外进行剩余产品的拆封作业。并且，当中毒事件发生后，两人有意拖延了向监管部门报告中毒者的具体情况。
检察厅在接到警方的送检后，经过约4个月的审查，决定不对总经理石川哲郎、专务董事相马弘等6人起诉。检察厅认为，警方对总经理石川哲郎、专务董事相马弘的“拖延公开事实真相、致使受害者增加”指控证据不足，因为他们“不能够预测到事态扩大”。另外，大树工厂的其余的两名被告、大阪工厂厂长下野胜美以及前任厂长也被认为判罪的证据不足，不予起诉。因此，最终在2001年7月被起诉的，只有大树工厂厂长久保田修、大树工厂制造课长樱田宏之及制造课粉乳股主任泉幸一3人。
2001年12月18日，在大阪地方法院举行了对雪印乳业公司食物中毒案的第一次公开审判。被告3人对检察方指控的主要罪行都表示承认，但对食物中毒与死亡的关系表示质疑，不予承认。
在法庭辩论中，检察方认为被告者们的行为致使1人死亡、199人中毒，构成“业务过失致死伤”罪。
但法院认为，死亡的1人（当时84岁）虽然饮用了雪印乳业公司的低脂肪奶，但死因是“不进行血液等检查、实施治疗的医生的不恰当的行为”，与食物中毒没有因果关系。所以，被告的罪名不应是“业务过失致死伤”，而是“业务过失致伤”。最终，法院认可了检察方主张的刑期，但认为被告“能够认识罪行，已受到了社会制裁”，所以改判为“缓期执行”。
法院最终认定被告的罪行是，2000年3月当大树工厂停电时，原料奶被置放于高温罐中，金黄色葡萄球菌的毒素大量产生，但两被告却将这些奶汁制成了脱脂奶粉，送向了大阪工厂。大阪工厂以这些脱脂奶粉制成低脂肪奶，造成约200人食物中毒。并且，久保田修被告在2000年8月，连续4次向保健所作了关于食物中毒的虚假报告。
2003年5月27日，大阪地方法院对这个案件作出了判决，厂长久保田修被判处监禁2年、缓期3年执行、罚款12万日元，主任泉幸一被判监禁1年6个月、缓期执行2年。另外，制造课长樱田宏之在审判期间因交通事故死亡，没有对其作出判决。
同时，法院在判词中对雪印乳业公司及两被告作出了严厉的谴责：“雪印乳业公司过去就曾因加工温度管理不善造成过食物中毒事故，但现在的卫生管理依然十分马虎。”“保证安全是食品生产者的最基本义务，但两被告却没有认真履行。”
判词中对社会情绪也作了考虑，这样写道：“消费者们本是很放心地购买了该公司商品，但却受到了伤害，日常生活受到了很大影响，他们希望严惩有关人员的心情，是可以理解的。”
对这个判决，不满的受害者还是有的。有5个家庭、共9人因为雪印产品而中毒，他们联合在一起，依据《制造物责任法》向大阪地方法院控告了雪印乳业公司，要求民事赔偿6800万日元。这个判决出来时，他们的案子还在审理之中。这9人对判决很不满，认为缓期执行太轻了，没有追究企业的责任。2003年8月23日，在大阪地方法院的调解下，雪印乳业公司与提起民事诉讼、要求赔偿的这9个原告达成了和解协议。原告们得到了赔偿，雪印乳业公司被免去了在法庭上受审的尴尬。
对于雪印乳业公司，法院另案以“违反《食品卫生法》”的罪名，处以了50万日元的罚款。