水龙卷是陆龙卷在海里的亲戚，它们形成于世界上较温暖的海洋和较大的湖泊中，例如美洲五大湖。海龙卷与陆龙卷有很多相似的地方，它们都以从云的底部延伸的高空风形成的窄漏斗为特色，都以向上的暖上升气流和冷雨下沉气流之间的对比为生成契机。不过，水龙卷从没有像最严重的陆地龙卷风那样猛烈，并且它们在阵雨边缘附近出现，而不是产生自完全的暴风雨内部。
大多数水龙卷形成于风向集中的浅水地带，作为一种龙卷形态，有时一个黑点能在它朝水中下落时被观察到在漏斗云下面，然后，盘旋上升的带状物能被看到朝那个点旋转在若干分钟后，漏斗云向下接触到水面。