停电了，生产线上的原料奶及半成品奶都失去了温度控制。即使在正常情况下，因加工需要对乳原料进行加温处理，也必须在其后立刻冷却，不然的话，乳制品的质量肯定会发生变化。厚生省在关于乳制品加工方法的规定中也明确指出：“加热杀菌处理后，要立刻降温到10℃以下。”但是，作为专业人员的大树工厂工人，却把这些常识性的东西都忘记了，硬是把这些变质了的原料奶制成了脱脂奶粉。
停电事故的次日，即4月1日，雪印大树工厂又开始了新的生产，但原料中的一部分却是昨日滞留在生产线上的、含有金黄色葡萄球菌a型肠毒素的剩奶。4月1日这天，大树工厂共生产了939袋（1袋25千克）脱脂奶粉。其中的830袋上，印上了4月1日生产的字样，剩余的没有印上生产日期（而食品卫生法明确规定，要标明真实的制造日期）。就在这天生产的脱脂奶粉中，大阪警方化验出了a型肠毒素！
4月4日，大树工厂在检查成品的脱脂奶粉时，发现有的细菌数超过了公司标准。于是，就从全部产品中抽取了23袋样品，重新进行微生物检查。8日，化验结果出来了，发现产品的微生物含量因生产时间不同而不一样，时间靠前生产的含量较少，靠后生产的较多，就决定把靠前生产的450袋算合格，剩下的作为半成品，在以后生产时融化后兑到原料奶中使用。微生物稍稍超标，只要没有剧毒，食用一般不会出现什么问题，并且经过杀菌等处理，还有可能会变得符合标准。但既然有标准，就意味着，如果超过标准，就有影响消费者健康的可能性，作为食品企业，怎么能不遵守标准呢？
据说，因为公司标准比国家标准严格，所以那些超标奶粉从国家标准来看，还是合格的。于是，现场人员就认为“只要进行杀菌处理就不会有问题”。但是，金黄色葡萄球菌产生的a型肠毒素即使加热处理，也是除不掉的。对于这一点，雪印乳业公司的干部承认“现场人员确实不是很懂”。
雪印乳业公司的食物中毒事件，也把日本食品卫生管理中的一个盲点给暴露了出来。
日本厚生省规定，牛奶、脱脂奶及奶饮料等乳制品中的细菌数，“1毫升中不能超过5万”；乳制品的保存，要采取“杀菌处理后，立刻冷却至10℃以下”的方法。对照这些规定，大树工厂的做法明显是违法的。但是，厚生省对细菌所产生的毒素的测定方法和标准值，没有明确的规定。这就难怪雪印乳业公司工人不知道如何应对。关于原料奶的再次使用，也没有详细的规定。因此，在日本乳制品行业，对于细菌超标原料奶，大都采取再次杀菌处理后使用的方法。作为监管部门的厚生省，通过这次事件，吸取了教训，对原料奶的再次使用、生产过程中的毒素测定等作了更详细的规定。
大树工厂停电混乱中产生的毒素，又被不甚懂微生物知识的人在4月9、10日传播到了更多的脱脂奶粉中。这两天里，该工厂生产了820袋奶粉，其中的750袋出厂运往各地。据雪印乳业公司称，在出厂时这些产品的微生物量都合格。
因为尽管原料中有微生物超标的脱脂奶粉，但经过鲜奶的稀释，只要生产过程中没有再使微生物增殖的话，产品单位容积中的微生物量就会降低，从检查的角度来看，就有可能符合标准。然而，这批奶粉中的278袋，在6月20日被运进了大阪工厂，成为“低脂肪奶”、“每日壮骨酸奶”、“娜求莱酸奶”的原料，结果造成了大规模的食物中毒。
微生物是生命体，时刻在运动，有生有灭。对它的规律，雪印乳业公司的食品专家、大阪府立公共卫生研究所等处的生化专家虽然有所了解，但还不能说已完全掌握。按照上面的推论，大树工厂生产的所有奶粉，都受到a型肠毒素的感染。但除了运到大阪工厂的引起了食物中毒外，运到其他工厂的都没有造成中毒，也没有化验出毒素。例如，大树工厂4月1日生产的奶粉的一部分，运到了雪印乳业公司在长野县的茅野工厂。长野县接到了北海道政府的通告后，立刻到茅野工厂进行检查，同时指示该工厂将使用那批奶粉的产品全部收回。雪印乳业公司这回马上行动了，收回了产品。但产品的化验结果却是阴性，就是说没有发现毒素。
当然，并不能因此而否定含有毒素奶粉及中毒的事实。为了预防万一，雪印乳业公司把4月1日以后生产的、库存的奶粉全部销毁或提交给了警方。
通过这次的调查，还发现了大树工厂一个令人难以相信的习惯做法：该工厂经常把生产出来的奶粉不标记生产日期而存放起来，待以后需求量大时，再打上当时的日期出厂。例如，大树工厂在4月10日将当天生产的70袋脱脂奶粉没有打印生产日期就放进了仓库，当时仓库里像这样没有生产日期的奶粉就有216袋。后来这些奶粉都被当做7月12日生产的出厂了。据说，仓库里没有生产日期的多了之后，连现场工人也搞不清具体生产日期了，于是在出厂时便全部盖上了当天日期的印章。这样的生产日期不是骗人的吗？
对于这些，大树工厂一直都瞒着政府监管部门。大阪警方8月4日讯问工厂生产中是否出现过异常，大树工厂的干部竟然把3月31日的停电事故隐瞒下来，称“未出现特殊情况”。
弄虚作假的行为，下面的工厂有，雪印乳业公司总部也有。中毒事件发生后，雪印乳业公司宣称，不仅对大阪工厂的生产设备进行了检查，而且还对原材料进行了化验。7月13日，雪印乳业公司发表了《关于对大阪工厂所用原料的a型肠毒素的化验结果》，称所有样本均为阴性，就是说没有发现毒素。他们用的样本中，有一个就是大树工厂4月10日生产的脱脂奶粉。但他们竟没有检验出其中的毒素来！至于是什么原因，雪印乳业公司解释说是“公司品质保证部分析中心的技术能力不够，得出了错误的结论”。并说，分析中心当时还不知道大树工厂把4月1日生产的细菌超标奶粉又兑到了4月10日的产品里，如果知道，就会分析得仔细些，说不定当时就会查出来。就这样，雪印乳业公司否认了大阪工厂使用原料存在问题的可能性。
但当8月18日大阪警方宣布在大树工厂生产的脱脂奶粉中发现了a型肠毒素之后，雪印乳业公司随后也宣布得出了同样的检查结果。为什么以前查不出来呢？是真没有技术力量，还是在隐瞒真情、避免大树工厂也被牵涉进来呢？
鉴于大树工厂在食品生产中的恶劣行为及后果，北海道政府判定该厂违反了《食品卫生法》第4条，作出了禁止营业的处分，同时命令将4月1日、10日生产的脱脂奶粉全部收回。大树工厂被命令停业后，9月23日向政府提交了《改进计划书》，表示要在停电对策方面做出改进。北海道政府对该厂再次进行了检查，确认改进措施已经落实之后，于10月13日撤销了禁止营业的处分，该厂14日又恢复了生产。
这个厂有正式员工160人、合同工203人、小时工394人，是所在地大树町的最大企业。不恢复生产，这些人的生活收入就成了问题。大树工厂每天要从附近的奶牛养殖户收购原料奶，自从8月19号停产后，尽管在政府、相关团体的安排下，临时改向其他企业卖奶，但毕竟没有老路方便。再加上乳制品生产要受到政府卫生、经济等部门的监管，企业具有一定程度的地区垄断性，新的市场进入不太容易，因此，没有企业能在这个地区代替雪印的大树工厂。尽管从消费者角度来看，大树工厂的违法行为令人气愤，但政府方面要保就业、税收，养殖户要卖奶，员工要收入，他们都需要大树工厂恢复生产。而这些人的力量又是那么集中、有力，绝对超过了分散的消费者。于是，大树工厂便又开始了生产。
而因为使用大树工厂生产的、含有毒素的脱脂奶粉、生产了使万余人中毒的产品的大阪工厂，却再也没有开工。这个1956年就开业、厂房墙上写着“品质是我们的良心”大标语的工厂，就此结束了它的命运。
12月20日，厚生省和大阪市发表了《关于雪印乳业公司食物中毒事件的报告》，确定原因为大树工厂生产的、含有a型肠毒素脱脂奶粉所致，中毒人数为14780人。